计算化学公社

标题: gromacs模拟高温物相转变的系综选择？ [打印本页]

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2025-12-24 10:47
标题: gromacs模拟高温物相转变的系综选择？
请问sob老师及各位大佬，gromacs可以模拟高温（比如591.45K）的物相转变过程吗，如果可以的话，针对液气相转变过程的md运行我选择NPT系综可以吗，有没有出处的依据说明？

作者
Author: student0618 时间: 2025-12-24 11:49
力场一般是为condensed phase优化的，boiling point未必准确，要自己测试一下。

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2025-12-24 12:07

student0618 发表于 2025-12-24 11:49
力场一般是为condensed phase优化的，boiling point未必准确，要自己测试一下。

好滴老师，这个温度是我的溶剂分子的自燃点，那请问选择NPT系综是合理的嘛？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-26 04:47

Wxh18130507355 发表于 2025-12-24 12:07
好滴老师，这个温度是我的溶剂分子的自燃点，那请问选择NPT系综是合理的嘛？

一般用NVT系综。要不然变成气态后盒子会猛烈膨胀

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2025-12-26 09:56

sobereva 发表于 2025-12-26 04:47
一般用NVT系综。要不然变成气态后盒子会猛烈膨胀

确实会，请问sob老师，gromacs是不是无法分析这种气液相的转变过程，包括高温模拟后生成产物的一系列分析

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-27 02:30

Wxh18130507355 发表于 2025-12-26 09:56
确实会，请问sob老师，gromacs是不是无法分析这种气液相的转变过程，包括高温模拟后生成产物的一系列分析

怎么不能分析

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2025-12-28 14:31

sobereva 发表于 2025-12-27 02:30
怎么不能分析

恳请sob老师指条明路，分析这种转变过程及生成产物的教程在哪里有呀！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-28 14:35

Wxh18130507355 发表于 2025-12-28 14:31
恳请sob老师指条明路，分析这种转变过程及生成产物的教程在哪里有呀！

如果你是指分子液体变成分子气体，不牵扯化学键形成/断裂，这就是GROMACS极其擅长的事。gromacs自带了不少分析工具，诸如gmx clustsize统计簇的情况、gmx density统计密度分布情况，等等，还可以自己写VMD tcl脚本根据实际情况和要求做各种统计分析。所有这些都是北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）里很详细讲了的，专门有详细的液-汽两相和转化过程的模拟+分析例子。

作者
Author: Wxh18130507355 时间: 2025-12-28 15:31

sobereva 发表于 2025-12-28 14:35
如果你是指分子液体变成分子气体，不牵扯化学键形成/断裂，这就是GROMACS极其擅长的事。gromacs自带了不 ...

sob老师，我是想通过gromacs模拟溶剂分子氟化前后电解液在沸点66摄氏度时的液-气的两相的转变过程，探讨氟化对电解液关于在高温下的一个稳定性能，是否氟化后能够提升其沸点从而降低蒸汽积聚电解液发生爆炸的可能性，这样通过gromacs是可以模拟分析达到的嘛，恳请您回复一下

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-30 14:40

Wxh18130507355 发表于 2025-12-28 15:31
sob老师，我是想通过gromacs模拟溶剂分子氟化前后电解液在沸点66摄氏度时的液-气的两相的转变过程，探讨 ...

可以

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