计算化学公社

标题: 发现跑出来的IRC呈现这种形式，是不是过渡态有问题？ [打印本页]

作者
Author: chansens 时间: 2025-12-26 09:37
标题: 发现跑出来的IRC呈现这种形式，是不是过渡态有问题？
寻找过渡态，发现跑出来的IRC呈现这种形式，是不是过渡态有问题？

作者
Author: Hugo_314cat 时间: 2025-12-26 10:31
看上去只是过渡态和左端的能量差很低而已，无伤大雅。帖子名字建议改具体点。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-26 11:33
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “过渡态计算” 改了，以后务必注意！下次将删帖+扣分处理。

只要整体是单调上升-下降的趋势、曲线平滑，并且IRC能跑到期望的结构就完了，当前毫无必然异常，起码是没给出更多信息的情况下没法说异常。
另外，当前势垒极低，有没有势垒受计算级别影响很大。

作者
Author: chansens 时间: 2025-12-26 14:49

sobereva 发表于 2025-12-26 11:33
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的老师，下次一定注意提问的准确性

我的体系是催化反应，且属于柔性体系。我是用M062X/def2svp做的几何优化和频率计算，M062X/def2TZVP做的能量计算，后续作能垒图发现，用shermo计算的吉布斯自由能甚至出现了-100kcal/mol的情况，请问sob老师，是哪里出现问题了吗

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-27 02:25

chansens 发表于 2025-12-26 14:49
好的老师，下次一定注意提问的准确性

我的体系是催化反应，且属于柔性体系。我是用M062X/def2svp做的 ...

“用shermo计算的吉布斯自由能甚至出现了-100kcal/mol的情况” 完全语义不明，是自由能垒还是什么玩意

作者
Author: 超限制抱怨 时间: 2025-12-29 05:05
本帖最后由超限制抱怨于 2025-12-29 05:09 编辑

sobereva 发表于 2025-12-26 11:33
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

sob老师，我也遇到了这类问题。对于能垒极低过渡态的能垒比较，该如何比较能让审稿人信服。在wb97xd/def2tzvvp级别下的势垒与dlpno-ccsd(t)/cc-pvtz下的势垒比较得到完全相反的结果。
另外，在wb97xd/def2tzvvp下为无能垒过程，但在dlpno-ccsd(t)/cc-pvtz级别下为有能垒过程。但其电子能趋势是一致的，考虑吉布斯矫正则出现前述的结果。

作者
Author: chansens 时间: 2025-12-29 08:48

sobereva 发表于 2025-12-27 02:25
“用shermo计算的吉布斯自由能甚至出现了-100kcal/mol的情况” 完全语义不明，是自由能垒还是什么玩意

进一步计算出的自由能垒

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-30 14:55

chansens 发表于 2025-12-29 08:48
进一步计算出的自由能垒

确保单点计算得到的波函数稳定，可以做波函数稳定性测试
并且弄清楚改成大基组后电子能垒是多少，分开来搞清楚情况。电子能垒倘若都不靠谱，说自由能垒没意义

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-30 14:56

超限制抱怨发表于 2025-12-29 05:05
sob老师，我也遇到了这类问题。对于能垒极低过渡态的能垒比较，该如何比较能让审稿人信服。在wb97xd/def2 ...

没有叫def2tzvvp的东西
不说具体体系、是什么反应，讨论这个没意义。本来不同理论方法就有不同的适用范畴

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