计算化学公社

标题: QuantumEspresso拉曼光谱计算 ph.in运行报错The Hessian file: ./tmp/CBP-Alph... [打印本页]

作者
Author:
Jerry_Wang    时间: 2026-1-6 01:52
标题: QuantumEspresso拉曼光谱计算 ph.in运行报错The Hessian file: ./tmp/CBP-Alph...
各位老师好,我在用QuantumEspresso计算一个分子晶体的拉曼光谱,在运行ph.in文件时,遇到如下报错,请问该如何解决呢?     

(, 下载次数 Times of downloads: 0)

Error in routine d2ionq_dispd3 (1):
The Hessian file: ./tmp/CBP-Alpha.hess is missing.


以下为ph.in的输入文件
&INPUTPH
  tr2_ph = 1.0d-14
  prefix = 'CBP-Alpha'
  outdir = './tmp'
  fildyn = 'CBP-Alpha'
  ldisp = .false.
  epsil = .true.
  trans = .true.
  qplot = .false.
  nq1 = 1, nq2 = 1, nq3 = 1
/
0.0 0.0 0.0

以下为上一步scf计算的pw.in输入文件
&CONTROL
  title='CBP-Alpha-scf',
  calculation='scf',
  prefix = 'CBP-Alpha'
  pseudo_dir='./',
  outdir='./tmp',
  verbosity='high',
/
&SYSTEM
  ibrav= 0, nat= 124, ntyp= 3,
  occupations = 'fixed',
  ecutwfc = 80,
  ecutrho = 800,
  vdw_corr = 'grimme-d3',
/
&ELECTRONS
  conv_thr = 1.0d-10
  mixing_beta = 0.5d0
/
&IONS
/
&CELL
/
ATOMIC_SPECIES
  C 12.0107 C.pbe-n-rrkjus_psl.1.0.0.UPF
  H 1.00794 H.pbe-rrkjus_psl.1.0.0.UPF
  N 14.00674 N.pbe-n-rrkjus_psl.1.0.0.UPF
CELL_PARAMETERS (angstrom)
   8.459549526   0.000000000  -0.013055016
   0.000000000  15.662496878   0.000000000
  -3.735405692   0.000000000   9.404073167
ATOMIC_POSITIONS (crystal)
C                0.9391414775        0.6511901948        0.0001336347
C                0.3784976529        0.9006437189        0.0155178630
H                0.7757116114        0.2124087035        0.0187583199
H                1.0019841321        0.5897111019        0.0306536179
C                0.9206504794        0.8052563194        0.0383402022
C                0.5506940455        0.0355539285        0.0435877664
C                0.7189543912        0.1652396522        0.0665723707
H                0.6325579656        0.4887538700        0.0548401428
H                0.8993127218        0.9906024777        0.0795285774
H                0.6023302268        0.3313104779        0.0765492092
C                0.0024835333        0.7250014214        0.0795842995
C                0.2261448565        0.1888536358        0.0848644218
H                0.3951836956        0.9024270494        0.1273945662
C                0.2063954886        0.3409479726        0.1226546038
H                0.2897961331        0.1277071056        0.1175317552
H                0.3012245132        0.6118530530        0.1146420810
C                0.0201530199        0.8672945206        0.1411095687
C                0.7292089644        0.4535095030        0.1395458206
H                0.2897961331        0.3722928944        0.6175317552
H                0.3012245132        0.8881469470        0.6146420810
C                0.0201530199        0.6327054794        0.6411095687
C                0.7292089644        0.0464904970        0.6395458206
C                0.0060365193        0.5444443856        0.6545881225
C                0.7123141847        0.1346406675        0.6496738235
C                0.2885512487        0.2379342436        0.6651907325
H                0.2546885844        0.1027339140        0.6882598666
C                0.5811894619        0.4575321578        0.6897656561
N                0.1472689194        0.7637812090        0.7040610279
C                0.7493496897        0.3299254200        0.7119607479
H                0.5258479272        0.5034909736        0.7409130304
C                0.3216422077        0.8918055436        0.7271974022
H                0.8773951383        0.9330155564        0.7239177372
C                0.1596653066        0.6772655983        0.7411508941
C                0.8685822085        0.0017679097        0.7353366102
H                0.4011250486        0.2417865996        0.7628008744
H                0.5988749514        0.7417865996        0.7371991256
C                0.1314177915        0.5017679097        0.7646633898
C                0.8403346934        0.1772655983        0.7588491059
H                0.1226048617        0.4330155564        0.7760822628
C                0.6783577923        0.3918055436        0.7728025978
H                0.4741520728        0.0034909736        0.7590869696
C                0.2506503103        0.8299254200        0.7880392521
N                0.8527310806        0.2637812090        0.7959389721
C                0.4188105381        0.9575321578        0.8102343439
H                0.7453114156        0.6027339140        0.8117401334
C                0.7114487513        0.7379342436        0.8348092675
C                0.2876858153        0.6346406675        0.8503261765
C                0.9939634807        0.0444443856        0.8454118775
C                0.2707910356        0.5464904970        0.8604541794
C                0.9798469801        0.1327054794        0.8588904313
H                0.6987754868        0.3881469470        0.8853579190
H                0.7102038669        0.8722928944        0.8824682448
C                0.7936045114        0.6590520274        0.8773453962
H                0.6048163044        0.0975729506        0.8726054338
C                0.7738551435        0.8111463642        0.9151355782
C                0.9975164667        0.2749985786        0.9204157005
H                0.3976697732        0.6686895221        0.9234507908
H                0.1006872782        0.0093975223        0.9204714226
H                0.3674420344        0.5112461300        0.9451598572
C                0.2810456088        0.8347603478        0.9334276293
C                0.4493059545        0.9644460715        0.9564122336
C                0.0793495206        0.1947436806        0.9616597978
H               -0.0019841321        0.4102888981        0.9693463821
H                0.2242883886        0.7875912965        0.9812416801
C                0.6215023471        0.0993562811        0.9844821370
C                0.0608585225        0.3488098052        0.9998663653
K_POINTS automatic
1 1 1 0 0 0




作者
Author:
丁越    时间: 2026-1-6 10:13
QE计算拉曼光谱时必须使用NC赝势并结合LDA泛函,你可以考虑使用ONCV的赝势。

另外ph.x的输入文件中需要添加lraman=.true.才能进行拉曼计算。
作者
Author:
Jerry_Wang    时间: 2026-1-6 22:26
丁越 发表于 2026-1-6 10:13
QE计算拉曼光谱时必须使用NC赝势并结合LDA泛函,你可以考虑使用ONCV的赝势。

另外ph.x的输入文件中需要 ...

多谢老师的解答!
我想再问一下, 我目前出现的报错,是不是正是因为您说的这几个问题引起的呢?
Error in routine d2ionq_dispd3 (1):
The Hessian file: ./tmp/CBP-Alpha.hess is missing.
作者
Author:
丁越    时间: 2026-1-7 09:28
Jerry_Wang 发表于 2026-1-6 22:26
多谢老师的解答!
我想再问一下, 我目前出现的报错,是不是正是因为您说的这几个问题引起的呢?
Error ...

应该是这个dftd3_hess关键词需要读取hessian矩阵,而你的相关文件正好缺失了。
File where the D3 dispersion hessian matrix is read. Set to
'automatic.hess' to enable automatic mode (experimental). In
this mode, D3 Hessian is computed if 'automatic.hess' file is
missing.
作者
Author:
Jerry_Wang    时间: 2026-1-7 23:54
丁越 发表于 2026-1-7 09:28
应该是这个dftd3_hess关键词需要读取hessian矩阵,而你的相关文件正好缺失了。
File where the D3 dispe ...

感谢老师的回复!!!
我想接着请教一下,这个文件缺失可能是由于什么原因引起的呢?
作者
Author:
Jerry_Wang    时间: 2026-1-8 05:33
丁越 发表于 2026-1-7 09:28
应该是这个dftd3_hess关键词需要读取hessian矩阵,而你的相关文件正好缺失了。
File where the D3 dispe ...

老师,您好!
我在vc-relax和scf 这两步计算中都写了vdw_corr = 'grimme-d3',
到了ph这步,输入文件是没有写vdw_corr = 'grimme-d3'的,那D3 dispersion hessian matrix应该怎么产生呢?需要我额外再写什么关键词吗?
作者
Author:
丁越    时间: 2026-1-8 12:24
本帖最后由 丁越 于 2026-1-8 12:42 编辑
Jerry_Wang 发表于 2026-1-8 05:33
老师,您好!
我在vc-relax和scf 这两步计算中都写了vdw_corr = 'grimme-d3',
到了ph这步,输入文件是 ...

这不是解决你问题的重点。

QE计算拉曼光谱坑挺多的,首先是之前说的你得用NC赝势,并且要使用LDA泛函。然后关于色散校正这块LDA泛函不支持DFT-D3,所以你也得换成DFT-D2。

另外ONCV赝势推荐使用修改版的(https://github.com/pipidog/ONCV*SP/tree/master),修改后的赝势与QE的各种计算更加兼容了。

作者
Author:
Exodus    时间: 2026-1-8 12:38
缺少的hess文件可以使用d3hess.x计算获得,DFT-D2则需不要
作者
Author:
Jerry_Wang    时间: 2026-1-9 06:21
丁越 发表于 2026-1-8 12:24
这不是解决你问题的重点。

QE计算拉曼光谱坑挺多的,首先是之前说的你得用NC赝势,并且要使用LDA泛函 ...

原来如此,谢谢老师的解答!感谢!
不过您发给我的网址我打开不了,显示404了,您能重新给我发一下吗?
我自己也在网上找了一下,http://quantum-simulation.org/potentials/sg15_oncv/
但是从这个网址里的下载的全是PBE的,请问哪里可以直接下载到LDA泛函的呢?
作者
Author:
Jerry_Wang    时间: 2026-1-9 06:22
Exodus 发表于 2026-1-8 12:38
缺少的hess文件可以使用d3hess.x计算获得,DFT-D2则需不要

我试了一下,确实可以!多谢啦!
作者
Author:
丁越    时间: 2026-1-9 11:43
本帖最后由 丁越 于 2026-1-9 11:49 编辑
Jerry_Wang 发表于 2026-1-9 06:21
原来如此,谢谢老师的解答!感谢!
不过您发给我的网址我打开不了,显示404了,您能重新给我发一下吗? ...

应该是论坛的词屏蔽规则把*位置的P给屏蔽了,你粘贴URL时修改一下
  1. https://github.com/pipidog/ONCV*SP/tree/master
复制代码

你给出的链接是适用于QE的原始ONCV赝势。用input_dft关键词指定理论方法,比如input_dft='pz'使用LDA泛函。
作者
Author:
Jerry_Wang    时间: 2026-1-10 04:42
丁越 发表于 2026-1-9 11:43
应该是论坛的词屏蔽规则把*位置的P给屏蔽了,你粘贴URL时修改一下
你给出的链接是适用于QE的原始ONCV赝势 ...

老师,您好!感谢您的回复!
您给的链接,我把*号换成P,就可以打开了。
但是打开后,abinit 和 sg15 这两个文件夹里的赝势,文件名全是带有pbe的,还是没找到LDA的,
是我找的地方不对吗?想请教一下该怎么找呢?
作者
Author:
丁越    时间: 2026-1-10 11:32
Jerry_Wang 发表于 2026-1-10 04:42
老师,您好!感谢您的回复!
您给的链接,我把*号换成P,就可以打开了。
但是打开后,abinit 和 sg15  ...

就是只有PBE的赝势,没有专门为LDA泛函搞一套赝势。直接借用PBE的赝势计算就行。
作者
Author:
Jerry_Wang    时间: 2026-1-10 11:46
丁越 发表于 2026-1-10 11:32
就是只有PBE的赝势,没有专门为LDA泛函搞一套赝势。直接借用PBE的赝势计算就行。

好嘞,谢谢老师!您的解答对我太有帮助了!感谢感谢!
我还想再请教一下,您上一条回复说的 “用input_dft关键词指定理论方法,比如input_dft='pz'使用LDA泛函”。是指我在做 pw.x 计算的时候,加上这个关键词吗?相当于就能用上LDA泛函了?
作者
Author:
丁越    时间: 2026-1-10 19:56
Jerry_Wang 发表于 2026-1-10 11:46
好嘞,谢谢老师!您的解答对我太有帮助了!感谢感谢!
我还想再请教一下,您上一条回复说的 “用input_d ...

对,这个关键词就是指定计算使用的泛函的,默认是直接从赝势文件读取。
作者
Author:
Jerry_Wang    时间: 2026-1-11 09:18
丁越 发表于 2026-1-10 19:56
对,这个关键词就是指定计算使用的泛函的,默认是直接从赝势文件读取。

谢谢老师!根据您的指点,我感觉我已经算出了的拉曼数据,如下所示!太感谢了!
我想接着请教一个问题,通常拉曼的展宽,有什么比较方便的操作方式吗?我直接让chatGpt帮我进行了展宽,不清楚是否可靠,您有推荐的操作方法吗?另外,展宽通常选哪种展宽函数比较好呢?

Program DYNMAT v.7.4 starts on 10Jan2026 at 14:38:29

     This program is part of the open-source Quantum ESPRESSO suite
     for quantum simulation of materials; please cite
         "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 21 395502 (2009);
         "P. Giannozzi et al., J. Phys.:Condens. Matter 29 465901 (2017);
         "P. Giannozzi et al., J. Chem. Phys. 152 154105 (2020);
          URL http://www.quantum-espresso.org",
     in publications or presentations arising from this work. More details at
     http://www.quantum-espresso.org/quote

     Parallel version (MPI & OpenMP), running on       1 processor cores
     Number of MPI processes:                 1
     Threads/MPI process:                     1

     MPI processes distributed on     1 nodes
     52889 MiB available memory on the printing compute node when the environment starts


     Reading Dynamical Matrix from file IND-Raman.dyn
     ...Force constants read
     ...epsilon and Z* read
     ...Raman cross sections read
     A direction for q was not specified:TO-LO splitting will be absent

     Polarizability (A^3 units)
     multiply by 0.540172 for Clausius-Mossotti correction
       146.590338   -6.029263    5.987235
        -6.029263  113.684725  -14.515865
         5.987235  -14.515865  149.430329

     IR activities are in (D/A)^2/amu units
     Raman activities are in A^4/amu units
     multiply Raman by 0.291786 for Clausius-Mossotti correction

# mode   [cm-1]    [THz]      IR          Raman   depol.fact
    1    -50.39   -1.5108    0.1053         0.0000    0.3760
    2    -44.67   -1.3392    0.0063         0.0000    0.6833
    3    -37.28   -1.1177    0.0161         0.0000    0.7499
    4    -32.16   -0.9642    0.0574         0.0000    0.4542
    5     31.17    0.9343    0.0000        32.1402    0.5901
    6     52.99    1.5887    0.0000         9.1884    0.7036
    7     59.31    1.7780    0.0296         0.0000    0.5803
    8     63.68    1.9090    0.0000        10.8833    0.5920
    9     68.32    2.0482    0.0670         0.0000    0.5803
   10     73.46    2.2023    0.0000         6.0075    0.6410
   11     75.71    2.2697    0.0912         0.0000    0.6837
   12     85.36    2.5591    0.0000        68.2316    0.6306
   13     93.45    2.8017    0.0000        44.5880    0.7203
   14    104.85    3.1433    0.0638         0.0000    0.7417
   15    106.92    3.2053    0.0000        44.5450    0.6866
   16    109.32    3.2773    0.1017         0.0000    0.6680
   17    117.01    3.5080    0.0000        43.0276    0.5712
   18    121.47    3.6414    0.1437         0.0000    0.7479
   19    124.59    3.7351    0.0000        36.8991    0.7098
   20    134.22    4.0238    0.0627         0.0000    0.6820
   21    138.11    4.1404    0.0000        62.7330    0.3579
   22    142.58    4.2743    0.6170         0.0000    0.5781
   23    149.62    4.4856    0.0000        22.5670    0.6249
   24    162.38    4.8682    0.0000        44.9831    0.5750
   25    163.58    4.9040    0.7106         0.0000    0.7233
   26    168.91    5.0638    0.0000        28.2777    0.3965
   27    171.55    5.1430    0.5105         0.0000    0.2020
   28    181.10    5.4294    0.3476         0.0000    0.5214
   29    188.20    5.6420    0.0000        74.4723    0.3090
   30    193.74    5.8081    0.1246         0.0000    0.5605
   31    194.25    5.8236    0.0000        45.1458    0.6480
   32    201.81    6.0500    0.1164         0.0000    0.3245
   33    208.93    6.2635    0.0000       146.5761    0.2495
   34    216.21    6.4817    0.0329         0.0000    0.5993
   35    218.17    6.5406    0.0000        87.9526    0.2071
   36    223.47    6.6994    0.0000        64.5589    0.2104
   37    225.44    6.7585    0.0000        18.6170    0.5572
   38    231.09    6.9280    0.0000        70.7171    0.4952
   39    232.61    6.9735    1.2661         0.0000    0.4647
   40    235.58    7.0624    0.1343         0.0000    0.5469
   41    248.19    7.4406    0.0739         0.0000    0.7480
   42    255.77    7.6678    0.0000        58.9848    0.6729
   43    270.14    8.0987    0.8815         0.0000    0.1976
   44    283.57    8.5013    0.8424         0.0000    0.1401
   45    287.51    8.6194    0.0000        29.5741    0.1863
   46    290.65    8.7135    0.1159         0.0000    0.2352
   47    297.92    8.9313    0.0000        57.8701    0.2287
   48    306.44    9.1869    0.0000        74.6683    0.3399
   49    307.15    9.2080    0.1823         0.0000    0.7193
   50    316.33    9.4834    0.0000        73.7536    0.4034
   51    323.88    9.7097    0.2105         0.0000    0.5832
   52    330.04    9.8943    0.0000        17.1544    0.7144
   53    354.67   10.6328    0.0000        12.4870    0.5491
   54    365.82   10.9669    0.0000        28.2527    0.5276
   55    376.48   11.2866    0.3219         0.0000    0.2579
   56    388.01   11.6321    0.3334         0.0000    0.0700
   57    397.28   11.9100    1.5865         0.0000    0.0892
   58    402.71   12.0729    0.0000       102.6990    0.1004
   59    412.05   12.3529    0.0000       149.8750    0.0958
   60    414.37   12.4226    0.3121         0.0000    0.0903
   61    422.50   12.6663    0.0487         0.0000    0.5872
   62    425.13   12.7450    0.0000        46.4188    0.5620
   63    428.77   12.8542    0.0000        88.9463    0.4537
   64    428.84   12.8562    0.4662         0.0000    0.4165
   65    437.14   13.1052    0.6152         0.0000    0.3544
   66    437.19   13.1067    0.0000       169.1355    0.3610
   67    449.63   13.4796    0.0000        16.7736    0.7270
   68    474.15   14.2148    0.9930         0.0000    0.3348
   69    475.70   14.2612    0.0000        48.4372    0.2946
   70    492.08   14.7523    0.8149         0.0000    0.6800
   71    495.46   14.8535    0.0000        25.2899    0.6563
   72    510.10   15.2925    0.2371         0.0000    0.3338
   73    518.89   15.5558    0.0000        19.8146    0.6672
   74    534.08   16.0114    1.5839         0.0000    0.3972
   75    544.97   16.3377    0.0000        75.1703    0.4086
   76    559.95   16.7868    0.3461         0.0000    0.7480
   77    567.05   16.9997    0.0000        29.1247    0.7259
   78    573.33   17.1879    2.8465         0.0000    0.3403
   79    590.00   17.6877    0.0000        73.8719    0.2806
   80    597.95   17.9259    1.9562         0.0000    0.4890
   81    602.22   18.0540    0.0000        56.0855    0.1444
   82    608.19   18.2330    0.1633         0.0000    0.4528
   83    613.55   18.3939    0.0000        48.9432    0.4242
   84    620.39   18.5989    0.5893         0.0000    0.3133
   85    622.95   18.6755    0.0000       125.6691    0.2580
   86    628.25   18.8344    2.4863         0.0000    0.1329
   87    645.26   19.3445    1.0101         0.0000    0.4236
   88    648.78   19.4498    0.0000       111.7569    0.7373
   89    664.55   19.9226    0.0000        79.8733    0.0663
   90    678.53   20.3419    1.0619         0.0000    0.2974
   91    682.95   20.4744    1.6366         0.0000    0.1795
   92    689.23   20.6625    0.0000       101.2374    0.5105
   93    704.71   21.1267    0.0000       520.6466    0.1499
   94    713.67   21.3952    1.7451         0.0000    0.7250
   95    730.89   21.9114    1.2767         0.0000    0.0325
   96    731.68   21.9353    0.0000       196.0641    0.0607
   97    733.51   21.9901    0.9391         0.0000    0.0749
   98    735.04   22.0360    0.0000       594.1418    0.0440
   99    738.87   22.1508    3.4989         0.0000    0.0947
  100    746.44   22.3777    0.0000       161.2543    0.6492
  101    760.22   22.7907    0.0000        55.8362    0.2571
  102    774.11   23.2071    1.3093         0.0000    0.3886
  103    784.21   23.5099    0.0000        50.2628    0.7416
  104    787.01   23.5941    3.0612         0.0000    0.2097
  105    800.54   23.9997    0.0000         7.5325    0.7089
  106    801.46   24.0273    2.3285         0.0000    0.7370
  107    806.09   24.1661    2.7823         0.0000    0.1266
  108    810.37   24.2943    0.0000        26.7881    0.3716
  109    847.01   25.3927    6.5521         0.0000    0.4588
  110    852.67   25.5624    0.0000       101.6955    0.3044
  111    853.49   25.5870    0.0000        45.4156    0.4391
  112    858.64   25.7415    4.3533         0.0000    0.4125
  113    896.07   26.8634    0.0000       160.2394    0.0798
  114    896.65   26.8807    1.5868         0.0000    0.0770
  115    903.02   27.0718    0.4513         0.0000    0.5821
  116    904.92   27.1287    0.0000        44.2886    0.3883
  117    917.09   27.4935    0.0000        85.8582    0.2385
  118    922.59   27.6586    3.7715         0.0000    0.7392
  119    932.01   27.9410    0.8383         0.0000    0.5938
  120    933.32   27.9804    0.0000        29.5764    0.6767
  121    951.48   28.5247    0.0000       153.4958    0.3342
  122    958.58   28.7374    0.0470         0.0000    0.1145
  123    960.55   28.7966    0.0000       275.0106    0.0893
  124    966.39   28.9716    0.5451         0.0000    0.0700
  125    969.78   29.0734    0.0000       220.2936    0.1344
  126    971.15   29.1143    1.0201         0.0000    0.1411
  127    989.76   29.6721    0.0000        11.8973    0.7048
  128    991.32   29.7190    1.1308         0.0000    0.4272
  129   1006.49   30.1737    0.9166         0.0000    0.3538
  130   1006.72   30.1808    0.0000        76.1827    0.4264
  131   1010.04   30.2801    0.0000        44.7458    0.4124
  132   1012.98   30.3684    0.2145         0.0000    0.6088
  133   1046.51   31.3736    2.5002         0.0000    0.1095
  134   1050.01   31.4784    0.0000        27.2002    0.2371
  135   1057.06   31.6900    0.0000        67.2270    0.0480
  136   1061.36   31.8186    9.2169         0.0000    0.2355
  137   1062.94   31.8662    0.0000        82.4383    0.1260
  138   1065.24   31.9351    2.9757         0.0000    0.2543
  139   1072.04   32.1391    0.0000        79.7088    0.3500
  140   1077.25   32.2951    2.9535         0.0000    0.3395
  141   1088.83   32.6424    0.0000       580.1812    0.1316
  142   1104.94   33.1253    0.3525         0.0000    0.7386
  143   1105.10   33.1301    0.0000        26.7320    0.7484
  144   1112.74   33.3591    2.2131         0.0000    0.1437
  145   1118.45   33.5303    0.0000        87.6061    0.4695
  146   1124.41   33.7089    0.0000        72.6753    0.1043
  147   1125.18   33.7321    0.3783         0.0000    0.0988
  148   1127.09   33.7894    0.0000       181.0159    0.0973
  149   1130.73   33.8985    1.0076         0.0000    0.1048
  150   1140.92   34.2040    0.4633         0.0000    0.1024
  151   1142.22   34.2429    0.0000       200.1416    0.0990
  152   1183.85   35.4911    0.0000       181.1272    0.6750
  153   1183.98   35.4949    5.5796         0.0000    0.6653
  154   1202.12   36.0386   18.9832         0.0000    0.7051
  155   1207.74   36.2072    0.0000       317.1863    0.1324
  156   1210.63   36.2938    0.0000       375.3729    0.2469
  157   1212.50   36.3498    1.7322         0.0000    0.1847
  158   1229.01   36.8449    0.0000       202.4313    0.7157
  159   1230.22   36.8810   18.5607         0.0000    0.7386
  160   1235.63   37.0433    1.9431         0.0000    0.2034
  161   1236.33   37.0642    0.0000        52.3249    0.2733
  162   1259.17   37.7490    5.0569         0.0000    0.2999
  163   1263.33   37.8738    0.0000       520.6912    0.3234
  164   1278.66   38.3332    8.2323         0.0000    0.7466
  165   1281.53   38.4192    0.0000       476.2051    0.6231
  166   1282.57   38.4505    1.4978         0.0000    0.6033
  167   1284.14   38.4975    0.0000       239.8553    0.5359
  168   1315.66   39.4424    0.0000       145.4755    0.4657
  169   1322.05   39.6342    6.0042         0.0000    0.6385
  170   1324.55   39.7089    1.4284         0.0000    0.7446
  171   1325.36   39.7332    0.0000       194.6240    0.6606
  172   1332.15   39.9369    0.0000       386.7044    0.2652
  173   1333.69   39.9830   34.2836         0.0000    0.7236
  174   1347.78   40.4053    0.0000       144.4207    0.0594
  175   1349.64   40.4611    8.2331         0.0000    0.4402
  176   1358.25   40.7192    2.3789         0.0000    0.7447
  177   1362.53   40.8477    0.0000       157.5870    0.6561
  178   1366.91   40.9788    4.1251         0.0000    0.2336
  179   1368.16   41.0163    0.0000       174.7446    0.6450
  180   1372.25   41.1390    0.0000      1153.3905    0.0803
  181   1373.63   41.1805    0.4405         0.0000    0.0982
  182   1384.09   41.4940    0.0000       592.2318    0.2597
  183   1385.51   41.5365    6.8392         0.0000    0.1895
  184   1392.63   41.7500    7.9159         0.0000    0.2902
  185   1395.72   41.8427    0.0000       194.2474    0.1357
  186   1397.30   41.8901   21.9289         0.0000    0.6579
  187   1399.80   41.9650    0.0000       342.0740    0.4738
  188   1412.29   42.3393    0.0000       109.7706    0.6885
  189   1413.84   42.3857    0.0000        88.0669    0.7494
  190   1415.00   42.4207    2.6030         0.0000    0.3512
  191   1430.50   42.8852   27.5041         0.0000    0.0971
  192   1433.12   42.9639    1.8293         0.0000    0.2093
  193   1433.70   42.9812    0.0000      1077.7537    0.2172
  194   1456.27   43.6580    0.0000       178.6906    0.2199
  195   1457.65   43.6992    2.9471         0.0000    0.2224
  196   1474.19   44.1951   17.0502         0.0000    0.4462
  197   1475.03   44.2203    0.0000       593.9322    0.4439
  198   1489.36   44.6500   29.1198         0.0000    0.7391
  199   1500.05   44.9705    0.0000       544.4963    0.5526
  200   1500.97   44.9978    4.2142         0.0000    0.5744
  201   1575.21   47.2237    0.0000       309.7501    0.2124
  202   1576.38   47.2587    0.2650         0.0000    0.1909
  203   1586.59   47.5649    6.7323         0.0000    0.3283
  204   1588.47   47.6212    0.0000      3398.1201    0.2937
  205   1594.21   47.7931    1.0274         0.0000    0.2932
  206   1595.81   47.8412    0.0000       718.4589    0.4124
  207   1623.75   48.6787    0.0000      1050.9878    0.5919
  208   1624.75   48.7087    5.5267         0.0000    0.5605
  209   1633.30   48.9652    0.0000      1284.5807    0.1799
  210   1636.50   49.0612    0.0000      5002.6784    0.0585
  211   1638.24   49.1133    2.8322         0.0000    0.0286
  212   1663.76   49.8782   60.7567         0.0000    0.5746
  213   1669.78   50.0587   27.0017         0.0000    0.0832
  214   1679.84   50.3604    0.0000      4690.0952    0.1017
  215   1836.38   55.0532    0.0000        73.5789    0.7353
  216   1866.47   55.9552  242.3993         0.0000    0.0993
  217   2889.10   86.6129    1.4232         0.0000    0.0657
  218   2889.90   86.6371    0.0000      5951.4724    0.0626
  219   2893.74   86.7523    0.0000      1066.3742    0.1746
  220   2895.60   86.8080    1.8643         0.0000    0.0457
  221   2901.46   86.9836    4.2666         0.0000    0.0310
  222   2901.65   86.9894    0.0000      4265.2052    0.0308
  223   2963.57   88.8456    0.0000       784.8319    0.7470
  224   2963.64   88.8478    0.7861         0.0000    0.7462
  225   2981.13   89.3720    0.5862         0.0000    0.5743
  226   2981.89   89.3950    0.0000       550.6200    0.6172
  227   2983.40   89.4401    0.1614         0.0000    0.2965
  228   2983.77   89.4510    0.0000      1134.7932    0.2804
  229   3010.36   90.2482    0.6726         0.0000    0.4158
  230   3010.63   90.2565    0.0000       908.2554    0.4273
  231   3042.63   91.2157    0.0000      1446.2679    0.2006
  232   3043.51   91.2420    0.8454         0.0000    0.1997
  233   3044.62   91.2756    0.0000      1902.2047    0.2250
  234   3045.09   91.2895    3.0444         0.0000    0.1756
  235   3069.72   92.0279    0.0468         0.0000    0.0975
  236   3070.61   92.0545    0.0000      1232.9683    0.1541
  237   3084.85   92.4813    0.1397         0.0000    0.2238
  238   3085.19   92.4917    0.0000      1484.9086    0.2506
  239   3091.67   92.6859    0.0000       662.2915    0.5319
  240   3093.54   92.7421    1.5024         0.0000    0.5997
  241   3120.58   93.5525    0.0000       844.8499    0.6205
  242   3122.76   93.6178    0.0000      2614.6080    0.1179
  243   3122.82   93.6197    6.5843         0.0000    0.1177
  244   3124.62   93.6737    3.3326         0.0000    0.2288
  245   3160.97   94.7634    0.0000      2110.7563    0.2967
  246   3161.02   94.7651    7.1202         0.0000    0.2967

     DYNMAT       :      0.14s CPU      0.20s WALL


   This run was terminated on:  14:38:29  10Jan2026            

=------------------------------------------------------------------------------=
   JOB DONE.
=------------------------------------------------------------------------------=

作者
Author:
丁越    时间: 2026-1-11 09:49
Jerry_Wang 发表于 2026-1-11 09:18
谢谢老师!根据您的指点,我感觉我已经算出了的拉曼数据,如下所示!太感谢了!
我想接着请教一个问题, ...

最简单的是通过Multiwfn进行光谱的展宽,见http://sobereva.com/224文中第3.6节。

对拉曼光谱来说展宽函数通常选择洛伦兹函数,自己写个python脚本处理一下也不难。
作者
Author:
Jerry_Wang    时间: 2026-1-12 07:44
丁越 发表于 2026-1-11 09:49
最简单的是通过Multiwfn进行光谱的展宽,见http://sobereva.com/224文中第3.6节。

对拉曼光谱来说展宽 ...

谢谢老师的回复!Multiwfn果然很方便!太感谢啦!

我还想请老师帮忙评估一下,我目前计算分子晶体的精度是否可以接受?还需要进一步提高吗?
我把 vc-relax.in 文件,scf.in 文件,以及ph.in 文件列在下面了,请老师帮忙评估一下哈,万分感谢!

vc-relax.in文件
&CONTROL
  title='CBP-A-vc-relax',
  calculation='vc-relax',
  pseudo_dir='./',
  outdir='./tmp',
  verbosity='high',
  tprnfor=.true.,
  tstress=.true.,
  forc_conv_thr=1.0d-4,
  nstep=300,
/
&SYSTEM
  ibrav= 0, nat= 124, ntyp= 3,
  occupations = 'fixed',
  ecutwfc = 60,
  ecutrho = 600,
  input_dft= 'pz',
  vdw_corr = 'grimme-d2',
/
&ELECTRONS
  conv_thr = 1.0d-8
  mixing_beta = 0.5d0
/
&IONS
/
&CELL
  cell_dynamics = 'bfgs'
  press_conv_thr=0.1
/
ATOMIC_SPECIES
  C 12.0107 C_ONCV_PBE_sr.upf
  H 1.00794 H_ONCV_PBE_sr.upf
  N 14.00674 N_ONCV_PBE_sr.upf

scf.in文件
&CONTROL
  title='CBP-A-scf',
  calculation='scf',
  prefix = 'CBP-A-Raman'
  pseudo_dir='./',
  outdir='./tmp',
  verbosity='high',
/
&SYSTEM
  ibrav= 0, nat= 124, ntyp= 3,
  occupations = 'fixed',
  ecutwfc = 80,
  ecutrho = 800,
  input_dft='pz',
  vdw_corr = 'grimme-d2',
/
&ELECTRONS
  conv_thr = 1.0d-10
  mixing_beta = 0.5d0
/
&IONS
/
&CELL
/
ATOMIC_SPECIES
  C 12.0107 C_ONCV_PBE_sr.upf
  H 1.00794 H_ONCV_PBE_sr.upf
  N 14.00674 N_ONCV_PBE_sr.upf

ph.in 文件
&INPUTPH
  tr2_ph = 1.0d-14
  prefix = 'CBP-A-Raman'
  outdir = './tmp'
  fildyn = 'CBP-A-Raman.dyn'
  ldisp = .false.
  epsil = .true.
  trans = .true.
  lraman= .true.
  qplot = .false.
  nq1 = 1, nq2 = 1, nq3 = 1
/
0.0 0.0 0.0


作者
Author:
丁越    时间: 2026-1-12 16:24
Jerry_Wang 发表于 2026-1-12 07:44
谢谢老师的回复!Multiwfn果然很方便!太感谢啦!

我还想请老师帮忙评估一下,我目前计算分子晶体的精 ...

优化的时候别用LDA,用PBE结合DFT-D3(BJ),要不然结构优化的肯定不理想。之后SCF计算时再用LDA就行。
作者
Author:
Jerry_Wang    时间: 2026-1-13 12:02
丁越 发表于 2026-1-12 16:24
优化的时候别用LDA,用PBE结合DFT-D3(BJ),要不然结构优化的肯定不理想。之后SCF计算时再用LDA就行。

好的 谢谢老师!太感谢啦!!!
作者
Author:
Jerry_Wang    时间: 3 day ago
本帖最后由 Jerry_Wang 于 2026-1-20 10:31 编辑
丁越 发表于 2026-1-12 16:24
优化的时候别用LDA,用PBE结合DFT-D3(BJ),要不然结构优化的肯定不理想。之后SCF计算时再用LDA就行。

老师,您好!我又遇到了一个问题,想接着向您请教一下哈

我在算一个分子晶体的拉曼光谱,这个晶体的原子数比较多,有496个原子,感觉计算量比较大,
我在计算声子(ph.x)时因 SLURM 作业超时被中断,希望重启继续计算,想请教一下该如何修改下面的输入文件进行重启呢?

&INPUTPH
  tr2_ph = 1.0d-14
  prefix = 'CBP-G-Raman'
  outdir = './tmp'
  fildyn = 'CBP-G-Raman.dyn'
  ldisp = .false.
  epsil = .true.
  trans = .true.
  lraman= .true.
  qplot = .false.
  nq1 = 1, nq2 = 1, nq3 = 1
/
0.0 0.0 0.0

下面是运行中断后,_ph0的文件目录

CBP-G-Raman.ba21   CBP-G-Raman.bar21  CBP-G-Raman.cwf6      CBP-G-Raman.dwf16   CBP-G-Raman.ebar28
CBP-G-Raman.ba210  CBP-G-Raman.bar22  CBP-G-Raman.cwf7      CBP-G-Raman.dwf17   CBP-G-Raman.ebar29
CBP-G-Raman.ba211  CBP-G-Raman.bar23  CBP-G-Raman.cwf8      CBP-G-Raman.dwf18   CBP-G-Raman.ebar3
CBP-G-Raman.ba212  CBP-G-Raman.bar24  CBP-G-Raman.cwf9      CBP-G-Raman.dwf19   CBP-G-Raman.ebar30
CBP-G-Raman.ba213  CBP-G-Raman.bar25  CBP-G-Raman.d2w1      CBP-G-Raman.dwf2    CBP-G-Raman.ebar4
CBP-G-Raman.ba214  CBP-G-Raman.bar26  CBP-G-Raman.d2w10     CBP-G-Raman.dwf20   CBP-G-Raman.ebar5
CBP-G-Raman.ba215  CBP-G-Raman.bar27  CBP-G-Raman.d2w11     CBP-G-Raman.dwf21   CBP-G-Raman.ebar6
CBP-G-Raman.ba216  CBP-G-Raman.bar28  CBP-G-Raman.d2w12     CBP-G-Raman.dwf22   CBP-G-Raman.ebar7
CBP-G-Raman.ba217  CBP-G-Raman.bar29  CBP-G-Raman.d2w13     CBP-G-Raman.dwf23   CBP-G-Raman.ebar8
CBP-G-Raman.ba218  CBP-G-Raman.bar3   CBP-G-Raman.d2w14     CBP-G-Raman.dwf24   CBP-G-Raman.ebar9
CBP-G-Raman.ba219  CBP-G-Raman.bar30  CBP-G-Raman.d2w15     CBP-G-Raman.dwf25   CBP-G-Raman.phsave
CBP-G-Raman.ba22   CBP-G-Raman.bar4   CBP-G-Raman.d2w16     CBP-G-Raman.dwf26   CBP-G-Raman.recover
CBP-G-Raman.ba220  CBP-G-Raman.bar5   CBP-G-Raman.d2w17     CBP-G-Raman.dwf27   CBP-G-Raman.recover10
CBP-G-Raman.ba221  CBP-G-Raman.bar6   CBP-G-Raman.d2w18     CBP-G-Raman.dwf28   CBP-G-Raman.recover11
CBP-G-Raman.ba222  CBP-G-Raman.bar7   CBP-G-Raman.d2w19     CBP-G-Raman.dwf29   CBP-G-Raman.recover12
CBP-G-Raman.ba223  CBP-G-Raman.bar8   CBP-G-Raman.d2w2      CBP-G-Raman.dwf3    CBP-G-Raman.recover13
CBP-G-Raman.ba224  CBP-G-Raman.bar9   CBP-G-Raman.d2w20     CBP-G-Raman.dwf30   CBP-G-Raman.recover14
CBP-G-Raman.ba225  CBP-G-Raman.cwf1   CBP-G-Raman.d2w21     CBP-G-Raman.dwf4    CBP-G-Raman.recover15
CBP-G-Raman.ba226  CBP-G-Raman.cwf10  CBP-G-Raman.d2w22     CBP-G-Raman.dwf5    CBP-G-Raman.recover16
CBP-G-Raman.ba227  CBP-G-Raman.cwf11  CBP-G-Raman.d2w23     CBP-G-Raman.dwf6    CBP-G-Raman.recover17
CBP-G-Raman.ba228  CBP-G-Raman.cwf12  CBP-G-Raman.d2w24     CBP-G-Raman.dwf7    CBP-G-Raman.recover18
CBP-G-Raman.ba229  CBP-G-Raman.cwf13  CBP-G-Raman.d2w25     CBP-G-Raman.dwf8    CBP-G-Raman.recover19
CBP-G-Raman.ba23   CBP-G-Raman.cwf14  CBP-G-Raman.d2w26     CBP-G-Raman.dwf9    CBP-G-Raman.recover2
CBP-G-Raman.ba230  CBP-G-Raman.cwf15  CBP-G-Raman.d2w27     CBP-G-Raman.ebar1   CBP-G-Raman.recover20
CBP-G-Raman.ba24   CBP-G-Raman.cwf16  CBP-G-Raman.d2w28     CBP-G-Raman.ebar10  CBP-G-Raman.recover21
CBP-G-Raman.ba25   CBP-G-Raman.cwf17  CBP-G-Raman.d2w29     CBP-G-Raman.ebar11  CBP-G-Raman.recover22
CBP-G-Raman.ba26   CBP-G-Raman.cwf18  CBP-G-Raman.d2w3      CBP-G-Raman.ebar12  CBP-G-Raman.recover23
CBP-G-Raman.ba27   CBP-G-Raman.cwf19  CBP-G-Raman.d2w30     CBP-G-Raman.ebar13  CBP-G-Raman.recover24
CBP-G-Raman.ba28   CBP-G-Raman.cwf2   CBP-G-Raman.d2w4      CBP-G-Raman.ebar14  CBP-G-Raman.recover25
CBP-G-Raman.ba29   CBP-G-Raman.cwf20  CBP-G-Raman.d2w5      CBP-G-Raman.ebar15  CBP-G-Raman.recover26
CBP-G-Raman.bar1   CBP-G-Raman.cwf21  CBP-G-Raman.d2w6      CBP-G-Raman.ebar16  CBP-G-Raman.recover27
CBP-G-Raman.bar10  CBP-G-Raman.cwf22  CBP-G-Raman.d2w7      CBP-G-Raman.ebar17  CBP-G-Raman.recover28
CBP-G-Raman.bar11  CBP-G-Raman.cwf23  CBP-G-Raman.d2w8      CBP-G-Raman.ebar18  CBP-G-Raman.recover29
CBP-G-Raman.bar12  CBP-G-Raman.cwf24  CBP-G-Raman.d2w9      CBP-G-Raman.ebar19  CBP-G-Raman.recover3
CBP-G-Raman.bar13  CBP-G-Raman.cwf25  CBP-G-Raman.drho.E1   CBP-G-Raman.ebar2   CBP-G-Raman.recover30
CBP-G-Raman.bar14  CBP-G-Raman.cwf26  CBP-G-Raman.drho.pat  CBP-G-Raman.ebar20  CBP-G-Raman.recover4
CBP-G-Raman.bar15  CBP-G-Raman.cwf27  CBP-G-Raman.dwf1      CBP-G-Raman.ebar21  CBP-G-Raman.recover5
CBP-G-Raman.bar16  CBP-G-Raman.cwf28  CBP-G-Raman.dwf10     CBP-G-Raman.ebar22  CBP-G-Raman.recover6
CBP-G-Raman.bar17  CBP-G-Raman.cwf29  CBP-G-Raman.dwf11     CBP-G-Raman.ebar23  CBP-G-Raman.recover7
CBP-G-Raman.bar18  CBP-G-Raman.cwf3   CBP-G-Raman.dwf12     CBP-G-Raman.ebar24  CBP-G-Raman.recover8
CBP-G-Raman.bar19  CBP-G-Raman.cwf30  CBP-G-Raman.dwf13     CBP-G-Raman.ebar25  CBP-G-Raman.recover9
CBP-G-Raman.bar2   CBP-G-Raman.cwf4   CBP-G-Raman.dwf14     CBP-G-Raman.ebar26
CBP-G-Raman.bar20  CBP-G-Raman.cwf5   CBP-G-Raman.dwf15     CBP-G-Raman.ebar27



作者
Author:
丁越    时间: 3 day ago
Jerry_Wang 发表于 2026-1-20 10:28
老师,您好!我又遇到了一个问题,想接着向您请教一下哈

我在算一个分子晶体的拉曼光谱,这个晶体的原 ...
  1. recover        LOGICAL
  2. Default:        .false.
  3. If .true. restart from an interrupted run.
复制代码


多看看手册这些基本信息都有




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3