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标题: 锂离子电解液模拟，在NVT系综下分子分布不均匀且无法查看密度选项 [打印本页]

作者
Author: 小天才 时间: 2026-1-10 11:23
标题: 锂离子电解液模拟，在NVT系综下分子分布不均匀且无法查看密度选项
我在使用Gromacs进行NVT系综模拟结束后想探究一下是否达到平衡，但通过VMD打开看到结构如下图所示分子和离子并未均匀分散。并且通过gmx energy -f eq.edr命令也并未出现Density选项。请问这是为什么呢？

作者
Author: student0618 时间: 2026-1-10 16:34
这应该跑NPT。

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-10 23:04
你这相当于在真空盒子里模拟液滴，当然不会在盒子里分散
没有特殊情况一律用NPT而不要用NVT
NVT模拟过程中盒子尺寸始终不变，因而密度不变，自然edr也没有记录density信息的意义。

认真看此文
谈谈做分子动力学模拟什么时候适合用NPT和NVT系综
http://sobereva.com/761（http://bbs.keinsci.com/thread-57835-1-1.html）

作者
Author: 小天才 时间: 7 hour ago

sobereva 发表于 2026-1-10 23:04
你这相当于在真空盒子里模拟液滴，当然不会在盒子里分散
没有特殊情况一律用NPT而不要用NVT
NVT模拟过程 ...

谢谢老师

作者
Author: 小天才 时间: 7 hour ago

student0618 发表于 2026-1-10 16:34
这应该跑NPT。

好嘞，谢谢

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