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标题: 求助Gromacs自带smooth wall使用 [打印本页]

作者
Author: dbxhtw 时间: 2026-1-6 18:16
标题: 求助Gromacs自带smooth wall使用
求问各位老师，我想用gromacs自带的墙来模拟受限水溶液，体系是z方向上下各有两个wall，中间夹层是水溶液
但wall_atomtype的选项只能对一个原子类型施加，我的体系里有其他分子，也都应该受到smooth wall的作用，我设置wall_atomtype=水分子中的O，可以对其他分子也进行限制吗
目前我的设置是：
integrator             = md
dt                      = 0.001
nsteps                = 10000000

nstxout                = 5000
nstvout                = 5000
nstfout                = 5000
nstenergy             = 5000
nstlog                = 5000

continuation       = no
constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints
constraints       = h-bonds
lincs_iter       = 1
lincs_order       = 4

nstlist                = 5
ns-type                = Grid
pbc                   = xy
rlist                   = 1.0
cutoff-scheme          = Verlet

coulombtype             = PME
pme_order             = 4
fourierspacing          = 0.16
rcoulomb                = 1.0
vdw-type                = Cut-off
rvdw                   = 1.0
ewald-geometry          = 3dc

wall_type          = 9-3
wall_atomtype    = OWT4 OWT4
nwall             = 2
wall_density       = 1000 1000

Tcoupl                = Nose-Hoover
tc-grps                = water non-water
tau_t                   = 0.1    0.1
ref_t                   = 260 260

Pcoupl                = Berendsen
Pcoupltype             = Isotropic
tau_p                   = 1.0
compressibility       = 4.5e-5
ref_p                   = 1.0

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-7 04:16
“但wall_atomtype的选项只能对一个原子类型施加” 这是完全错误理解。wall_atomtype设的是虚拟墙上的原子用的原子类型，而不是作用到体系里哪些原子上。所有原子都会感受到wall的势。

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