计算化学公社

标题: 请问使用Multiwfn做电子密度的AIM电荷分析时，原子附近盆数目过多怎么办？ [打印本页]

作者
Author: 以玉名诗 时间: 2026-1-8 13:23
标题: 请问使用Multiwfn做电子密度的AIM电荷分析时，原子附近盆数目过多怎么办？
本帖最后由以玉名诗于 2026-1-8 13:49 编辑

为了对文献中的AIM电荷进行复现：文章使用Vasp计算出KCl+EuCl3体系下Eu的Bader电荷为-2.97±0.09。参考该文章设定条件，使用cp2k对该凝聚相体系进行了结构优化和AIMD模拟，动力学模拟过程中平均每100步(400 fs)生成电子密度的cube文件。附件中上传了输入文件以及相应的参考文献。
将其载入Multiwfn中进行分析，进行如下操作：
17 Basin analysis
1 Generate basins and locate attractors
3: Same as 2, and perform analysis as three-dimension periodic system
3 Assign corresponding grids to the nearest significant attractors
2 Integrate real space functions in the basins
0 The values of the grid data stored in memory
0 Visualize attractors and basins
结果可以看到每个原子附近对应的盆非常之多。例如Eu原子附近就存在76，82，112三种盆，三种盆对应的积分值分别为6.963，0.891，7.423，均不相同。而Eu使用的是LnPP1赝势基组，描述的价电子为17，此时我应该如何计算才能得到文献中的-2.97呢？
是否可以参考Sob老师使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析帖子中在对水分子做静电势盆分析时，将多个盆中指定的吸引子合并为一个？然后再进行后续分析？

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-8 23:47
手动把对应同一个原子的盆归簇成一个，或者手动把对应同一个原子的盆的电子数相加作为这个原子的

作者
Author: 以玉名诗 时间: 2026-1-9 12:56

sobereva 发表于 2026-1-8 23:47
手动把对应同一个原子的盆归簇成一个，或者手动把对应同一个原子的盆的电子数相加作为这个原子的

谢谢Sob老师！我尝试一下

作者
Author: 以玉名诗 时间: 2026-1-31 09:58

sobereva 发表于 2026-1-8 23:47
手动把对应同一个原子的盆归簇成一个，或者手动把对应同一个原子的盆的电子数相加作为这个原子的

Sob老师，因为我的cube数据是动力学输出的，有批量数据，一个个手动查看盆位置、手动分析太慢了。请问老师有没有什么批量把盆归簇为一个指定原子上的方法呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-31 16:50
AIM电荷根本不怎么样，下文说了，用其它的原子电荷多好
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已发表！
http://sobereva.com/714（http://bbs.keinsci.com/thread-46067-1-1.html）

未来更新的Multiwfn对这种情况会有比较自动化的方法，不需要再自己看吸引子序号

作者
Author: 以玉名诗 时间: 2026-2-2 13:12

sobereva 发表于 2026-1-31 16:50
AIM电荷根本不怎么样，下文说了，用其它的原子电荷多好
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已 ...

我也一直想算其它电荷，但导师觉得在盐体系中AIM电荷使用较广，不建议我用其他电荷（可能怕审稿人否定）

谢谢Sob老师！期待Multiwfn的更新！

作者
Author: 以玉名诗 时间: 2026-4-14 20:38
本帖最后由以玉名诗于 2026-4-14 20:40 编辑

sobereva 发表于 2026-1-31 16:50
AIM电荷根本不怎么样，下文说了，用其它的原子电荷多好
一篇深入浅出、完整全面介绍原子电荷的综述文章已 ...

Sob老师您好！我在计算含Eu、U的离子化合物电荷过程中Eu的电荷。参考您之前的帖子（http://bbs.keinsci.com/thread-46269-1-1.html），我想尝试较为准确的Hirshfeld-I或者MBIS电荷。但是Hirshfeld-I计算的话没有我需要的Eu原子径向密度信息.而最近才发现因为体系中有U，MBIS就不给算了，请问现在该怎么办好呢？
另外，Multiwfn中计算AIM电荷时，不需要再自己看吸引子序号的自动化方法大概什么时候可以更新呢？谢谢老师！

作者
Author: sobereva 时间: 2026-4-15 04:53

以玉名诗发表于 2026-4-14 20:38
Sob老师您好！我在计算含Eu、U的离子化合物电荷过程中Eu的电荷。参考您之前的帖子（http://bbs.keinsci.c ...

用Mulliken电荷结合MOLOPT系列基组，结果一般不会有大问题，计算起来还简单，先用这个
周期性体系AIM电荷的改进几个月之内尽量找时间弄，弄完了会专门发个博文和帖子

作者
Author: 以玉名诗 时间: 2026-4-15 09:15

sobereva 发表于 2026-4-15 04:53
用Mulliken电荷结合MOLOPT系列基组，结果一般不会有大问题，计算起来还简单，先用这个
周期性体系AIM电 ...

好的！我去试一下！谢谢Sob老师！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)