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标题: 使用Multiwfn中的amIGM方法分析核酸和配体的平均相互作用中出现的问题 [打印本页]

作者
Author: liguang 时间: 2026-1-7 19:19
标题: 使用Multiwfn中的amIGM方法分析核酸和配体的平均相互作用中出现的问题
各位老师好，我参考本论坛中的amIGM使用方法中的配体与蛋白质的相互作用的例子做的核酸和配体的amIGM的分析，做完后得到的图像中在配体附近为什么存在大量的零碎的等值面？需要怎么解决呀
流程是用的是跑完gromacs的md模拟稳定后的构象，将轨迹中配体与相邻的核酸残基截出来构成团簇得到的共331个原子轨迹文件cluster.pbd，用VMD转化为.xyz文件后在Multiwfn中进行的amIGM分析，过程中用的延展距离为3埃，格点间距0.15 Bohr。VMD作图时lsovalue设置为0.25（按例子中的0.006或者0.003一点等值面都没有，所以直接用了自带的source avgRDG.vmd）。

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-8 06:38
哪能用avgRDG.vmd，帖子里明确说要用aIGM.vmd
先完整把以下文章里的例子重复一遍再弄自己的体系
使用amIGM方法图形化直观展现动态过程中的平均弱相互作用
http://sobereva.com/759（http://bbs.keinsci.com/thread-57317-1-1.html）

作者
Author: liguang 时间: 2026-1-8 11:37

sobereva 发表于 2026-1-8 06:38
哪能用avgRDG.vmd，帖子里明确说要用aIGM.vmd
先完整把以下文章里的例子重复一遍再弄自己的体系
使用amIG ...

问题解决了，没想到是这里错了，多谢老师啦

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