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标题: 请问能否用xtb对多肽结构做优化 [打印本页]

作者
Author: 王涛 时间: 2025-12-16 10:42
标题: 请问能否用xtb对多肽结构做优化
我的多肽为六肽，在查阅资料时，大多数提到多肽结构优化用的都是AMBER、GROMACS这两个软件
我目前优化多肽结构的方法为：
跑MD用的是gfnff（因为测试gfn0老容易出现断键、反应的情况）。第一次结构优化是真空下的gfnff，或改成gfn0，第二次是gfn2在隐式水模型下。一套做下来也就半个小时
不知道我这个方法和用AMBER、GROMACS有什么区别？会不会不够严谨被审稿人指责。AMBER、GROMACS优化一个结构的时长大概是多久呢？

作者
Author: student0618 时间: 2025-12-16 22:55
本帖最后由 student0618 于 2025-12-16 22:59 编辑

六肽的话要构像搜索直接用分子力场更快更好吧，还可以考虑显式水的影响。

任何程序跑多久都要看用甚么机器。力场优化一般很快但不知柔性这么大的分子只优化有什么用。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-17 03:59
GFN-FF算多肽的精度没什么问题，速度远比GROMACS用结合常用的蛋白质力场慢，好处是不需要创建拓扑文件，因而更省事。
用哪种自行决定。会用GROMACS的人建议优先用GROMACS干这事。GROMACS对六肽做能量极小化的计算耗时也就几秒钟

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