计算化学公社

标题: 粗粒化模拟十二烷密度偏大的问题2 [打印本页]

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2025-12-22 16:09
标题: 粗粒化模拟十二烷密度偏大的问题2
继之前的帖子（粗粒化模拟十二烷密度偏大的问题
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 6&fromuid=55969
(出处: 计算化学公社)
）请教各位之后，对体系做了简化只有油相，盒子尺寸80埃*80埃*80埃，放了1355个十二烷分子（根据密度0.753g/cm3计算），十二烷粗粒化模型是根据全原子模型映射为三个珠子。采用的力场参数，mdp，top文件等如下，但是最终得到的密度依旧是1g/cm3。再次请教各位：
1、我的力场参数的问题吗？
2、建模计算十二烷数目，计算时用到的十二烷分子量是真实分子量170.33，还是粗粒化的216（映射为三个珠子C1，3*72）？
3、如果密度并非我关注的重点，我可以忽略这个问题继续往下做吗？
力场文件：
(, 下载次数 Times of downloads: 2)
(, 下载次数 Times of downloads: 1)
mdp文件：
(, 下载次数 Times of downloads: 2)
(, 下载次数 Times of downloads: 2)
最终密度：
(, 下载次数 Times of downloads: 0)

作者
Author: lmch 时间: 2025-12-23 22:06
本帖最后由 lmch 于 2025-12-23 22:48 编辑

用autoff简要测试了一次，C12密度 826.140259 kg/m3@ 293K+1bar (exp: 749.55) 对应珠子参数的质量是~57。

mdp临时套用全原子的。

更新：用了cg的mdp C12密度 774.904 kg/m3@ 293K+1bar 大概满足标准。

作者
Author: zhangfaxue 时间: 2025-12-24 09:33

lmch 发表于 2025-12-23 22:06
用autoff简要测试了一次，C12密度 826.140259 kg/m3@ 293K+1bar (exp: 749.55) 对应珠子参数的质量是~57 ...

请问cg是什么？第二个测试是粗粒化吗，方便请教一下力场参数如何设置的吗

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