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标题: 关于Martini CG pH模型建模的问题 [打印本页]

作者
Author: LucasYan 时间: 2025-12-16 16:22
标题: 关于Martini CG pH模型建模的问题
本帖最后由 LucasYan 于 2025-12-18 11:08 编辑

各位大佬好，
我想做不同pH条件下的CG模型建模，现在用Martini进行膜蛋白的构建，从蛋白pdb-->CG pdb,后用insane插入DPPC中，生成的molecule_0.itp是滴定前的蛋白itp, system.top是力场文件，dynamic.gro是跑完动力学模拟后的结构文件，start.gro是滴定完酸的文件。

使用命令：

1. martini_sour conv_coords -f dynamic.gro -sel "name SC1" -bead acid -sel "name W" -bead water -o start.gro
对SC1珠子进行酸化，对水进行酸化
2.martini_sour titrate -pH 3:8:0.5 -mdp min.mdp -mdp eq.mdp -mdp NpT.mdp -p system.top -c start.gro -o run.sh
根据0.5个梯度生成不同pH值
3. ./run.sh
运行

出现报错：
Fatal error:
number of coordinates in coordinate file (../../start.gro, 8742)
does not match topology (../system.top, 6791)

后面观察发现DPPC,W,H+都对得上，只有molecule_0.itp这个蛋白的问题了，详细看了start.gro和dynamic.gro，发现如图：dynamic.gro每个氨基酸只有两行珠子，而滴定完是四行珠子，但者多出来的两行却没有在top里进行引用，在参看了官网给的example文件里的PPA,发现PPA是在酸化版本molecule.itp中进行定义了的，但这个滴定文件里却没有关于氨基酸的酸化力场itp。

我自己有下载到Martini3的关于氨基酸的 .ff文件，里面有各种氨基酸的原子定义，但却找不到滴定版本的itp.

这个就是目前遇到的问题，请问有大佬知道如何将滴定完的gro文件生成滴定版本的itp呢？或者有滴定版本的itp进行引用呢？谢谢！

作者
Author: student0618 时间: 2025-12-16 23:01
看原文有没有给，方法有没有文档。

作者
Author: LucasYan 时间: 2025-12-18 11:06

student0618 发表于 2025-12-16 23:01
看原文有没有给，方法有没有文档。

已上传原文以及通讯作者给的文件包括一份tutorial

作者
Author: 那年冬天风在吹 时间: 2026-1-23 16:33
请问你解决了吗？我也遇到这个问题，maritini官网那个教程也是给出的都是例子里滴定后的分子的itp，但是怎么得到这个滴定后分子的itp缺没有讲，那这样根本就没法用

作者
Author: LucasYan 时间: 2026-2-27 20:32

那年冬天风在吹发表于 2026-1-23 16:33
请问你解决了吗？我也遇到这个问题，maritini官网那个教程也是给出的都是例子里滴定后的分子的itp，但是怎 ...

是的，主要是我要做的蛋白体系酸滴定，怎么生成的酸滴定itp没有人讲，不能自己生成了，只能用生成好的

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