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标题: MAPLE: 机器学习力场计算化学平台 [打印本页]

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Huschein    时间: 2026-1-6 03:55
标题: MAPLE: 机器学习力场计算化学平台
本帖最后由 Huschein 于 2026-2-8 03:10 编辑

MAPLE: 机器学习力场计算化学平台



  机器学习力场(MLFF)已经热门好几年了,大家也逐渐看到了它的优势:快速、高效,能够适应不同的体系。虽然目前它仍受限于训练集数据,但随着 Open Molecules 2025 数据库的发布,MLFF 正在朝着更加工业化的方向迈进——从以前的特定体系、有机小分子,扩展到如今的激发态、化学反应、金属有机体系,MLFF 正日趋成熟。我认为这种发展和二十年前力场拟合的历程有相似之处:它虽然不是全知全能的,但已经可以胜任大部分任务了。

  然而,目前存在一个问题:现有平台如 ASE、MLatom 等并非专门为 MLFF 设计,而一些商业化平台(如 Rowan)却不开源。这在很大程度上限制了 MLFF 的进一步应用。同时,大部分平台的设计者满足于编写接口调用外部程序(如 Gaussian/ORCA),这种做法省事且无需额外验证,但 MLFF 的 GPU 推理、并行计算、自动微分等特性,是这些平台在设计之初就没有考虑在内的。

  因此,MAPLE 设计的初衷就是:尽可能减少对第三方库/软件的依赖,原生手动实现所有方法,并针对不同的 MLFF 做针对性优化。在共享算法层面,MAPLE 将 MLFF 与并行算法(B-LBFGS)、自动微分(Modified Dimer)深度融合,进一步释放 MLFF 的潜力。同时,MLFF 兼顾了性能与精度,使得很多常规 MM 或 QM 难以实现的任务成为可能。例如,MAPLE 提供了近 100 种平衡态显式溶剂模型,使得化学反应计算可以直接采用显式溶剂建模,避免传统 QM 中隐式溶剂模型不准确的问题;配合限制性优化和构象搜索功能,溶剂中化学反应的计算将更加贴近真实世界。

  MAPLE 目前发布了第一个版本。第一阶段的目标是实现 Gaussian/ORCA(G/O)中的大部分功能,并针对 MLFF 进行算法优化。但 MAPLE 存在的意义并非再造一个 Gaussian 或 ORCA——只有先实现基础功能,更多进阶功能才能得以构建。值得一提的是,MAPLE 采用了与 Gaussian/ORCA 相似的输入格式和输出风格,使得大多数 G/O 用户可以几乎零成本地学习和使用 MAPLE;这样设计的另一个目的是兼容更多现有的后处理分析平台。此外,MAPLE 也正在构建一套官方工具包 MAPLEtoolkits,以便快速进行后处理分析,为大家提供便利。我们还与深圳湾实验室Zhang Jun老师课题组合作,成功将 MAPLE 接入了 Qbics-MolStar 平台,用户可以直接在该平台使用 MAPLE 的结构优化和过渡态搜索功能。

  MAPLE 提供的功能和 TODO list 远不止于此,难以一一介绍,但我们希望大家可以在实际任务中试一试 MAPLE。例如,在高通量结构预优化场景下,MAPLE 可以直接对一个文件夹中的所有分子批量执行优化;又如大分子优化,在我们的测试中,最大体系接近 10000 个原子,可以在一天内完成 超过 200 个 iteration 的NEB(12 个 image) 计算。

  MAPLE 不会止步于一篇文章、一个体系的测试——我们的目标是将 MAPLE 打造为下一代 MLFF 计算化学平台。

MAPLE文章: https://chemrxiv.org/engage/chem ... 9bbafb3b11118e9807e
MAPLE仓库: https://github.com/ClickFF/MAPLE
MAPLE文档(尚未完成): https://maple-org.netlify.app/
Qbics-MolStar: https://molstar.szbl.ac.cn/viewer/
MAPLE交流企鹅群:757103155

快速上手指南
更多使用细节请等待我们的文档完善,或者可以参考 /example 目录下的测试案例。

安装步骤:


环境要求:
Python ≥ 3.9 强烈建议配备 CUDA 兼容的 GPU(生产环境几乎必需)


git clone https://github.com/ClickFF/MAPLE.git
cd MAPLE
pip install -e .

# 安装核心依赖
conda install -c conda-forge numpy ase

# 安装 PyTorch(根据你的 CUDA 版本选择
# CUDA 11.8:
pip install torch --index-url https://download.pytorch.org/whl/cu118
# 仅 CPU:
pip install torch --index-url https://download.pytorch.org/whl/cpu

# 安装机器学习力场支持
pip install fairchem-core  # 支持 UMA模型


输入文件编写

MAPLE 采用类似 Gaussian/ORCA 的输入格式,学习成本极低。输入文件(`.inp`)的基本结构如下:
```
#model=ANI-1xnr
#opt
#device=gpu0

C   0.000   0.000   0.000
H   1.089   0.000   0.000
H  -0.363   1.028   0.000
H  -0.363  -0.514   0.890
H  -0.363  -0.514  -0.890

关键字说明:

#model=:指定 MLFF 模型(如 ANI-1xnr、AIMNet2 等)
#opt:执行几何优化;#ts(method=neb):过渡态搜索
#device=:指定计算设备(gpu0、cpu 等)
坐标部分:XYZ 坐标(与 Gaussian 格式一致)

运行 MAPLE
bash# 基本运行
maple input.inp

# 指定输出文件
maple input.inp output.out

就是这么简单!

------------------------------------------
2026 Feb Update https://github.com/ClickFF/MAPLE/releases/tag/v.0.1.1


作者
Author:
xiaowu759    时间: 2026-1-6 06:35
It sounds good.
作者
Author:
leleyi    时间: 2026-1-6 10:54
感叹,现在都是机器学习开发力场了,早些时候的那种针对单一或者几个相似工质,进行力场优化的工作基本没看到了
作者
Author:
Kenneth    时间: 2026-1-6 11:42
leleyi 发表于 2026-1-6 10:54
感叹,现在都是机器学习开发力场了,早些时候的那种针对单一或者几个相似工质,进行力场优化的工作基本没看 ...

那种更像是小作坊式的工作,在现在这个潮流下,继续做就是费时费力,也不是很受欢迎,做的人自然就少了
作者
Author:
leleyi    时间: 2026-1-6 15:38
Kenneth 发表于 2026-1-6 11:42
那种更像是小作坊式的工作,在现在这个潮流下,继续做就是费时费力,也不是很受欢迎,做的人自然就少了:s ...

也是常见物质的做的差不多了,批量化生产文章。并且初始力场的效果其实也能接受,后面其他改进版本大多提高效果有限,没啥实质性意义。
作者
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Hugo_314cat    时间: 2026-1-6 20:17
提个小问题:据我所知已经有一个知名商业化数学计算软件叫Maple了,这是否会给大众造成混淆?我点进帖子看了一会儿才反应过来这是你们开发的新程序,而不是基于Maple软件开发的程序包。
作者
Author:
smooth85    时间: 2026-1-6 22:07
试了下,安装过程很简单
但是运行例子出错:ValueError: The provided filename /home/ybsi/MAPLE-v.0.1.0/maple/function/calculator/model/ani1xnr.pt does not exist

作者
Author:
Huschein    时间: 2026-1-7 04:07
smooth85 发表于 2026-1-6 22:07
试了下,安装过程很简单
但是运行例子出错:ValueError: The provided filename /home/ybsi/MAPLE-v.0.1.0 ...

感谢反馈 这是因为缺少MLFF模型 这个部分我们没有上传github 因为文件大小限制

但是目前已经上传huggingface了
https://huggingface.co/Wayne7815/MAPLE_model/tree/main

使用方法是下载需要的模型,或者下载全部模型,然后在
/MAPLE/maple/function/calculator 目录下新建一个/model目录 然后手动把这些模型copy到这个目录中去再执行就可以

我们已经在github上面更新了一个dev branch,并且配置了自动创建文件夹和下载文件的脚本,下个版本release的时候会自动下载需要的文件 (我们尽量做到小版本一个月一更新
作者
Author:
Huschein    时间: 2026-1-7 04:44
Hugo_314cat 发表于 2026-1-6 20:17
提个小问题:据我所知已经有一个知名商业化数学计算软件叫Maple了,这是否会给大众造成混淆?我点进帖子看 ...

是的 但这个不是问题 毕竟叫Gaussian的软件也不少,在计算化学领域里面似乎还没有重名,而且软件推出之后改名需要承担的代码修改 宣发等成本太高
作者
Author:
smooth85    时间: 2026-1-7 09:37
Huschein 发表于 2026-1-7 04:07
感谢反馈 这是因为缺少MLFF模型 这个部分我们没有上传github 因为文件大小限制

但是目前已经上传huggi ...

新的错误:RuntimeError: PytorchStreamReader failed reading zip archive: failed finding central directory

作者
Author:
Huschein    时间: 2026-1-7 09:42
smooth85 发表于 2026-1-7 09:37
新的错误:RuntimeError: PytorchStreamReader failed reading zip archive: failed finding central dir ...

你是不是没解压 这不是软件问题
作者
Author:
smooth85    时间: 2026-1-7 10:05
问题解决了,是因为pt文件下载过程中断导致文件不完整造成的。
感谢Huschein
作者
Author:
zjxitcc    时间: 2026-1-7 10:41
Hugo_314cat 发表于 2026-1-6 20:17
提个小问题:据我所知已经有一个知名商业化数学计算软件叫Maple了,这是否会给大众造成混淆?我点进帖子看 ...

我也以为是在Maple里添加的工具箱或者插件,刚想着Maple是收费的那我怎么用。直到看到你这儿才知道跟数学软件Maple没关系。。。
作者
Author:
quanta    时间: 2026-1-15 09:49
Hugo_314cat 发表于 2026-1-6 20:17
提个小问题:据我所知已经有一个知名商业化数学计算软件叫Maple了,这是否会给大众造成混淆?我点进帖子看 ...

我还真以为是那个maple
作者
Author:
altex    时间: 2026-1-19 19:37
本帖最后由 altex 于 2026-1-19 19:39 编辑

您好,请问报错ModuleNotFoundError: No module named 'ase'怎么解决

使用pip list查看已经安装了ase库
(base) [root@localhost MAPLE]# pip list
Package                            Version
---------------------------------- -----------
...
ase                                3.27.0
ase_db_backends                    0.11.0
...


作者
Author:
Huschein    时间: 2026-1-20 02:49
altex 发表于 2026-1-19 19:37
您好,请问报错ModuleNotFoundError: No module named 'ase'怎么解决

使用pip list查看已经安装了ase库
...

能不能仔细讲一下如何运行的 因为正常情况下不会出现问题
pip install ase 直接这样就可以了 然后确保maple也装了
在maple根目录下 pip install -e .
作者
Author:
altex    时间: 2026-1-20 11:43
本帖最后由 altex 于 2026-1-21 11:16 编辑
Huschein 发表于 2026-1-20 02:49
能不能仔细讲一下如何运行的因为正常情况下不会出现问题
pip install ase 直接这样就可以了然后确保ma ...

已经解决了,跑一遍conda install -c conda-forge fairchem-core后可以了
rockyOS想要自带py,可能没安装到conda的py里面去
——
安装流程:
1.conda
  1. <font dir="auto" style="vertical-align: inherit;"><font dir="auto" style="vertical-align: inherit;">wget https://mirrors.tuna.tsinghua.ed ... est-Linux-x86_64.sh </font></font>
  2. <font dir="auto" style="vertical-align: inherit;"><font dir="auto" style="vertical-align: inherit;">bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh -b -p /opt/miniconda3 </font></font>
  3. <font dir="auto" style="vertical-align: inherit;"><font dir="auto" style="vertical-align: inherit;">source ~/.bashrc</font></font>
复制代码


2.
  1. <font dir="auto" style="vertical-align: inherit;"><font dir="auto" style="vertical-align: inherit;">git clone [url=https://github.com/ClickFF/MAPLE.git]https://github.com/ClickFF/MAPLE.git[/url] </font></font>
  2. <font dir="auto" style="vertical-align: inherit;"><font dir="auto" style="vertical-align: inherit;">cd MAPLE </font></font>
  3. <font dir="auto" style="vertical-align: inherit;"><font dir="auto" style="vertical-align: inherit;">pip install -e .</font></font>
复制代码

3.
  1. <font dir="auto" style="vertical-align: inherit;"><font dir="auto" style="vertical-align: inherit;">conda install -c conda-forge numpy ase</font></font>
复制代码

4.
  1. <font dir="auto" style="vertical-align: inherit;"><font dir="auto" style="vertical-align: inherit;">pip install torch --index-url [url=https://download.pytorch.org/whl/cpu]https://download.pytorch.org/whl/cpu[/url]</font></font>
复制代码

5.
  1. <font dir="auto" style="vertical-align: inherit;"><font dir="auto" style="vertical-align: inherit;">pip install fairchem-core</font></font>
复制代码


作者
Author:
yuzc    时间: 2026-1-22 15:11
请问下,这个势能形式和产生方法能做MD么,对温度转移性,Virial有考虑么?
作者
Author:
Huschein    时间: 2026-1-23 00:48
yuzc 发表于 2026-1-22 15:11
请问下,这个势能形式和产生方法能做MD么,对温度转移性,Virial有考虑么?

MD功能我们目前还没有加入 但是用这些MLFF做MD的例子有大把 openMM amber都有类似的例子 未来可能会考虑拓展MD功能
作者
Author:
meng0612    时间: 2026-1-23 17:23
我已成功安装程序,并成功计算了几个自带的例子。但是我有几点疑问,,希望能得到你的解答:
1.我在输入文件没有看到电荷和自旋多重度的设置,我该如何设置这两个参数。
2.输入文件中是否可以指定使用cpu的核数。
3.我下载了huggingface里的MLFF模型,它们之间的区别是什么,是否支持Si元素。
作者
Author:
Huschein    时间: 2026-1-24 00:55
meng0612 发表于 2026-1-23 17:23
我已成功安装程序,并成功计算了几个自带的例子。但是我有几点疑问,,希望能得到你的解答:
1.我在输入文 ...

1. 不好意思我们相关的文档还没有完善 需要指定电荷和自旋多重度的话可以这样
XYZ 0 1 /path/to/your/file.xyz
后面会新增和gaussian那样的 电荷自旋多重度放在坐标前的那种格式

2. 因为这边的计算都是GPU为主要耗时瓶颈 所以我们还没有开发多核版本,CPU默认1个
3. huggingface的模型种aimnet系列可能支持Si 不同的MLFF支持的体系和发布时间不同,目前最好的MLFF应该是UMA 没有在huggingface上 因为需要去fair chem官网申请权限,那个包含了83种元素,而且精度是目前测试下来最高的
作者
Author:
meng0612    时间: 2026-1-26 11:33
Huschein 发表于 2026-1-24 00:55
1. 不好意思我们相关的文档还没有完善 需要指定电荷和自旋多重度的话可以这样
XYZ 0 1 /path/to/your/fi ...

感谢
作者
Author:
CXMT-HCN    时间: 2026-1-26 13:41
请问有考虑支持NVT和NPT系综吗,只能做结构优化还是不太够
作者
Author:
watfros    时间: 2026-1-30 11:31
名字有点奇怪,不知道效果怎么样
作者
Author:
Huschein    时间: 2026-1-31 02:26
CXMT-HCN 发表于 2026-1-26 13:41
请问有考虑支持NVT和NPT系综吗,只能做结构优化还是不太够

NVT可能会在二月或者三月发布 正在测试
作者
Author:
ljc050512    时间: 2026-2-2 09:28
本帖最后由 ljc050512 于 2026-2-3 06:25 编辑

老师您好,后续会支持MACE的其他模型吗?
作者
Author:
ljc050512    时间: 2026-2-3 06:48
老师,我尝试跑example\ts\neb的inp1.inp,会出现报错:
ImportError: cannot import name 'RFO' from 'maple.function.dispatcher.ts.algorithm.PRFO' (C:\ASE\maple\MAPLE\maple\function\dispatcher\ts\algorithm\PRFO.py)
查看out文件,发现输出SADDLE POINT (ANGSTROEM)之后就停止了。请问这是怎么回事,需要怎么处理啊?

作者
Author:
Huschein    时间: 2026-2-3 09:49
ljc050512 发表于 2026-2-2 09:28
老师您好,后续会支持MACE的其他模型吗?

目前正在考虑支持MACE-MPA 可能会在后面几个月内加入
作者
Author:
Huschein    时间: 2026-2-3 09:50
ljc050512 发表于 2026-2-3 06:48
老师,我尝试跑example\ts\neb的inp1.inp,会出现报错:
ImportError: cannot import name 'RFO' from 'ma ...

这应该是一个bug 我来修一下 不过看起来CINEB是没有问题的
作者
Author:
ljc050512    时间: 2026-2-3 14:16
Huschein 发表于 2026-2-3 09:50
这应该是一个bug 我来修一下 不过看起来CINEB是没有问题的

是的老师NEB部分没问题,可能是后续优化TS的部分有点问题。
此外,我在scan文件夹里,输入 python 2d.py endo.out linear gaussian 1.5,会产生exo_energies.txt和exo_scatter.png,但是得不到pdf以及energy_contour.png;不知道这个是不是也可能有点bug。麻烦您一起看看
作者
Author:
ljc050512    时间: 2026-2-3 14:19
Huschein 发表于 2026-2-3 09:49
目前正在考虑支持MACE-MPA 可能会在后面几个月内加入

嗯嗯,也期待UMA尽早拿到权限
作者
Author:
Huschein    时间: 2026-2-4 02:27
ljc050512 发表于 2026-2-3 14:16
是的老师NEB部分没问题,可能是后续优化TS的部分有点问题。
此外,我在scan文件夹里,输入 python 2d.py ...

plot是后处理的事情哈 MAPLE暂时不会考虑后处理的事情 如果后面MAPLE发展的还不错的话我们会考虑做一个MAPLEtoolkit来专门处理MAPLE的输出文件 这个脚本只是我当时用起来方便随便写的哈 如果你有需求可以自己去改一下
作者
Author:
ljc050512    时间: 2026-2-4 12:50
Huschein 发表于 2026-2-4 02:27
plot是后处理的事情哈 MAPLE暂时不会考虑后处理的事情 如果后面MAPLE发展的还不错的话我们会考虑做一个MA ...

好的,谢谢老师!
作者
Author:
ljc050512    时间: 2026-2-8 08:24
老师您好,下载了您更新的MAPLE-v.0.1.1,安装的时候还是显示安装的是0.1.0。
此外,尝试跑example\ts\neb的inp1.inp,会出现老版本的报错:
ImportError: cannot import name 'RFO' from 'maple.function.dispatcher.ts.algorithm.PRFO'
麻烦您指点一下
作者
Author:
Huschein    时间: 2026-2-8 12:43
ljc050512 发表于 2026-2-8 08:24
老师您好,下载了您更新的MAPLE-v.0.1.1,安装的时候还是显示安装的是0.1.0。
此外,尝试跑example\ts\neb ...

这个bug我记得我已经修了 不知道为什么还是没变 你只需要refine=tsneb改成refine=cineb就可以 tsneb就是在cineb之后对hei再做一次ts搜索
作者
Author:
ljc050512    时间: 2026-2-8 20:38
按照老师您的指导,在inp文件里进行了相应的修改,#ts(method=neb,refine=cineb),得到的out文件在附件里,里面大概的内容是:先进行了NEB,然后进行了CINEB refinement,给出INFORMATION ABOUT SADDLE POINT,结束。貌似没出现对hei再做一次ts搜索。麻烦老师帮我看看
作者
Author:
Huschein    时间: 2026-2-9 02:04
ljc050512 发表于 2026-2-8 20:38
按照老师您的指导,在inp文件里进行了相应的修改,#ts(method=neb,refine=cineb),得到的out文件在附件里, ...

没啥问题 不是挺好的吗
作者
Author:
ljc050512    时间: 2026-2-9 07:48
老师,MAPLE给出的例子中的neb里面的inp1输出文件的结构是在CINEB refinement,给出INFORMATION ABOUT SADDLE POINT之后,并没有结束。而是还进行了“Transition State Search (TS) with RS-PRFO”的过程。
作者
Author:
yxdd98    时间: 2026-2-9 12:55
本帖最后由 yxdd98 于 2026-2-9 23:00 编辑

1、您好,我想使用uma模型,运行后会提示ImportError: fairchem-core is not installed. Please install it first. 但我其实已经通过pip安装了fairchem-core,pip list里也有,因此想问下可能的原因与解决办法。
【已解决】是缺少pkg_resources模块,通过以下命令解决python -m pip install --force-reinstall "setuptools==80.9.0"

2、汇报一个小问题,我用的是python3.12,运行ts/prfo下的文件会报错No module named 'lib2to3',发现是3.12版本已经移除该模块,重装为3.11解决,因此安装指南里>=3.9的说法可能有点小问题。

3、还想问一下,如果我手里已经有了uma的pt文件,是也放到model文件夹下就可以了吗?我试了一下,发现还是会向网站请求uma使用许可,然后就任务失败。



作者
Author:
Huschein    时间: 2026-2-10 00:55
yxdd98 发表于 2026-2-9 12:55
1、您好,我想使用uma模型,运行后会提示ImportError: fairchem-core is not installed. Please install it ...

1. 感谢提供解决方案
2. 好的 我来配一下3.12环境 然后修改一下指南
3. uma是不可以的 目前uma用的是fairchem的calculator 所以就回带有检测功能 最好的办法就是自己写一个calculator 但是fairchem的写的太深了 所以我没有专门再写一个
作者
Author:
Huschein    时间: 2026-2-10 00:56
ljc050512 发表于 2026-2-9 07:48
老师,MAPLE给出的例子中的neb里面的inp1输出文件的结构是在CINEB refinement,给出INFORMATION ABOUT SADD ...

这部分衔接可能没有做好 我再去改一次bug 如果你想这么做的话 直接cineb之后把ci结构拿出来单独做prfo是一样的效果
作者
Author:
yxdd98    时间: 2026-2-10 01:35
Huschein 发表于 2026-2-10 00:55
1. 感谢提供解决方案
2. 好的 我来配一下3.12环境 然后修改一下指南
3. uma是不可以的 目前uma用的是fa ...

感谢您的回复,还想请教下MAPLE有关于各项命令的help文档嘛,虽然我基于example能运行一些计算,但比如我想设置其他溶剂甚至是混合溶剂(隐式或者显式),就不太清楚目前MAPLE支持哪些了(虽然之前在其他帖子您提到应该是支持了挺多溶剂的)
作者
Author:
Huschein    时间: 2026-2-10 01:56
yxdd98 发表于 2026-2-10 01:35
感谢您的回复,还想请教下MAPLE有关于各项命令的help文档嘛,虽然我基于example能运行一些计算,但比如我 ...

https://www.maplechem.org/ 这是教程官网 但是最近又是春节 人力有限 我们还没有把所有东西都更新上来
目前你可以根据example里面的设置来暂时试用一下 我们预计三月份结束前能把全部的网页做好

隐式溶剂我不建议用 这些不是对model专门参数化的 其次我的GB实现也很潦草 但是MAPLE支持了显式溶剂建模 你可以尝试一下这个模块
作者
Author:
Huschein    时间: 2026-2-10 11:19
yxdd98 发表于 2026-2-10 01:35
感谢您的回复,还想请教下MAPLE有关于各项命令的help文档嘛,虽然我基于example能运行一些计算,但比如我 ...

可以参考最新的MAPLE网站 https://www.maplechem.org/index.html
作者
Author:
ljc050512    时间: 2026-2-10 11:20
Huschein 发表于 2026-2-10 00:56
这部分衔接可能没有做好 我再去改一次bug 如果你想这么做的话 直接cineb之后把ci结构拿出来单独做prfo是 ...

好的,谢谢老师
作者
Author:
AxiEJohn    时间: 2026-2-10 15:12
本帖最后由 AxiEJohn 于 2026-2-10 15:24 编辑
yxdd98 发表于 2026-2-9 12:55
1、您好,我想使用uma模型,运行后会提示ImportError: fairchem-core is not installed. Please install it ...

您好,可以如下操作:
将MAPLE-v.0.1.1\maple\function\calculator\uma\下的代码_uma_calculator.py第50行的
  1.         predictor = pretrained_mlip.get_predict_unit(
  2.             model,
  3.             inference_settings="default",
  4.             overrides=overrides,
  5.             device=device,
  6.         )
复制代码

替换为
  1.         from fairchem.core.units.mlip_unit import load_predict_unit
  2.         predictor = load_predict_unit(
  3.             "/home/axie/uma-s-1p1.pt",
  4.             inference_settings="default",
  5.             overrides=overrides,
  6.             device=device,
  7.         )
复制代码

即可(当然具体路径得修改)。

作者
Author:
yxdd98    时间: 2026-2-10 17:37
Huschein 发表于 2026-2-10 11:19
可以参考最新的MAPLE网站 https://www.maplechem.org/index.html

感谢您,希望MAPLE平台建设得更好。
作者
Author:
yxdd98    时间: 2026-2-10 17:37
AxiEJohn 发表于 2026-2-10 15:12
您好,可以如下操作:
将MAPLE-v.0.1.1\maple\function\calculator%uma\下的代码_uma_calculator.py第50 ...

谢谢您,已经成功运行。
作者
Author:
yxdd98    时间: 2026-2-10 17:50
Huschein 发表于 2026-2-10 01:56
https://www.maplechem.org/ 这是教程官网 但是最近又是春节 人力有限 我们还没有把所有东西都更新上来
...

的确如您说得那样,设置隐式溶剂模型甚至导致原来能收敛的体系不收敛了。我有点好奇的点是:
1、根据原文,MAPLE的显式溶剂模型是先用经典动力学得到溶剂盒子,然后MAPLE再调用这些盒子进行填充吗?
2、如果MAPLE不用显式溶剂也不用隐式溶剂的话,还能保证和Gaussian等使用隐式溶剂的势能面进行对比吗,感觉从产生初猜、和使用隐式溶剂模型的DFT结果对比的角度,隐式溶剂模型好像还是有必要的。
作者
Author:
Huschein    时间: 2026-2-11 02:25
yxdd98 发表于 2026-2-10 17:50
的确如您说得那样,设置隐式溶剂模型甚至导致原来能收敛的体系不收敛了。我有点好奇的点是:
1、根据原 ...

1. 这些溶剂都是MD预平衡好的 MAPLE直接调用建模
2. 肯定不可以对比 除非用一些特殊的model 他们在训练的时候就包含了溶剂 例如AIMNet2-qr 隐士溶剂有必要但不是我们说了算的 到底用什么模型比较好 是在model框架内嵌入 还是改动数据集 还是说结合经典的PB GB好 现在都没有定论 而且就算我实现了GB 你要知道对于不同的力场和方法 GB的参数是不同的 没有人为这些model专门参数化过GB 而且现在model基本上三个月一迭代 文章还没出来model就已经淘汰了 这些现实问题不是我们可以解决的 所以也只能凑合着用
作者
Author:
yxdd98    时间: 2026-2-11 10:01
Huschein 发表于 2026-2-11 02:25
1. 这些溶剂都是MD预平衡好的 MAPLE直接调用建模
2. 肯定不可以对比 除非用一些特殊的model 他们在训练 ...

明白了,谢谢您,的确是门道很深呀。




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