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标题: gromacs蛋白质小分子配体分子动力学模拟氢键数量为0求助 [打印本页]

作者
Author: duleyu 时间: 2025-12-27 15:53
标题: gromacs蛋白质小分子配体分子动力学模拟氢键数量为0求助
通过ff14sb和GAFF给蛋白质和小分子配体添加，采用sobtop给小分子添加拓扑。整个动力学模拟过程中没有报错，整个体系运行了100ns。运行结束后对RMSD,RMSF,氢键，Rg分别进行分析，结果如下。RMSD结果显示，该体系已经平衡。但是氢键数量在有的时间段为0，这和我看到的SCI论文不一致。想知道发中药复方网络药理学方向的纯干实验SCI论文，氢键数量必须在整个模拟过程中（100ns）内均存在吗（至少一个）？以及我应该如何针对我出现的结果进行重新模拟或是进一步分析？

作者
Author: student0618 时间: 2025-12-27 16:33
看轨迹那个时间点怎么了。有任何疑问一率先看轨迹再问。

作者
Author: Myth 时间: 2025-12-27 19:06
VMD多看看轨迹，看看配体和蛋白的相对位置，有没有发生配体和蛋白的结合什么的。而且VMD可以显示选中蛋白和配体，以氢键模式显示，可以看到有没有氢键。

作者
Author: sobereva 时间: 2025-12-28 08:14
网上答疑时，老看到有人提问时光拿曲线说事，非要靠RMSD曲线或其它曲线猜测是什么情况；而明明有直观的轨迹却不拿VMD看一眼，令我费解。包括量子化学领域也是，老是有人光拿IRC能量曲线，或者能量收敛曲线情况来提问，就是不看结构变化轨迹弄清楚过程发生了什么。

作者
Author: duleyu 时间: 2025-12-28 19:36

student0618 发表于 2025-12-27 16:33
看轨迹那个时间点怎么了。有任何疑问一率先看轨迹再问。

好的，感谢

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