计算化学公社

标题: jmol的使用问题 [打印本页]

作者
Author: lujun 时间: 2017-5-6 11:40
标题: jmol的使用问题
各位大神：
有没有谁对jmol软件很熟悉。我现在要画一个结构，用jmol画。由于分子里面有两个原子隔得有一点远，现在需要把这两个原子用键连起来，方便观察结构。jmol没法像gauss那样直接操作，不知道大家有没有什么比较好的方法？
谢谢大家！

作者
Author: fhh2626 时间: 2017-5-6 11:56
你用别的软件画好再用jmol打开不就行了？

作者
Author: sobereva 时间: 2017-5-6 12:16
jmol用的人极少
如果你非要用jmol来显示，可以其它程序画好，连上键，然后保存成带有连接关系的文件格式比如mol2（jmol是否支持此格式我不知道）
要么干脆就别用jmol

作者
Author: nusiew 时间: 2022-2-15 16:45

sobereva 发表于 2017-5-6 12:16
jmol用的人极少
如果你非要用jmol来显示，可以其它程序画好，连上键，然后保存成带有连接关系的文件格式比 ...

支持mol2格式，Jmol支持的格式见链接 http://jmol.sourceforge.net/

作者
Author: granvia 时间: 2022-2-15 18:20
假设两个原子的编号是11和12号，则打开控制台，输入：

select atomno=[11,12]
connect single

复制代码

如果想用双键连接，则用“connect double”。三键用“triple”，氢键用“hbond”

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)