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标题: 羟基化二氧化硅体系最小能量化报错 [打印本页]

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Author: jingAAA 时间: 2026-1-5 13:34
标题: 羟基化二氧化硅体系最小能量化报错
本帖最后由 jingAAA 于 2026-1-5 13:37 编辑

本人在模拟复杂二氧化硅壁面中甲烷和水的界面行为，通过MS建立不同大小的二氧化硅壁面之后加氢并将其替换氧之后再加氢，利用PACKMOL将不同壁面组合起来得到复杂羟基化二氧化硅壁面，在加入水分子和甲烷分子，在这个体系附近加上he板中间的氦板充满二氧化碳，其中水分子力场是采用opls力场中的水模型，甲烷分子是基于LigParGen生成的opls力场下的力场文件，二氧化碳是论坛老师写的关于EPM2力场文件，二氧化硅是自己根据CLAYFF力场参数自己写的力场文件（由于之后运行需要freeze，所以没有写键的相关信息），现在在进行最小能量化时，采用steep得到的能量依然有11个数量级，希望老师可以指导一下，如下我将附上体系结构文件各个拓扑文件以及最小能量化mdp文件。看了论坛的帖子，我自己认为主要问题是关于二氧化硅的结构文件或者力场文件不合适，但是由于自己能力欠缺，希望大家看看哪里出了问题，我及时学习改进。

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