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标题: 求助：分子动力学模拟添加离子步骤报错 [打印本页]

作者
Author: duleyu 时间: 2025-12-16 17:16
标题: 求助：分子动力学模拟添加离子步骤报错
生成的小分子

itp 文件与蛋白构建拓扑后，添加离子出错，怎么解决？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-17 00:26
强烈建议零基础的GROMACS用户通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）好好系统学一遍怎么正确使用GROMACS，理解什么才是标准、规范的使用步骤。强烈不建议初学者用一些网上道听途说来的非主流的、诡异、偏门的方式使用GROMACS，否则纯粹是走弯路、自找麻烦。

对于蛋白质+配体的模拟，pdb2gmx产生蛋白质的AMBER力场的拓扑文件，sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生配体小分子的拓扑文件，水和离子分别用AMBER力场目录下自带的水模型的itp文件和ions.itp，是最佳、最推荐的做法。

作者
Author: duleyu 时间: 2025-12-17 21:48

sobereva 发表于 2025-12-17 00:26
强烈建议零基础的GROMACS用户通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）好好 ...

好的，已改用AMBER力场。

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