计算化学公社

标题: 主成分（PC）的物理意义？ [打印本页]

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-5-5 19:42
标题: 主成分（PC）的物理意义？
用Gromacs做完PCA之后，试图用Bio3D或IED打开看看每个PC是怎么回事，却发现当PC1从最小变到最大时，只是我的平均结构在平动和转动，结构本身是保持刚性的（各原子的相对位置并未发生变化）。其他PC也一样。
难道每个PC描述的只是系统作为一个整体的平动和转动吗？不描述各原子间的相对运动？我看别人的例子，应该不是这样的。

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-5 19:44
计算PC时如果没有通过align消除平动和转动倒是可能会这样

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-5-5 19:48
再请教，PCA为什么要计算平均结构？平均结构在PCA的结果分析中有什么作用？
我的轨迹可能是跑的时间长了，或是构象变化太大，算出的平均结构已经完全失去了原来的样子，根本不像蛋白质了，而像一条粗绳子。（但我的蛋白自始至终保持还算合理的结构，没有反折叠。）这样的话，PCA结果有意义吗？
谢谢

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-5-5 19:51

sobereva 发表于 2017-5-5 19:44
计算PC时如果没有通过align消除平动和转动倒是可能会这样

我先用trjconv修正了PBC，然后就做g_covar了，没有专门做trjconv -fit。
但是g_covar计算PC时不是先fit吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-5 19:58

霜晨月发表于 2017-5-5 19:48
再请教，PCA为什么要计算平均结构？平均结构在PCA的结果分析中有什么作用？
我的轨迹可能是跑的时间长了， ...

计算平均结构是为了在计算协方差矩阵的时候有个参考值，你随便找几篇PCA的综述就知道了
轨迹变化太大的话，对整个轨迹做一次PCA就不合适了，可以尝试分为多段分别计算，分别讨论每一个过程的主成分特征

作者
Author: 霜晨月 时间: 2017-5-5 20:04

sobereva 发表于 2017-5-5 19:58
计算平均结构是为了在计算协方差矩阵的时候有个参考值，你随便找几篇PCA的综述就知道了
轨迹变化太大 ...

明白了，多谢Sob老师

作者
Author: fhh2626 时间: 2017-5-5 22:34
严格来说主成分没有什么物理意义
有时候前几种主成分能分别反映一种运动模式，虽然并不严格
前几种主成分的变化是可以反应体系在相空间的结构变化的

作者
Author: 陨落的花言 时间: 2020-10-13 20:27

sobereva 发表于 2017-5-5 19:44
计算PC时如果没有通过align消除平动和转动倒是可能会这样

前辈，你好！请问做PCA不修正pbc有影响吗？我的结构形变不大，也没有跑出水盒子。我用NAMD做的模拟，没有tpr文件，不能用这条命令（gmx trjconv -center -pbc mol）修正pbc。我试了一下这条命令（gmx trjconv -fit rot+trans）可以直接用。

作者
Author: 陨落的花言 时间: 2020-10-13 20:30

sobereva 发表于 2017-5-5 19:44
计算PC时如果没有通过align消除平动和转动倒是可能会这样

我没有修正pbc，前面计算RMSD,RMSF,RG,cluster都可以算，结构没有跑出水盒子

作者
Author: sobereva 时间: 2020-10-15 05:51

陨落的花言发表于 2020-10-13 20:27
前辈，你好！请问做PCA不修正pbc有影响吗？我的结构形变不大，也没有跑出水盒子。我用NAMD做的模拟，没有 ...

既然都没跑出盒子，显然就不用考虑PBC的事

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Author: 陨落的花言 时间: 2020-10-19 09:24

sobereva 发表于 2020-10-15 05:51
既然都没跑出盒子，显然就不用考虑PBC的事

谢谢

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