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标题: 提问：通过Molclus程序调用mopac进行结构优化的输入文件关键词等问题 [打印本页]

作者
Author: mohui 时间: 2026-1-7 16:07
标题: 提问：通过Molclus程序调用mopac进行结构优化的输入文件关键词等问题
本帖最后由 mohui 于 2026-1-7 17:45 编辑

各位老师，我想用PM7对在隐式溶剂模型（水）中的分子（含有1个阳离子、非自由基）进行结构优化，但是有几个问题不太清楚，想向大家请教一下：
1、输入模板文件.mop的关键词是否正确：
opt PM7 PRNT=2 EF precise RHF charge=-1 singlet eps=78.408
molecule
All coordinates are Cartesian
[GEOMETRY]

2、如何判断结构优化后的文件是否优化好？
还是说只用cluster.xyz文件的第一个笛卡尔坐标（能量最低）就好了。

3、我用第一点的关键词计算后输出cluster.xyz文件，用VMD打开后发现苯环上多了一个氢，请问这是为什么呀？要怎么解决呢？

谢谢大家！

附:gentor.ini

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作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-7 17:59
1 正确。但如果你不需要用mopac2xyz监控优化过程的话，PRNT=2 EF不需要写。RHF和singlet是多余的

2 molclus没提示任务报错，并且isomers.xyz里的帧数和traj.xyz里的相同，就说明都优化成功了

作者
Author: mohui 时间: 2026-1-7 18:01
本帖最后由 mohui 于 2026-1-7 19:40 编辑

sobereva 发表于 2026-1-7 17:59
1 正确。但如果你不需要用mopac2xyz监控优化过程的话，PRNT=2 EF不需要写。RHF和singlet是多余的

2 molc ...

谢谢老师的解答

作者
Author: mohui 时间: 2026-1-7 19:43
不好意思，第三点是电荷标错了

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