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标题: 求问矿物非正交模型转正交的方法 [打印本页]

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Author: calcalcal 时间: 2026-1-4 15:49
标题: 求问矿物非正交模型转正交的方法
矿物的模型为非正交模型，为了适应水盒子的正交结构，想将矿物模型转为正交模型。求问各位大佬有什么方法可以实现非正交模型转为正交模型，且不影响计算准确性的吗？

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Author: KazusaT 时间: 2026-1-4 18:39
VESTA做一个晶胞变换就可以把

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Author: calcalcal 时间: 2026-1-4 20:44

KazusaT 发表于 2026-1-4 18:39
VESTA做一个晶胞变换就可以把

小白求问大佬有教程吗？

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Author: sobereva 时间: 2026-1-4 23:25
atomsk轻易实现晶胞变换成正交的。论坛首页全文搜索框搜atomsk，之前我回复过

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2026-1-5 01:00
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2026-1-5 01:20 编辑

“非正交”是单斜还是三斜，与水溶液接触的晶面是什么指数，担心影响什么计算的哪方面的准确性？如果需要具体教程得直接上传矿物的原始cif文件，只像之前某个有关滑石的老帖子那样提晶胞参数是不太够的。

晶格正交化涉及晶格矢量的线性变换，a = b, gamma = 120°的六方晶格能简单而严格地正交化，而（边长与夹角不太特殊的）一般单斜或三斜晶格只能在一定阈值内近似正交，从我遇见过的一个例子来看atomsk有可能导出偏大的超胞。

关于楼上说的VESTA，在我这个帖子的第二段零星总结了几个例子。注意VESTA并不直接求得正交化对应的线性变换矩阵，而是在已经有矩阵的情况下编辑并导出晶体结构的。

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Author: calcalcal 时间: 2026-1-5 14:00

sobereva 发表于 2026-1-4 23:25
atomsk轻易实现晶胞变换成正交的。论坛首页全文搜索框搜atomsk，之前我回复过

好的谢谢老师，我找到了这个“atomsk Zn.cif -orthogonal-cell Zn_new.cif”，是这个吗？

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Author: calcalcal 时间: 2026-1-5 14:39

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2026-1-5 01:00
“非正交”是单斜还是三斜，与水溶液接触的晶面是什么指数，担心影响什么计算的哪方面的准确性？如果需要具 ...

老师您好，是这样的，我是想做好几种层状硅酸盐矿物和水的组合模型的分子动力学模拟，后续可能会加入一些有机药剂或者离子。目前还是初学阶段，在前期摸索过程中出现了一些疑问，还请经验丰富的老师们不吝赐教。1、用GROMACS可以进行非正交矿物表面水化模型的分子动力学模拟吗？2、在MS软件中建模，比如绿泥石、高岭石这些矿物是非正交模型，但是建立水盒子的时候发现水盒子好像只能是正交模型，想要矿物表面和水盒子能匹配上，是不是应该把非正交的矿物模型转化为正交模型？模型是否正交会影响矿物表面水化模拟的研究计算准确性吗？3、具体模型我贴一个，麻烦老师教我怎么转正交

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2026-1-5 16:46

calcalcal 发表于 2026-1-5 14:39
老师您好，是这样的，我是想做好几种层状硅酸盐矿物和水的组合模型的分子动力学模拟，后续可能会加入一些 ...

GROMACS当然可以模拟三斜盒子，读一读文档里gmx editconf指令的设置就能看出来。GROMACS的模拟也不是一定需要先分别模拟水盒子和矿物表面再把二者匹配拼起来的，因为有个gmx solvate可以直接用预平衡好的结构填充盒子构建完整体系（当然如果后面要像http://sobereva.com/soft/Sobtop/#FAQ8所说的排查问题那是另一回事）。

这个文件分明是MSI CERIUS2 DataModel文件，不是我说的cif文件，只改个后缀名不能转换格式。这个单斜chlorite结构看起来是很多分立的层堆叠的，a与c的夹角略偏离直角是因为层与层没完全对齐，但若就是以平行于层的晶面接触水，考虑到实际跑MD时层与层本就该在垂直于c方向上相互滑动、平行于层与垂直于层的不同方向应该分别控压，我觉得正交化也不是很有必要。

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Author: calcalcal 时间: 2026-1-5 21:30

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2026-1-5 16:46
GROMACS当然可以模拟三斜盒子，读一读文档里gmx editconf指令的设置就能看出来。GROMACS的模拟也不是一定 ...

嗯嗯，因为这个层状硅酸盐矿平行于c方向和垂直于c方向和水的作用能力有差异，做MD的时候会考虑分别做平行于层面和垂直于层面的两种计算模拟，这样的话不做正交化也可以吗？
才发现我上传的这个绿泥石的夹角偏离90°不是很明显，换一个滑石夹角100°您看看。还是麻烦您有时间的话教教怎么正交化模型

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Author: Uus/pMeC6H4-/キ 时间: 2026-1-5 23:10
本帖最后由 Uus/pMeC6H4-/キ于 2026-1-5 23:15 编辑

calcalcal 发表于 2026-1-5 21:30
嗯嗯，因为这个层状硅酸盐矿平行于c方向和垂直于c方向和水的作用能力有差异，做MD的时候会考虑分别做平行 ...

实验上这些矿物的晶体在“平行于c方向”和“垂直于c方向”都能解理并暴露出对应的晶面吗，晶面指数是多少（从Wulff construction可见这关系到表面能进而决定了表面积），“垂直于c方向”的暴露表面是什么基团做终端（比如羟基）？缺少这些信息是无法构建切合实际的模型、比较水化效果的，相比之下晶格是否正交化对模拟结果的影响可能还小点。这个新的单斜talc结构和上面类似是层堆积错位的情形，我也说了我觉得不必正交化的理由。

编辑：其实不用M$做晶格正交化的操作在上面的链接里也有了

作者
Author: calcalcal 时间: 2026-1-6 20:20

Uus/pMeC6H4-/キ发表于 2026-1-5 23:10
实验上这些矿物的晶体在“平行于c方向”和“垂直于c方向”都能解理并暴露出对应的晶面吗，晶面指数是多少 ...

好的好的，我还得多学习学习，谢谢老师

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