计算化学公社

标题: 如何比对不同镧系离子的结合自由能差异 [打印本页]

作者
Author: YuniJ 时间: 2025-12-25 22:35
标题: 如何比对不同镧系离子的结合自由能差异
如题所示，参考使用Gaussian做镧系金属配合物的量子化学计算 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元完成了7组镧系离子和的蛋白配体粗的几何优化、振动分析、单点计算和波函数稳定性测试，想请问关于比较蛋白配体簇对不同镧系离子的选择性指标，之前帖子里老师推荐比较不同镧系离子的结合自由能，我目前算的都是隐式溶剂模型，参考了谈谈分子间结合能的构成以及分解分析思想 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元和谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算 - 思想家公社的门口：量子化学·分子模拟·二次元，因为我的体系净电荷是-2，请问我是否还需要做蛋白配体簇和镧系离子复合物真空下的几何优化+振动分析+单点计算、蛋白配体簇的真空下的几何优化+振动分析+单点计算、以及镧系离子真空下的几何优化+振动分析+单点计算才能进行镧系离子和蛋白配体簇的结合自由能计算（ΔGbind(sol)=GAB(sol)−GA(sol)−GB(sol)？感谢各位老师指导一下，除此之外想知道除了结合自由能还需要比较什么差异？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-26 03:31
你算的只是气相自由能变。如果你想衡量溶剂环境下的结合自由能的差异，还得算这三个体系算溶解自由能，把溶解自由能之差加进去
记得镧系离子的溶解自由能不能光靠隐式溶剂模型算，下文说了单原子离子的情况
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327（http://bbs.keinsci.com/thread-3345-1-1.html）

如果想分析得更细致，用Multiwfn分析配位键情况，如ETS-NOCV等。参考
使用Multiwfn通过ETS-NOCV方法深入分析片段间的轨道相互作用
http://sobereva.com/609（http://bbs.keinsci.com/thread-24439-1-1.html）
Multiwfn支持的分析化学键的方法一览
http://sobereva.com/471（http://bbs.keinsci.com/thread-12488-1-1.html）

作者
Author: YuniJ 时间: 2025-12-26 15:26

sobereva 发表于 2025-12-26 03:31
你算的只是气相自由能变。如果你想衡量溶剂环境下的结合自由能的差异，还得算这三个体系算溶解自由能，把溶 ...

那么老师我一共需要有六个体系的结果：分别是隐式溶剂模型下的镧系离子-蛋白配体簇、蛋白配体簇、镧系离子和真空下镧系离子-蛋白配体簇、蛋白配体簇、镧系离子，然后根据老师您教程里面的公式进行计算，我理解的对吗？另外我想请问一下老师关于配位键，我使用了PLIP工具（一个识别蛋白质和配体，包括金属离子相互作用的工具）得到的金属相互作用个数可以认为是配位键的个数吗？

作者
Author: student0618 时间: 2025-12-26 18:14
本帖最后由 student0618 于 2025-12-26 18:17 编辑

PLIP是基于键长键角判断成键的，它的目的是大分子相互作用分析及可视化。远不如Multiwfn的方法严谨。

如何看配位数可参考sob老师的相关博文，其实楼主1楼贴的镧系示例已经有如何看配位数的例子。

作者
Author: YuniJ 时间: 2025-12-26 22:06

student0618 发表于 2025-12-26 18:14
PLIP是基于键长键角判断成键的，它的目的是大分子相互作用分析及可视化。远不如Multiwfn的方法严谨。

如 ...

好呢，谢谢老师！请问老师按照计算结合自由能我的体系对吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-27 02:24

YuniJ 发表于 2025-12-26 15:26
那么老师我一共需要有六个体系的结果：分别是隐式溶剂模型下的镧系离子-蛋白配体簇、蛋白配体簇、镧系离 ...

描述不具体，也没说怎么算的。我的叙述已经很清楚了
气相下结合自由能怎么算下文说了：
谈谈分子间结合能的构成以及分解分析思想
http://sobereva.com/733（http://bbs.keinsci.com/thread-50890-1-1.html）

前面强调了单原子离子没法光用隐式溶剂模型算溶解自由能

作者
Author: YuniJ 时间: 2025-12-27 14:29

sobereva 发表于 2025-12-27 02:24
描述不具体，也没说怎么算的。我的叙述已经很清楚了
气相下结合自由能怎么算下文说了：
谈谈分子间结合 ...

老师我明白了，感谢感谢

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