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标题: ONIOM计算酶催化反应（DFT:Amber）原理求助 [打印本页]

作者
Author: hfc 时间: 2025-12-25 23:35
标题: ONIOM计算酶催化反应（DFT:Amber）原理求助
请问下大家，在使用高斯计算ONIOM的时候计算酶催化反应（DFT:Amber），想问下QM区域的点电荷是是会随着QM区域的变化而更新吗？就是高斯为自动更新QM区域的点电荷吗？根据ONIOM的原理E=EQM/S+EMM/R-EMM/S (R和S分别表示活性位即QM区和系统所有的原子) 如果QM区域电荷一直不变的话，QM/MM之间的相互作用一直是固定点电荷处理的。那这样的话ONIOM模型应该对很多反应都描述不对吧？QM/MM静电相互作用在酶催化里太重要了，希望能收到大家热心的解答，谢谢大家！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-26 03:23
默认会算QM区的拟合静电势电荷，看手册里MKUFF选项

作者
Author: hfc 时间: 2025-12-26 10:17

sobereva 发表于 2025-12-26 03:23
默认会算QM区的拟合静电势电荷，看手册里MKUFF选项

谢谢 Sob老师的解答我翻看了手册它的原话是：MKUFF uses the Merz-Kollman-Singh approximate charges during geometry optimization microiterations with electronic embedding but using UFF radii, which are defined for the full periodic table。有几个疑问：1. 意思是我只有开了（DFT：Amber)=EmbedCharge 和Opt关键词才会触发QM区域的电荷的拟合吗？ 2. 这里说的electronic embedding是指EmbedCharge关键词吗？2. 那如果我只计算单点的话就不会拟合静电势了吗？请老师解答谢谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-27 03:16

hfc 发表于 2025-12-26 10:17
谢谢 Sob老师的解答我翻看了手册它的原话是：MKUFF uses the Merz-Kollman-Singh approximate charges d ...

是。自动算QM区的原子电荷是几何优化时的微迭代过程中表现QM对MM原子的静电作用用到的，单点时根本用不着。
是
是

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