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标题: GROMACS分子相互作用能group分组出现问题，求助 [打印本页]

作者
Author: behemoth 时间: 2026-1-7 20:50
标题: GROMACS分子相互作用能group分组出现问题，求助
我在分析相互作用能建立group分组遇到了困难，我将我模型内的水相分成两个组group，一个是水滴drop1，一个是水层drop2，如下图所示，但是rerun之后发现drop1-drop2之间的相互作用能一直为零，貌似没有将水相分组成功，请各位老师指点一下，分组及相互作用能如下图所示
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作者
Author: behemoth 时间: 2026-1-7 20:55
md文件如下
define =
integrator = md
dt       = 0.001 ; ps
nsteps    = 2500000 ;1.5ns
comm-grps  = system
energygrps = drop1 drop2 I8EW V273
electric-field-z = 0.5 6 0 0
;
nstxout = 0
nstvout = 0
nstfout = 0
nstlog  = 500
nstenergy = 500
nstxout-compressed = 500
compressed-x-grps  = system
;
pbc = xyz
cutoff-scheme = Verlet
coulombtype = cut-off
rcoulomb    = 1.2
vdwtype    = cut-off
rvdw       = 1.2
DispCorr    = EnerPres
;
Tcoupl  = V-rescale
tau_t = 0.2
tc_grps = system
ref_t = 298.15
;
Pcoupl    = Parrinello-Rahman
pcoupltype = isotropic
tau_p = 2.5
ref_p = 1.0
compressibility = 4.5e-5
;
gen_vel  = no
gen_temp = 298.15
gen_seed = -1
;
freezegrps  =
freezedim =
constraints = hbonds

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-8 06:07

behemoth 发表于 2026-1-7 20:55
md文件如下
define =
integrator = md

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，导致信息零零碎碎，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-8 06:09
以前我在论坛回复多次，计算组间相互作用能时不要用cutoff-scheme = Verlet而要用groups
当前没有给出体系具体结构，别人也不知道那两个组对应体系什么区域。当前用了简单截断方式算非键相互作用，倘若组间距离超过cutoff自然相互作用能为零

作者
Author: behemoth 时间: 2026-1-8 08:47

sobereva 发表于 2026-1-8 06:09
以前我在论坛回复多次，计算组间相互作用能时不要用cutoff-scheme = Verlet而要用groups
当前没有给出体系 ...

非常感谢老师！不好意思老师，我下次注意

作者
Author: behemoth 时间: 2026-1-8 09:20

sobereva 发表于 2026-1-8 06:09
以前我在论坛回复多次，计算组间相互作用能时不要用cutoff-scheme = Verlet而要用groups
当前没有给出体系 ...

社长，我按照您的指导把Verlet换成group之后，会显示报错，不知道是不是版本的问题呢，还想请教一下。
另外我的模型是水滴与水层之间距离为1nm，在电场作用下，水滴会向水层聚结，所以我想分析一下两个group之间的相互作用能，我上个月时候按照我这样分组和md参数设置还可以显示正常数值，这次一样的操作，相互作用能忽然就为零了
下面是verlet更改为group之后报错，翻译为2020gromacs版本问题

Program: gmx grompp, version 2020.6-MODIFIED
Source file: src\gromacs\gmxpreprocess\readir.cpp (line 289)

Fatal error:
The group cutoff scheme has been removed since GROMACS 2020. Please use the
Verlet cutoff scheme.

For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS
website at http://www.gromacs.org/Documentation/Errors
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作者
Author: student0618 时间: 2026-1-8 11:17
这个要用2020以前的版本，例如2018.8 或2019.6，论坛推荐的2018.8。快速编译个cpu版来rerun就可以了。

作者
Author: behemoth 时间: 2026-1-8 17:56

student0618 发表于 2026-1-8 11:17
这个要用2020以前的版本，例如2018.8 或2019.6，论坛推荐的2018.8。快速编译个cpu版来rerun就可以了。

非常感谢您，但是我不太懂接下来怎么操作，是需要再下载2018版本的吗

作者
Author: student0618 时间: 2026-1-8 20:17

behemoth 发表于 2026-1-8 17:56
非常感谢您，但是我不太懂接下来怎么操作，是需要再下载2018版本的吗

是，下载并编译。

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