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标题: GROMACS模拟PEO/LiTFSI体系，Li+与EO配位数过大 [打印本页]

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Author: shiyuanfan 时间: 2025-12-26 23:09
标题: GROMACS模拟PEO/LiTFSI体系，Li+与EO配位数过大
本帖最后由 shiyuanfan 于 2025-12-26 23:34 编辑

各位老师，我参考文献的OPLS-AA力场，用GROMACS模拟PEO/LiTFSI（摩尔比16：1）的体系，流程是
利用packmol构建初始结构，40条聚合物为64的PEO链，两端用氢饱和，160个Li+和TFSI-；
利用AUTOFF构建拓扑文件，原子电荷采用ORCA结合Multiwfn得到的RESP2电荷，并将Li+、TFSI-、PEO的原子电荷都缩放0.8倍；
平衡相eq模拟 NPT过程，0-1ns 0-500K；2-3ns维持500K；3-4ns 500-400K；4-5 ns 维持400K；5-6 ns 400-303K；7-10 ns维持303K。产生相维持303K 模拟10ns
但是得到的结果感觉rdf和配位数不太合理，Li+与EO单元中的O配位数超过6了，明显过大，并且Li+于TFSI-阴离子几乎不配位，这和实际也不太相符。
请问各位老师，上述结果的不合理性可能是什么因素引起的，修改什么输入参数可以降低Li+与EO的配位数呢？
附件是我的模拟文件。

作者
Author: spinel 时间: 2025-12-27 00:57
参考哪篇文献可以上传一下链接吗？

作者
Author: shiyuanfan 时间: 2025-12-27 10:52

spinel 发表于 2025-12-27 00:57
参考哪篇文献可以上传一下链接吗？

10.3390/polym13071131 您好，是这篇

作者
Author: huangzi 时间: 2025-12-29 19:15
tfsi的力场是如何获得的啊，我和你的不一样

作者
Author: yuzc 时间: 2025-12-30 09:20
https://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcb.0c05108
请查阅此文献。 PEO：1.0，LiTFSI: 0.75 缩放系数。
需要指出，缩放电荷是为了重现溶剂的介电作用，对于PEO体系没什么理由缩放PEO本身的电荷。

作者
Author: 不想飞的猫头鹰 时间: 2025-12-30 11:41

yuzc 发表于 2025-12-30 09:20
https://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcb.0c05108
请查阅此文献。 PEO：1.0，LiTFSI: 0.75 缩放系数。
需要 ...

想请教下，这里说的介电作用指的是溶剂对溶质电荷的屏蔽效应吗？一般是只缩放溶质而不需缩放溶剂的电荷是吗？另外，什么时候需要进行缩放呀，相比于不缩放电荷的模拟会产生什么影响？十分感谢

作者
Author: shiyuanfan 时间: 2025-12-30 16:51

yuzc 发表于 2025-12-30 09:20
https://dx.doi.org/10.1021/acs.jpcb.0c05108
请查阅此文献。 PEO：1.0，LiTFSI: 0.75 缩放系数。
需要 ...

好的，我研读一下，非常感谢

作者
Author: shiyuanfan 时间: 2025-12-30 16:51

huangzi 发表于 2025-12-29 19:15
tfsi的力场是如何获得的啊，我和你的不一样

根据autoff得到的

作者
Author: yuzc 时间: 4 day ago

不想飞的猫头鹰发表于 2025-12-30 11:41
想请教下，这里说的介电作用指的是溶剂对溶质电荷的屏蔽效应吗？一般是只缩放溶质而不需缩放溶剂的电荷是 ...

缩放一般不会对rdf等行为有趋势上的改变，主要是为了合理的动力学性质，如扩散。可以参考下我发的文献，作者讲解了。

作者
Author: 不想飞的猫头鹰 时间: 前天 12:26

yuzc 发表于 2026-1-19 20:51
缩放一般不会对rdf等行为有趋势上的改变，主要是为了合理的动力学性质，如扩散。可以参考下我发的文献， ...

好的，谢啦

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