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标题: 求助各位大佬，我的分子动力学模拟修复和不修复蛋白都跑不通AMBER力场 [打印本页]

作者
Author: 书梓扬 时间: 2026-1-5 18:39
标题: 求助各位大佬，我的分子动力学模拟修复和不修复蛋白都跑不通AMBER力场
现在问题是不修复蛋白，蛋白的拓扑文件构建失败，但是如果修复蛋白的话在能量最小化的时候会失败
这是失败的指令：D:\autodock\benfagromacs>gmx mdrun -v -deffnm em
                  :-) GROMACS - gmx mdrun, 2025.2 (-:

Executable: D:\fenzidonglixuemoniruanjian\GROMACS-2025.2_GPU_Windows-AMD64-AVX2_CUDA1263_msvc\bin\gmx.exe
Data prefix:  D:\fenzidonglixuemoniruanjian\GROMACS-2025.2_GPU_Windows-AMD64-AVX2_CUDA1263_msvc
Working dir:  D:\autodock\benfagromacs
Command line:
  gmx mdrun -v -deffnm em

Reading file em.tpr, VERSION 2025.2 (single precision)
1 GPU selected for this run.
Mapping of GPU IDs to the 1 GPU task in the 1 rank on this node:
  PP:0
PP tasks will do (non-perturbed) short-ranged interactions on the GPU
PP task will update and constrain coordinates on the CPU
Using 1 MPI thread
Using 16 OpenMP threads

Steepest Descents:
Tolerance (Fmax) =  1.00000e+03
Number of steps =       50000
Step= 0, Dmax= 1.0e-02 nm, Epot=  3.39863e+16 Fmax=       inf, atom= 182
Step= 14, Dmax= 1.2e-06 nm, Epot=  3.39863e+16 Fmax=       inf, atom= 182
Energy minimization has stopped because the force on at least one atom is not
finite. This usually means atoms are overlapping. Modify the input
coordinates to remove atom overlap or use soft-core potentials with the free
energy code to avoid infinite forces.
You could also be lucky that switching to double precision is sufficient to
obtain finite forces.

writing lowest energy coordinates.

Steepest Descents converged to machine precision in 15 steps,
but did not reach the requested Fmax < 1000.
Potential Energy  =  3.3986272e+16
Maximum force    =          inf on atom 182
Norm of force    =          inf

GROMACS reminds you: "A little less conversation, a little more action, please." (Elvis Presley)

作者
Author: 书梓扬 时间: 2026-1-5 18:40
我使用的是spdbv修复的，求各位大佬给小弟看看怎么解决，被卡了一周了快烦死了

作者
Author: Myth 时间: 2026-1-5 21:35
你的能量最小化的提醒信息有说，This usually means atoms are overlapping，看起来就是有两个或以上原子离得太近了，可以写脚本，或者把构型所有原子的xyz坐标导入到excel里面排序，找到离得太近的原子，然后再根据具体情况来判断怎么处理。

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-6 01:21
肉眼检查结构，确保修复完之后的结构合理性
并且认真看产生拓扑文件整个过程的所有程序提示信息，所有warning都要留意

作者
Author: 书梓扬 时间: 2026-1-6 20:49

Myth 发表于 2026-1-5 21:35
你的能量最小化的提醒信息有说，This usually means atoms are overlapping，看起来就是有两个或以上原子离 ...

是的非常感谢大佬地回复，错误信息指出原子182（ASP 182的N原子）受力无限大。这通常意味着原子182与附近某个原子距离太近，导致范德华力无穷大。大佬我后来用了charmm-gui网站里的蛋白修复解决这个问题了，但是charmm-gui这个网站里要求自己写二硫键，大佬有没有专用来修复蛋白做amber的软件啊（自动修复的那种）我是一个计算机小白

作者
Author: 书梓扬 时间: 2026-1-6 20:50

sobereva 发表于 2026-1-6 01:21
肉眼检查结构，确保修复完之后的结构合理性
并且认真看产生拓扑文件整个过程的所有程序提示信息，所有warn ...

大佬这个肉眼怎么观察啊，有没有推荐的自动化的软件啊，专门做amber力场的

作者
Author: 书梓扬 时间: 2026-1-6 21:04

sobereva 发表于 2026-1-6 01:21
肉眼检查结构，确保修复完之后的结构合理性
并且认真看产生拓扑文件整个过程的所有程序提示信息，所有warn ...

大佬你看182号原子说是和别的原子离得太近，这种情况怎么辨别啊

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