计算化学公社

标题: Gaussian优化后结构不是完全平面的，有可能它的结构就是弯曲的嘛 [打印本页]

作者
Author: 苹果香蕉梨 时间: 2025-12-24 12:32
标题: Gaussian优化后结构不是完全平面的，有可能它的结构就是弯曲的嘛
遇到一个问题不知道是否可以联系起来，25年一篇文献报道通过将一种化合物嵌入碳纳米管里，使其平面结构变弯曲，会提高某种催化性能。我的化合物比它多几个取代基，我通过优化后在Gaussian View它并不是平面的而是弯曲的，因为我不是很懂计算，不明白是我用的计算方法不对导致弯曲，还是结构就是这样。
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作者
Author: 北大-陶豫 时间: 2025-12-24 13:17
不共面是合理的。卟啉整个共平面的话氮上氢会打架，外面硫醚基团全共平面的话硫邻位芳香氢会打架。
你的电脑有17核吗？有17核还每个核不到1G内存？当前设置可能不太合理，可能导致计算效率低下。我一般一个核3G以上的内存。

作者
Author: student0618 时间: 2025-12-24 13:54
泛函方面建议参考以下帖子第5节

谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 9&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)

作者
Author: 苹果香蕉梨 时间: 2025-12-24 14:40

北大-陶豫发表于 2025-12-24 13:17
不共面是合理的。卟啉整个共平面的话氮上氢会打架，外面硫醚基团全共平面的话硫邻位芳香氢会打架。
你的电 ...

好的，感谢我会更深入了解一下您说的这方面，感谢纠正核数内存确实设置的不合理，因为我不知道怎么能提高效率所以设置的尽量最大的

作者
Author: 苹果香蕉梨 时间: 2025-12-24 14:43

student0618 发表于 2025-12-24 13:54
泛函方面建议参考以下帖子第5节

谈谈量子化学研究中什么时候用B3LYP泛函优化几何结构是适当的

好的，感谢我会再深入学习一下，是因为很多人做这个类似的分子（就是取代基不同）都用的b3lyp嘛，后续计算我就是模仿别人用的，我会再深入了解这方面

作者
Author: wzkchem5 时间: 2025-12-24 21:05
有的卟啉、酞菁配合物，因为二阶Jahn-Teller畸变，会自发偏离平面对称性。参见D. L. Cullen, L. V. Desai, J. A. Shelnutt and M. Zimmer, Conformational Analysis of the Nonplanar
Deformations of Cobalt Porphyrin Complexes in the Cambridge Structural Database, Structural
Chemistry 12, 127 (2001).

作者
Author: 苹果香蕉梨 时间: 2025-12-24 22:23

wzkchem5 发表于 2025-12-24 21:05
有的卟啉、酞菁配合物，因为二阶Jahn-Teller畸变，会自发偏离平面对称性。参见D. L. Cullen, L. V. Desai, ...

感谢，这篇文章帮助很大

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