计算化学公社

标题: 请教gmx中PMF曲线释义及energy结果的异常 [打印本页]

作者
Author: jingjinghou 时间: 2025-12-16 21:33
标题: 请教gmx中PMF曲线释义及energy结果的异常
本帖最后由 jingjinghou 于 2025-12-16 21:37 编辑

我的体系是模拟一个分子初始在通道蛋白的一段端口，从进入到通过出去的过程，加了电场力和弹簧力，force是伞状采样后计算：
1、得到的pmf趋势和文献报道的都不一样：如图（我设置的pull group另一端说memb，x轴distance=0是代表分子与膜的质心距离为0）：我的pmf在出蛋白时有平台期，但整个过程并不对称，且是逐渐上升，没有下降的趋势，只是增长斜率有变化，且数值非常大，为什么？正常么？如图1
2、在第一处骤增处（如图，也正好对应孔道的狭窄处），可以解释为能垒最高么？还是需要解释为从入通道到出通道的整个过程，一直都需要能垒？那怎么突出第一狭窄处的重要性呢？
3、我又进行了IACT和bootsrap，对pullf.xvg用wham的-oiact得到的图2，x轴是dist从10nm到0nm的这一部分（蓝色是xvg文件的y轴的s0，橙色是s1）；然后又用 -iiact 和 -bsres得到了xvg，y轴是"E (kcal mol\S-1\N)"，蓝色是@TYPE xy，橙色是@TYPE xydy)得到了图3。觉得奇怪，但不会分析和解读，求解答。
4、rerun计算其energy，截断值=1.4，也是按sob老师和其他大佬的帖子设置的mdp，coulombtype=pme和cut-off都试了，理论上分子与带电氨基酸A的energy应为正值（排斥），与带正电的氨基酸B的energy应为负值（吸引）。但我用两种方式得到的正负号都和理论相反，用xvg作出energy vs time 的图，正负号也一直是相反的，为什么？如图4
希望各位大佬指点一二，哪个问题都行，万分感谢救我于水火！！

作者
Author: student0618 时间: 2025-12-16 22:00
检查轨迹，分子在入口出口有什么相互作用、离开出口后是否远离蛋白等；检查Histogram是否足够重叠。

作者
Author: jingjinghou 时间: 2025-12-17 14:27

student0618 发表于 2025-12-16 22:00
检查轨迹，分子在入口出口有什么相互作用、离开出口后是否远离蛋白等；检查Histogram是否足够重叠。

感谢回复！在后面几个windows分子离开出口后已经远离了蛋白，histogram都有重叠（部分windows没有达到50%重叠，我再试试补充一下）。请问相互作用是提取某几帧的构象做分析么？还是有什么计算工具可以实现呀？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)