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标题: 如何给无定形交联聚合物末端封上氢原子和羟基 [打印本页]

作者
Author: ljh123 时间: 2025-12-16 00:44
标题: 如何给无定形交联聚合物末端封上氢原子和羟基
我通过polymatic建立了如图所示的交联聚合物。该交联聚合物是通过酰胺键连接的。现在这个模型表面还有少量没有形成酰胺键的氨基和羧基。但是，由于我是事先删除了氨基的氢原子和羧基的羟基，用于引发聚合的，所以现在我不太清楚该如何把氢原子和羟基加回来。求助各位大佬

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作者
Author: yuechenghua 时间: 2025-12-16 19:33
我之前是先找到没饱和的原子的索引，记下来用ase加上的。但问题一是包埋在内部的端基加原子后容易出现重叠，可能还得用soft势跑一下去重叠；再一个是要修改拓扑文件，额外加的原子会和原先就存在的原子有多体相互作用，拓扑也得更新。

作者
Author: ljh123 时间: 2025-12-19 13:05
@yuechenghua 感谢你的分享，这种方法工作量还挺大的。我最后选择不提前删除原子进行聚合，最后再把多余的原子和拓扑信息删除了

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