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标题: 求问浮选领域做层状硅酸盐矿物表面水化层模拟研究的软件推荐 [打印本页]

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Author: calcalcal 时间: 2026-1-4 15:40
标题: 求问浮选领域做层状硅酸盐矿物表面水化层模拟研究的软件推荐
博士阶段想做层状硅酸盐矿物表面水化层结构变化和分子动力学模拟研究，目前查阅文献和相关资料，聚焦到LAMMPS、GROMACS、VASP和MS。求问各位大佬，哪个模拟软件最合适做这类研究？

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Author: chenzhe 时间: 2026-1-4 17:28
这个问题本身就是错的。首先lammps和gromacs属于经典分子动力学程序，用的是分子力场。vasp是第一性原理程序，是dft计算周期结构，考虑电子层面。至于ms压根不是一个程序，而是一个各种程序的集合体，每个模块都是独立程序，涉及到DFT、经典MD、MC等等。这几个根本同一类程序，完全没法比较，何来“最适合”一说。再者，问题本身不说具体研究内容需求，我只能回答都有可能。因为无论是DFT还是经典MD都有人用于研究水化过程，只是侧重点不同。

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Author: calcalcal 时间: 2026-1-4 18:08

chenzhe 发表于 2026-1-4 17:28
这个问题本身就是错的。首先lammps和gromacs属于经典分子动力学程序，用的是分子力场。vasp是第一性原理程 ...

嗯嗯谢谢，因为我对这几个软件不太了解，而且研究的内容不止在分子动力学模拟，可能还会有一些吸附构型和电荷分布的研究，所以可能提问的时候出现了一些差错。因为动力学模拟中力场的准确设置是很重要的，我前期试了MS的Forcite模块进行水和层状硅酸盐矿物表面模型的分子动力学模拟，但是在MS的Forcite模块没有设置ClayFF力场的方法，力场设置不准确可能导致计算结果出差错。然后我在摸索过程中有些资料推荐分子动力学模拟用LAMMPS和GROMACS，这两个软件都有文献在用。但是不清楚这两个软件哪个更合适层状硅酸盐矿物和水化层的研究，所以发帖问问求助看看有没有经验丰富的大佬，给点意见和建议。

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Author: chenzhe 时间: 2026-1-4 20:30
本帖最后由 chenzhe 于 2026-1-4 20:33 编辑

calcalcal 发表于 2026-1-4 18:08
嗯嗯谢谢，因为我对这几个软件不太了解，而且研究的内容不止在分子动力学模拟，可能还会有一些吸附构型和 ...

forcite支持clayff，完全可以做，有的是论文用forcite算clayff的，七八年前我也弄过这个。另外如果用clayff，显然gromacs更好。本质上所有经典力场程序包括forcite都一样，都能用，但是针对这个gromacs显然由于lammps，速度是lammps的好几倍。至于foricte，纯玩具，正经人谁用这玩意儿，速度慢到仿佛活在上个世纪

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Author: calcalcal 时间: 2026-1-4 20:54

chenzhe 发表于 2026-1-4 20:30
forcite支持clayff，完全可以做，有的是论文用forcite算clayff的，七八年前我也弄过这个。另外如果用clay ...

好的好的，多谢

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Author: sobereva 时间: 2026-1-4 23:22
前面的人的回复很正确。顺带强调一下，但凡要用的力场是GROMACS支持的、任务也是GROMACS支持的，若无特殊情况一律都优先推荐GROMACS。完全免费、流行度最高、用户数远超所有其它动力学程序（参见http://sobereva.com/706）、速度也是主流动力学程序里几乎最快的（远快于LAMMPS），并且灵活度也是所有程序里最高之一。并且通过北京科音分子动力学与GROMACS培训班（http://www.keinsci.com/KGMX）还可以很顺利从零上手GROMACS并掌握模拟各种问题的做法。
Forcite那种东西完全不像话，又极弱又极慢又极贵又封闭，速度和用户数都只有GROMACS的一个零头。这年头几乎没有专业做动力学的人用这玩意，其用户大多都是MD业余水平（如本科生、实验课题组凑合算算等），在专业圈子里一提用这程序都会遭鄙视。

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