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标题: 请问产生相用PR压浴时间常数为0.1计算出来的结果是正确的吗？ [打印本页]

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Author: DimplesLL 时间: 2026-1-6 12:57
标题: 请问产生相用PR压浴时间常数为0.1计算出来的结果是正确的吗？
本帖最后由 DimplesLL 于 2026-1-6 14:43 编辑

各位老师好，我用GMX对体系进行能量最小化后，进行了nvt、npt和产生相(prod)模拟，发现nvt阶段温度平衡后，npt和prod阶段的温度又上升了，如图一。
后面增大npt压浴时间常数（tau-p=5），发现对其改变很小，如图二。
接着又尝试减小npt压浴时间常数（tau-p=0.1），发现此时温度曲线平衡了，如图三。
在此基础上进行了prod，发现温度曲线也平衡了，如图四。后面看官网中说[在大多数情况下，使用 Parrinello-Rahman 耦合时需要使用大4-5倍的时间常数]，而且看别人的分享也没发现使用这么小的时间常数，请问这样设置是可以的吗？
npt(压浴tau-p=0.1）阶段控压开头有一个突然下降又突然上升，这种应该如何解决？
对于NVT，温浴用V-rescale，tau-p=1.0，温度设250K。
对于NPT，温浴部分同NVT相同，压浴用P-R，tau-p=0.1，设置各向异性，压力设置为400 400 400 0 0 0。
对于Prod，温浴压浴设置同NPT一样，压浴增加deform设置。
图一，npt prod压浴tau-p=2
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图二，npt压浴tau-p=5
(, 下载次数 Times of downloads: 0)
图三，npt压浴tau-p=0.1
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图四，prod压浴tau-p=0.1
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Author: sobereva 时间: 2026-1-7 04:29
直接做NPT，先做NVT完全多余
压浴直接用c-rescale，省得中途切换。有了更理想的c-rescale后没必要用PR了

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Author: DimplesLL 时间: 2026-1-7 13:47

sobereva 发表于 2026-1-7 04:29
直接做NPT，先做NVT完全多余
压浴直接用c-rescale，省得中途切换。有了更理想的c-rescale后没必要用PR了

非常感谢老师回复，我的压浴使用PR是因为在prod阶段设置deform计算应力应变曲线，如果用C-rescale，压浴不能设置各向异性，也就不能用deform了。老师，用C-rescale，是不是还有别的方法计算体系某个方向的应力应变曲线？

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Author: sobereva 时间: 2026-1-7 17:32

DimplesLL 发表于 2026-1-7 13:47
非常感谢老师回复，我的压浴使用PR是因为在prod阶段设置deform计算应力应变曲线，如果用C-rescale，压浴 ...

deform这种问题绝对不能用PR。本来PR就只适合已经达到平衡的体系的模拟。C-rescale用不了的时候也应该用Berendsen

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Author: ljh123 时间: 2026-1-8 01:19
gromacs不清楚，文献中lammps里P-R压浴时间常数大多都用1ps

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Author: DimplesLL 时间: 2026-1-8 22:14

sobereva 发表于 2026-1-7 17:32
deform这种问题绝对不能用PR。本来PR就只适合已经达到平衡的体系的模拟。C-rescale用不了的时候也应该用B ...

好的谢谢老师解答，我尝试一下

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