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标题: 求助镧蛋白和镧离子fep自由能计算崩溃 [打印本页]

作者
Author: huchen 时间: 2026-1-4 13:12
标题: 求助镧蛋白和镧离子fep自由能计算崩溃
请教一下各位大佬我第一次做fep的自由能计算计算的是镧离子（3+）和镧蛋白的体系然后在模拟的时候显示能量爆炸了想请教一下是不是我的mdp文件设置就有问题还是我的操作流程不对我想体系应该是没有问题的因为在我将free-energy选项关闭后就可以正常计算了
还有一点我不太清楚就是为什么我就算向其中加入了NA和CL离子进行平衡可是仍然会显示体系带有电荷（先将La电荷设置为0 加入NA、CL，最后将电荷改回+3）

附件带有每一步的mdp文件以及部分log文件还有我的提交任务脚本
恳求指点

作者
Author: student0618 时间: 2026-1-4 14:40
用什么力场？

作者
Author: Dempey 时间: 2026-1-4 15:00
做FEP的时候，最好先增长LJ项，再增长Coulomb项。
如FEP教程

In this case, the λ value for Coulombic interactions is always zero while the λ value for transforming van der Waals interactions changes. Then, the van der Waals interactions are fully on (λ = 1.00) while the Coulombic interactions are gradually turned on.

作者
Author: huchen 时间: 2026-1-5 16:38

student0618 发表于 2026-1-4 14:40
用什么力场？

蛋白质用的amber19 水模型 opc3p 镧离子是Merz的12-6 hfe

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