计算化学公社

标题: 做Zn的002晶面和水凝胶的吸附能，cp2k中断 [打印本页]
作者
Author: moiraaa    时间: 2026-1-2 16:35
标题: 做Zn的002晶面和水凝胶的吸附能，cp2k中断
各位老师好，我目前在做Zn的002晶面和水凝胶的吸附能（现在在结构优化这步），在WSL的Debian上安装的CP2K(拜读这位老师的cp2k-2025.1在Debian-wsl2中的安装(附所需所有第三方库) - 第一性原理 (First-principles) - 计算化学公社帖子安装的)，在MS中建模并利用Multiwfn输出.inp文件。我是用SZV-MOLOPT-SR-GTH基组和PBE泛函进行优化，体系有694个原子
但是我输入命令之后，计算就中断了，不知道是什么原因
asus@aaa:/mnt/e/my_calc$ cd /mnt/e/my_calc/t
asus@aaa:/mnt/e/my_calc/t$ export OMP_NUM_THREADS=1
asus@aaa:/mnt/e/my_calc/t$ mpirun -np 8 --map-by :OVERSUBSCRIBE /home/asus/cp2k-2025.1/exe/local/cp2k.popt Zn002.inp
DBCSR| CPU Multiplication driver                                           XSMM (U)
DBCSR| Multrec recursion limit                                              512 (U)
DBCSR| Multiplication stack size                                           1000 (D)
DBCSR| Maximum elements for images                                    UNLIMITED (U)
DBCSR| Multiplicative factor virtual images                                   1 (U)
DBCSR| Use multiplication densification                                       T (D)
DBCSR| Multiplication size stacks                                             3 (U)
DBCSR| Use memory pool for CPU allocation                                     F (U)
DBCSR| Number of 3D layers                                               SINGLE (U)
DBCSR| Use MPI memory allocation                                              F (U)
DBCSR| Use RMA algorithm                                                      F (U)
DBCSR| Use Communication thread                                               T (U)
DBCSR| Communication thread load                                             87 (D)
DBCSR| MPI: My process id                                                     0
DBCSR| MPI: Number of processes                                               8
DBCSR| OMP: Current number of threads                                         1
DBCSR| OMP: Max number of threads                                             1
DBCSR| Split modifier for TAS multiplication algorithm                  1.0E+00 (U)


  **** **** ******  **  PROGRAM STARTED AT               2026-01-02 16:02:35.405
***** ** ***  *** **   PROGRAM STARTED ON                                   aaa
**    ****   ******    PROGRAM STARTED BY                                  asus
***** **    ** ** **   PROGRAM PROCESS ID                                   849
  **** **  *******  **  PROGRAM STARTED IN                      /mnt/e/my_calc/t

CP2K| version string:                                       CP2K version 2025.1
CP2K| source code revision number:                                  git:9635df4
CP2K| cp2kflags: omp libint fftw3 libxc libgrpp elpa parallel scalapack mpi_f08
CP2K|             cosma xsmm plumed2 spglib libdftd4 libvori libbqb
CP2K| is freely available from                            https://www.cp2k.org/
CP2K| Program compiled at                       Tue Dec 30 07:37:48 PM CST 2025
CP2K| Program compiled on                                                   aaa
CP2K| Program compiled for                                                local
CP2K| Data directory path                           /home/asus/cp2k-2025.1/data
CP2K| Input file name                                                 Zn002.inp

GLOBAL| Force Environment number                                              1
GLOBAL| Basis set file name                                        BASIS_MOLOPT
GLOBAL| Potential file name                                           POTENTIAL
GLOBAL| MM Potential file name                                     MM_POTENTIAL
GLOBAL| Coordinate file name                                      __STD_INPUT__
GLOBAL| Method name                                                        CP2K
GLOBAL| Project name                                                      Zn002
GLOBAL| Run type                                                        GEO_OPT
GLOBAL| FFT library                                                       FFTW3
GLOBAL| Diagonalization library                                            ELPA
GLOBAL| DGEMM library                                                      BLAS
GLOBAL| Minimum number of eigenvectors for ELPA usage                        16
GLOBAL| Orthonormality check for eigenvectors                          DISABLED
GLOBAL| Matrix multiplication library                                     COSMA
GLOBAL| All-to-all communication in single precision                          F
GLOBAL| FFTs using library dependent lengths                                  F
GLOBAL| Grid backend                                                       AUTO
GLOBAL| Global print level                                                  LOW
GLOBAL| MPI I/O enabled                                                       T
GLOBAL| Total number of message passing processes                             8
GLOBAL| Number of threads for this process                                    1
GLOBAL| This output is from process                                           0
GLOBAL| OpenMP stack size per thread (OMP_STACKSIZE)                    default
GLOBAL| CPU model name                          AMD EPYC 7R32 48-Core Processor
GLOBAL| CPUID                                                              1002

MEMORY| system memory details [Kb]
MEMORY|                        rank 0           min           max       average
MEMORY| MemTotal             57579324      57579324      57579324      57579324
MEMORY| MemFree              56119280      56119280      56119280      56119280
MEMORY| Buffers                  9620          9620          9620          9620
MEMORY| Cached                 166752        166752        166752        166752
MEMORY| Slab                   127088        127088        127088        127088
MEMORY| SReclaimable            24492         24492         24492         24492
MEMORY| MemLikelyFree        56320144      56320144      56320144      56320144


GENERATE|  Preliminary Number of Bonds generated:                             0
GENERATE|  Achieved consistency in connectivity generation.

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**                                                                           **
**     #####                         ##              ##                      **
**    ##   ##            ##          ##              ##                      **
**   ##     ##                       ##            ######                    **
**   ##     ##  ##   ##  ##   #####  ##  ##   ####   ##    #####    #####    **
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**     #######   #####   ##   #####  ##  ##  ####    ##    #####   ##        **
**           ##                                                    ##        **
**                                                                           **
**                                                ... make the atoms dance   **
**                                                                           **
**            Copyright (C) by CP2K developers group (2000-2025)             **
**                      J. Chem. Phys. 152, 194103 (2020)                    **
**                                                                           **
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TOTAL NUMBERS AND MAXIMUM NUMBERS

  Total number of            - Atomic kinds:                                   6
                             - Atoms:                                        698
                             - Shell sets:                                   698
                             - Shells:                                      1914
                             - Primitive Cartesian functions:               4065
                             - Cartesian basis functions:                   6074
                             - Spherical basis functions:                   5498

  Maximum angular momentum of- Orbital basis functions:                        2
                             - Local part of the GTH pseudopotential:          2
                             - Non-local part of the GTH pseudopotential:      4


SCF PARAMETERS         Density guess:                                    ATOMIC
                        --------------------------------------------------------
                        max_scf:                                             128
                        max_scf_history:                                       0
                        max_diis:                                              4
                        --------------------------------------------------------
                        eps_scf:                                        1.00E-06
                        eps_scf_history:                                0.00E+00
                        eps_diis:                                       1.00E-01
                        eps_eigval:                                     1.00E-05
                        --------------------------------------------------------
                        level_shift [a.u.]:                             0.000000
                        added MOs                                       349  349
                        --------------------------------------------------------
                        Mixing method:                            BROYDEN_MIXING
                                                charge density mixing in g-space
                        --------------------------------------------------------
                        Smear method:                                FERMI_DIRAC
                        Electronic temperature [K]:                        300.0
                        Electronic temperature [a.u.]:                  9.50E-04
                        Accuracy threshold:                             1.00E-10
                        --------------------------------------------------------
                        No outer SCF

*******************************************************************************
***                     STARTING GEOMETRY OPTIMIZATION                      ***
***                                 L-BFGS                                  ***
*******************************************************************************

--------------------------
OPTIMIZATION STEP:      1
--------------------------

Spin 1

Number of electrons:                                                       3635
Number of occupied orbitals:                                               3635
Number of molecular orbitals:                                              3984

Spin 2

Number of electrons:                                                       3634
Number of occupied orbitals:                                               3634
Number of molecular orbitals:                                              3983

Number of orbital functions:                                               5498
Number of independent orbital functions:                                   5498

Extrapolation method: initial_guess
asus@aaa:/mnt/e/my_calc/t$


作者
Author: spinel    时间: 2026-1-2 16:50
可能是内存不够的问题，我在卢老师推荐的7R32双路服务器上可以正常运行你的任务，运行任务的过程中所需内存大概160GB。如果你的服务器上有足够的内存，那可能是软件的问题，建议按照卢老师的博文在rockylinux或者centos下安装CP2K
作者
Author: moiraaa    时间: 2026-1-2 17:47
spinel 发表于 2026-1-2 16:50
可能是内存不够的问题，我在卢老师推荐的7R32双路服务器上可以正常运行你的任务，运行任务的过程中所需内存 ...

老师，你好，cp2k计算都需要这么大的内存吗。还是说我这个原子太多，需要的内存大？
我的电脑才64GB
作者
Author: UW_0728.    时间: 2026-1-2 17:57
本帖最后由 UW_0728. 于 2026-1-2 18:08 编辑

原子数这么多，用的还是对角化，对内存的需求是巨大的；用了smearing，要多计算空轨道，资源需求也就更大了。
这个就不要用自己电脑算了，算不动。提交到一个像样的服务器上，用DZVP-MOLOPT-SR-GTH基组算，不是又快又好？
作者
Author: moiraaa    时间: 2026-1-3 10:29
UW_0728. 发表于 2026-1-2 17:57
原子数这么多，用的还是对角化，对内存的需求是巨大的；用了smearing，要多计算空轨道，资源需求也就更大了 ...

老师好，因为我们并没有服务器，最大的电脑内存也就64GB，像买内存，但是现在内存太贵了，不知道有什么办法/(ㄒoㄒ)/~~
作者
Author: Uus/pMeC6H4-/キ    时间: 2026-1-3 12:21
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ 于 2026-1-3 14:12 编辑

所谓“水凝胶”是一个化学式为C40H58N5O18S1、电荷0自旋多重度2的结构固定的孤立小分子吗？该物质是否应按周期性聚合物来建模，里面每个磺酸基、羧基、咪唑环等的质子化状态如何，是否真正存在自由基，以及是否应该有水等极性溶剂，都需要检查一下。另外这个Zn (002)晶面模型也很不对劲，现实中六方密堆积的Zn不应该有这种看起来是简单立方扩出来的超胞。（编辑：除非有特地打磨或者酸洗之类的处理以及充分表征，否则哪怕是实验用了金属锌也应该考虑表面并非纯净Zn的理论模型，比如用ZnO之类的，如果有湿润水溶液环境还应该羟基化。）

SZV-MOLOPT-SR-GTH的小基组很难说在DFT几何优化中的可靠性如何，再加上柔性分子吸附时有很多可能的构型构象，很可能拿经典力场带显式溶剂模型的分子动力学跑足够长时间充分采样后再算相互作用能比DFT做静态计算更合适当前目的。
作者
Author: moiraaa    时间: 2026-1-3 15:29
Uus/pMeC6H4-/キ 发表于 2026-1-3 12:21
所谓“水凝胶”是一个化学式为C40H58N5O18S1、电荷0自旋多重度2的结构固定的孤立小分子吗？该物质是否应按 ...

老师，您好，
1我是做Zn固体电极材料的所以就没加溶剂，电荷应该是设置错了，应该是-1，我们当时是考虑电脑配置，所以没有设置聚合度，只用了单体，研究的问题是Zn电极，所以我用的只有Zn的模型
2老师，还有一个问题，就是我们如果用分子模拟跑完，截取出最后的构型，但是最后还是得几何优化吧，您是说时间成本和计算成本会比当前直接用DFT计算会少很多吗？



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