计算化学公社

标题: 聚合物PEO建模无法导出结构文件 [打印本页]

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Author: wangyueda 时间: 2025-12-24 21:28
标题: 聚合物PEO建模无法导出结构文件
请问下各位老师，如何构建聚合度为10的聚乙二醇PEO。我在ChemDraw上画了如下结构，想导出结构文件时，直接在ChemDraw中save as mol格式的文件(PEO.mol)并用gview打开时，还是显示为单体构型而不是聚合物结构。而把此结构复制进Chem3D中，聚合度显示正常但是链状结构变成了部分环状结构，请问这是什么问题？附上所有相关文件。

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Author: student0618 时间: 2025-12-24 23:34
1. 应先粗略优化一下，氢和氧太近很可能被误以为有bond。
2. 或者试试以下工具？ (我没试过)
可生成任意聚合度线形聚合物结构、拓扑以及电荷的在线程序
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 1&fromuid=64740
(出处: 计算化学公社)

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Author: yuechenghua 时间: 2025-12-25 09:23
本帖最后由 yuechenghua 于 2025-12-25 09:42 编辑

你给的mol文件我看了一下，每个单体之间互相重叠了（坐标是一样的），所以可视化的时候看起来像就只有一个单体，可能是你ChemDraw画完没生成3D结构？
至于简单的线性聚合物可以试试charmm-gui，那个上面同时还会把拓扑文件给你

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Author: wangyueda 时间: 2025-12-25 11:23

yuechenghua 发表于 2025-12-25 09:23
你给的mol文件我看了一下，每个单体之间互相重叠了（坐标是一样的），所以可视化的时候看起来像就只有一个 ...

画完怎么生成3D结构呢？

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Author: yuechenghua 时间: 2025-12-25 15:40

wangyueda 发表于 2025-12-25 11:23
画完怎么生成3D结构呢？

没用过ChemDraw，但应该有这个功能，可能需要你自己挨个点一点或者看下手册，原理就是调用分子力场进行简单的优化，然后输出的结构就有xyz坐标了。

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