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标题: 求助蛋白和多肽连接运行nvt一直出问题 [打印本页]

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Author: liuyun001 时间: 2025-12-24 11:23
标题: 求助蛋白和多肽连接运行nvt一直出问题
老师好，

我现在模拟的体系是iii多肽和锆结合后，整体再和蛋白通过巯基链接。力场是amber+UFF，体系中加入了氯化钠确保电中性，但运行nvt一直出问题，求老师解答一下，附件中是gromacs模拟nvt遇到的问题，nvt参数文件和topol文件（蛋白有两个itp,多肽的itp是protein.itp)

作者
Author: student0618 时间: 2025-12-24 11:53
没看到附件及报错讯息。

作者
Author: liuyun001 时间: 2025-12-24 14:52
不好意思老师，图片在新的附件中

作者
Author: Myth 时间: 2025-12-24 15:45
整个系统没有电中性呀，提醒有不为零的静电荷，再仔细检查一下力场文件看看？

作者
Author: HNUST 时间: 2025-12-25 22:01
手动调整一下电荷

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-26 04:49
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “蛋白和多肽连接” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-26 05:21
净电荷偏离0只有0.00029的程度可以无视

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