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标题: 求助：gmx rdf计算出来曲线随着x不断增大 [打印本页]

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Author: 1601452201 时间: 2025-12-15 22:18
标题: 求助：gmx rdf计算出来曲线随着x不断增大
本帖最后由 1601452201 于 2025-12-16 09:39 编辑

想请问下大家，正常的rdf一般都会收敛到1这个特定值，我在用gmx rdf计算过后，得到的曲线如图所示，所使用的指令为gmx rdf -f NVT.xtc -s NVT.tpr -n N.ndx -o RDF_NVT_N.xvg -cn RDF_NVT_cn_N.xvg -norm rdf -bin 0.002 -b 0 -e 100000。计算的体系是HOF离子过膜选择性的一个过程，在自由扩散下，HOF种的N原子和溶液中跨膜金属离子之间的RDF，计算时长为100ns，使用的pbc盒子xy周期性，盒子大小15*15*30.

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-16 00:06
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整
http://sobereva.com/620（http://bbs.keinsci.com/thread-25787-1-1.html）
详细交代算的体系、组

应根据rdf的物理定义理解、解释曲线特征。要搞清楚很多情况会收敛到1的本质原因是什么，别光看表象、误以为无论什么情况都应该收敛到1

作者
Author: 1601452201 时间: 2025-12-16 08:54

sobereva 发表于 2025-12-16 00:06
在网上求助计算化学问题的时候必须把问题描述得详细、具体、准确、清楚、完整
http://sobereva.com/620（h ...

感谢社长，计算的体系是HOF离子过膜选择性的一个过程，在自由扩散下，HOF种的N原子和溶液中跨膜金属离子之间的RDF。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-17 02:23

1601452201 发表于 2025-12-16 08:54
感谢社长，计算的体系是HOF离子过膜选择性的一个过程，在自由扩散下，HOF种的N原子和溶液中跨膜金属离子 ...

如果金属离子是嵌在固定的膜里面的，算这种rdf并没什么意义，说明不了什么

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