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标题: 求助：CP2K计算NEB过渡态的一些疑问 [打印本页]

作者
Author: xmuqyj 时间: 2025-12-25 10:26
标题: 求助：CP2K计算NEB过渡态的一些疑问
本帖最后由 xmuqyj 于 2025-12-25 10:30 编辑

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我使用初态文件放入Multiwfn进行生成的NEB过渡态输出文件如上，我想要插点4个，即 6 个镜像（初态 + 4 插点 + 末态），生成了6个xyz文件后，输入文件插点数必须要写6，不然就报错，我不理解，vasp的过渡态计算中并不会对初末态进行计算，cp2k的意思是初末态也算插点数，对其也进行计算，这不是降低计算效率吗？
第二个问题是，既然我的6个镜像文件已经放在同文件夹，输入文件.inp最上面有一列结构文件，这貌似没有用，可以删掉吗？
第三个问题是，如果我想要续算，输出文件会生成很多-1_0123.restart文件，我只需要把输入文件的文件名由.xyz改成这个吗？但是我看每一个-1_.restart文件里有很多结构，我不理解是什么意思
第四个问题，结构文件必须要xyz格式吗，一直转换文件格式好麻烦，以后cp2k能不能直接兼容VASP的输出文件CONTCAR呀?此外，neb任务的输出文件有的是从0开始编号，0123，有的又是从1开始编号，1234，实在太乱了，我不理解。。。

作者
Author: 丁越 时间: 2025-12-25 15:41
1. 这里的设置的插点数目就包含始末结构，没啥不好理解的。你提供的结构数目少于插点数目时程序会自动帮你插值。OPTIMIZE_END_POINTS 已经设置为了F，就代表对始末结构不做优化。如果你的始末态是没有经过优化的，把这个选项设置为T就能在算NEB的过程中同时优化始末结构。
2. 结构文件指哪个？restart文件还是xyz，没必要删除，文件体积又不大，占不了多少存储空间。
3. 续算直接提交CONTCAR-1.restart计算就行，后续产生的文件命名会改为-1_1-n.XXX，不存在文件覆盖问题。每一个CONTCAR-1_n.restart代表每进行一次NEB计算后产生的续算文件，其中的最新一步restart的文件内容和CONTCAR-1.restart是一样的。
4. 为什么需要转化为CONTCAR呢，有啥使用的必要么

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-26 04:09
“cp2k能不能直接兼容VASP的输出文件CONTCAR呀” 毫无意义，毫无必要，凭什么要兼容，这又不是什么流行、普适、众所周知的主流格式，昂贵的VA$P更不是什么必用的程序
“一直转换文件格式好麻烦” 有什么麻烦的？诸如常见的cif文件转成xyz，用Multiwfn载入cif后输入xyz再输入要产生的xyz文件路径，立马就得到了，有什么麻烦的。restart文件（如几何优化任务得到、并作为NEB始末点的结构）也是可以直接这么靠Multiwfn瞬间转成xyz文件。北京科音CP2K第一性原理计算培训班（http://www.keinsci.com/KFP）里极度全面系统讲CP2K做NEB的各种例子里都充分体现了。非要莫名其妙多一步鼓捣VASP的文件绕弯路才是真正的自找麻烦。

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