计算化学公社

标题: gromacs伞形抽样计算pmf输入文件的问题 [打印本页]

作者
Author: 肥力丝 时间: 2025-12-17 11:31
标题: gromacs伞形抽样计算pmf输入文件的问题
请问各位老师，在gromacs伞形抽样计算pmf的时候，输入文件应该选择pullx还是pullf，这两个有什么区别吗，结果会有差异吗？感谢各位老师的解答!
gmx wham [-ix [<.dat>]] [-it [<.dat>]]或者gmx wham [-if [<.dat>]] [-it [<.dat>]]

作者
Author: student0618 时间: 2025-12-17 11:49
其实直接两个都跑跑看就可以知道有没有分别了

作者
Author: 肥力丝 时间: 2025-12-17 14:51

student0618 发表于 2025-12-17 11:49
其实直接两个都跑跑看就可以知道有没有分别了

感谢老师的回复，我现在去算一算二者的差别。我很疑惑两种方式的计算原理的区别，我个人理解的是，pullx包括反应坐标的概率分布，这和自由能是直接相关的，应该直接用pullx。但是我在论坛里查了所有关于计算pmf的提问，大家都是通过pullf得出pmf曲线，所以很疑惑，这样算是不是有什么精度问题的限制所以用pullf进行。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)