计算化学公社

标题: 请问使用Multiwfn做电子密度的AIM电荷分析时,原子附近盆数目过多怎么办? [打印本页]

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以玉名诗    时间: 2026-1-8 13:23
标题: 请问使用Multiwfn做电子密度的AIM电荷分析时,原子附近盆数目过多怎么办?
本帖最后由 以玉名诗 于 2026-1-8 13:49 编辑

为了对文献中的AIM电荷进行复现:文章使用Vasp计算出KCl+EuCl3体系下Eu的Bader电荷为-2.97±0.09。参考该文章设定条件,使用cp2k对该凝聚相体系进行了结构优化和AIMD模拟,动力学模拟过程中平均每100步(400 fs)生成电子密度的cube文件。附件中上传了输入文件以及相应的参考文献。
将其载入Multiwfn中进行分析,进行如下操作:
17 Basin analysis
1 Generate basins and locate attractors
3: Same as 2, and perform analysis as three-dimension periodic system
3 Assign corresponding grids to the nearest significant attractors
2 Integrate real space functions in the basins
0 The values of the grid data stored in memory
0 Visualize attractors and basins
结果可以看到每个原子附近对应的盆非常之多。例如Eu原子附近就存在76,82,112三种盆,三种盆对应的积分值分别为
6.963,0.891,7.423,均不相同。而Eu使用的是LnPP1赝势基组,描述的价电子为17,此时我应该如何计算才能得到文献中的-2.97呢?

是否可以参考Sob老师使用Multiwfn做电子密度、ELF、静电势、密度差等函数的盆分析帖子中在对水分子做静电势盆分析时,将多个盆中指定的吸引子合并为一个?然后再进行后续分析?

作者
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sobereva    时间: 2026-1-8 23:47
手动把对应同一个原子的盆归簇成一个,或者手动把对应同一个原子的盆的电子数相加作为这个原子的
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以玉名诗    时间: 2026-1-9 12:56
sobereva 发表于 2026-1-8 23:47
手动把对应同一个原子的盆归簇成一个,或者手动把对应同一个原子的盆的电子数相加作为这个原子的

谢谢Sob老师!我尝试一下




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