计算化学公社

标题: gromacs 计算在nvt后由大面积空腔 [打印本页]

作者
Author: penghao521 时间: 2026-1-10 14:57
标题: gromacs 计算在nvt后由大面积空腔
各位老师好。向大家请教一个问题。图片为我进行动力学模拟时，在nvt后，体系出现大面空腔。体系两边为水和二茂铁衍生物，中间为有机物。附件为min.mdp和nvt.mdp文件。请各位老师帮帮忙。

作者
Author: pal 时间: 2026-1-10 15:11
需要做npt，初始构建的结构比较松散，一般跑nvt就会聚在一起

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-10 23:09
没特殊情况一律用NPT，让盒子尺寸、体系密度自发调节
packmol建出来的模型普遍密度偏低，相当于盒子偏大，自然NVT动力学跑起来之后会出现真空区
另外，凡是周期性体系，VMD里始终用pbc box命令显示出盒子

认真看此文
谈谈做分子动力学模拟什么时候适合用NPT和NVT系综
http://sobereva.com/761（http://bbs.keinsci.com/thread-57835-1-1.html）

作者
Author: HNUST 时间: 2026-1-12 12:51
这个两相体系是正常的，强行用长时间NPT压回去应该是最简单的办法，不过我选择了粗粒化

作者
Author: penghao521 时间: 2026-1-14 20:09

sobereva 发表于 2026-1-10 23:09
没特殊情况一律用NPT，让盒子尺寸、体系密度自发调节
packmol建出来的模型普遍密度偏低，相当于盒子偏大， ...

好的老师谢谢您

作者
Author: penghao521 时间: 2026-1-14 20:09

pal 发表于 2026-1-10 15:11
需要做npt，初始构建的结构比较松散，一般跑nvt就会聚在一起

谢谢老师

作者
Author: penghao521 时间: 2026-1-14 20:11

sobereva 发表于 2026-1-10 23:09
没特殊情况一律用NPT，让盒子尺寸、体系密度自发调节
packmol建出来的模型普遍密度偏低，相当于盒子偏大， ...

好的呢。谢谢老师。

作者
Author: penghao521 时间: 2026-1-14 20:12

HNUST 发表于 2026-1-12 12:51
这个两相体系是正常的，强行用长时间NPT压回去应该是最简单的办法，不过我选择了粗粒化

好的老师谢谢

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)