计算化学公社
标题: 请教各位老师理想的新材料/MD方向AI计算环境配置 [打印本页]
作者Author: 谷鸽SD 时间: 2025-12-30 22:16
标题: 请教各位老师理想的新材料/MD方向AI计算环境配置
各位公社的大佬、老师们好：
我是化学本科出身，以前毕设跟老师做过一点简单的DFT计算（主要是Gaussian），后来转行去了某GPU算力平台做类产品方向，现在负责新材料/化学方向的业务支持。
虽然我们手里有不少GPU/CPU资源，但我知道“有机器”和“能做科研”是两码事。特别是涉及到我不熟悉的分子动力学（MD）等等一些领域。
综上，特地回计算化学公社来请教一下各位一线科研人员：
1. 关于科研工作流：大家平时做课题，或者说偏向于GPU加速的科研计算场景的上下游，这整个过程通常是怎么流转的？
2. 关于“装机必备”：除了 VASP, GROMACS, LAMMPS 这些核心计算程序，还需要装哪些辅助工具？（比如用于前后处理的、格式转换的、或者某些特定的Python库）。
3. 现有痛点：大家平时租用服务器或者用超算时，最不爽的地方在哪里？（排队慢？存储不够？还是为了配个环境要折腾好几天？）
一点心意：我们是真心想做化学研究/材料研究垂类上一个高可用性的算力+科研平台。为了感谢大家的建议，凡是提供有效建议的老师/同学，我可以申请给大家开通免费的算力账号供测试或日常使用。另外，如果有名校博士或资深人员愿意长期指导我们梳理这些需求（兼职顾问形式），我们也支持付费咨询。
有兴趣吐槽两句，或者愿意深入交流的朋友，欢迎联系我的邮箱：1352141384@qq.com，或者在楼下留言，我会主动联系您。
打扰大家了，感谢！
作者Author: sobereva 时间: 2025-12-31 00:13
2 Multiwfn（http://sobereva.com/multiwfn）用处极大。虽然这是最流行的波函数分析程序，但在CP2K、ORCA输入文件创建方面被用得十分普遍，xyz/cif/gro/pdb/mol2/fch/wfn/molden/mwfn等格式互转也被广泛使用，还有强大的光谱绘制、几何结构操作、格点数据处理等功能。原文已被引用多达约四万次。
参见：
Multiwfn FAQ
http://sobereva.com/452
Shermo在计算热力学量方面应用已很广泛，见：
使用Shermo结合量子化学程序方便地计算分子的各种热力学数据
http://sobereva.com/552（http://bbs.keinsci.com/thread-17494-1-1.html）
Molclus在构象搜索方面被使用很广泛，见
Molclus主页
http://www.keinsci.com/research/molclus.html
另可建议参考下文中计算程序流行度投票情况（反映内行群体情况，不反映外行群体）
2024年计算化学公社举办的计算化学程序和DFT泛函的流行程度投票结果
http://sobereva.com/706（http://bbs.keinsci.com/thread-45272-1-1.html）
不要自己在标题里手写【求助】这种碍眼的标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意
作者Author: SharkYYX2025 时间: 2025-12-31 19:41
我平时主要用超算，本人在实验组主要是做实验，然后自费做计算，没法自费买个服务器，就租用超算机时，我简单描述一下上面2 3两个问题。
做你们这一行竞争似乎很激烈。我们学校经常有卖服务器 卖超算租赁的销售在各个课题组推销，拉着学生加微信，虽然我们这边化工材料方向，大部分都是做实验的，纯做计算的组非常稀少。感觉新的算力平台需要多推广自己，要不没竞争力。那几家大的平台非常垄断市场。也许可以提供试用机时，来招揽新顾客。
2. 市面上常用软件都得有，主要是看客户需求，基本上是集中在做计算的软件，需要备好各个常见版本。后处理和分析类软件可能用的不太多，因为自己电脑通常做得动。但是你准备好多种软件的话肯定更好，这就是卖点。也不一定都是装在超算平台，如果有一些常见小程序比如packmol xtb MOPAC，可以提供win版给客户用。虽然这些在网上有下载，但是很多时候别人并不知道，计算新手很多的。
我租的那家情况是，市面上各种付费或者免费软件各版本基本都有，我说我需要XX软件X版本，程序员就给我麻利的装好环境+测试，令人满意。平时系统偶尔出问题，程序员会给我积极处理。因为并不是所有人都比较懂电脑，也不是都有空学这些，大家专长不一样。用户需求比较重要，用超算就是图省心。如果自己买服务器肯定比租超算划算，但是又买又装、装软件编译，不是所有人都胜任的。
3.痛点就是内存不够，我那个512G不太够，做一些耗内存的没法做，比如CCSD系列。然后就是超算机时价格太贵，价格是一个很重要的因素。如果你们能弄一些简单教程，教一下软件基本操作就更好了。不需要很详细，就简单几页，说一下用户可以怎么创建输入文件、常见任务类型。然后，既然都来用超算了，肯定是希望超算平台把环境配好，然后直接用，这一点挺重要。
作者Author: atominerva 时间: 2026-1-1 15:23
做这种其实关键还是客户关系维护吧，开发一个客户就可以一直吃
楼上有说内存不够的，其实CCSDT不但吃内存还吃硬盘，我见过有算CCSDT跑分把集群硬盘卡死，网络卡爆的
做AI还是要有好的镜像，类似autoDL那样，想用什么一键就用，最好再有一个学术加速
作者Author: 谷鸽SD 时间: 2026-1-4 15:35
感谢回复，这对我们很有帮助，不过有区别的一点是，我们更偏向于GPU的智算集群，和传统的超算集群还不完全一样，不过像您说的这些痛点都是可以复用的。
我的计算经验主要停留在Gaussian和ORCA，也都是用超算集群的，所以更想了解大家现在AI4S是怎么用的GPU加速？而且似乎GPU也能做第一性原理计算的加速了，想问问这类似过程中可能会遇到的问题～
作者Author: 谷鸽SD 时间: 2026-1-4 15:36
嗯嗯确实，一语中的！我作为只做过DFT的很好奇大家需要什么样的镜像？
作者Author: rugals 时间: 2026-1-4 22:22
搞算力平台，硬件反而最不重要的那一部分。
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