计算化学公社

标题: 请问在超算上提交cp2k.slurm，计算过程全是编译错误的文字指示怎么办？ [打印本页]

作者
Author: 以玉名诗 时间: 2026-1-6 17:29
标题: 请问在超算上提交cp2k.slurm，计算过程全是编译错误的文字指示怎么办？
本帖最后由以玉名诗于 2026-1-7 08:59 编辑

各位老师好，学校超算的cp2k未编译好，自行编译后参考了其他平台的slurm文件进行了编写，以进行cp2k任务的提交。最终使用一个Si晶胞输入文件测试后，输出文件中为编译错误的文字指示，请老师帮忙检查下，是否是我的cp2k.slurm和env.sh文件设置有误呢？

作者
Author: KazusaT 时间: 2026-1-7 03:55
报错为“No OpenFabrics connection schemes reported that they were able to be used on a specific port. As such, the openib BTL (OpenFabrics support) will be disabled for this port.”，可能与OpenMPI有关。可以在论坛或google上检索相关信息

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-7 04:11
不要乱用“乱码”这个词
SCF WAVEFUNCTION OPTIMIZATION

  Step    Update method    Time Convergence       Total energy Change
  ------------------------------------------------------------------------------
[1767690260.748599] [jsa06:3808269:a]    ib_device.c:468  UCX  WARN  IB Async event on mlx5_0: GID table change on port 1
[1767690260.747071] [jsa06:3808270:a]    ib_device.c:468  UCX  WARN  IB Async event on mlx5_0: GID table change on port 1
[1767690260.750274] [jsa06:3808271:a]    ib_device.c:468  UCX  WARN  IB Async event on mlx5_0: GID table change on port 1
这哪叫乱码，明明是文字提示

当前编译有问题

另外，除非设置了OMP_NUM_THREADS环境变量，否则不要用psmp版

作者
Author: 以玉名诗 时间: 2026-1-7 08:59

KazusaT 发表于 2026-1-7 03:55
报错为“No OpenFabrics connection schemes reported that they were able to be used on a specific port ...

谢谢老师，我去找找相关方向的内容

作者
Author: 以玉名诗 时间: 2026-1-7 09:01
本帖最后由以玉名诗于 2026-1-7 09:45 编辑

sobereva 发表于 2026-1-7 04:11
不要乱用“乱码”这个词
SCF WAVEFUNCTION OPTIMIZATION

谢谢老师，已对“乱码”表述进行修改。同时使用popt版本
经过在命令行直接进行
module load mpi/openmpi/4.1.1 cd ~/liyingjie/case/mpirun -np 4 cp2k.popt Si_GPW.inp

发现计算进行成功了，于是对cp2k.slurm进行简化，去掉了env的内容,同样也成功了，感谢老师的帮助！

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