计算化学公社

标题: Q-CHEM并行求助 [打印本页]

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lp2014    时间: 2017-5-6 21:50
标题: Q-CHEM并行求助
新手想请教个问题,在运行qchem时,我想在one node上运行一个8或12核的任务,提交任务时,用qchem -nt 8 1.inp 1.out,但是每次提交之后都显示只在1个核上计算(之后查说明书,
-np可设置核数,所以用qchem -np 8 -nt 8 1.inp 1.out提交,仍是一个核计算),是什么原因呢?该如何设置呢?谢谢



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stecue    时间: 2017-5-8 12:48
qchem的并行是基于MPI的,不知道是不是没有安装或者设置mpi库?
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itpfeng    时间: 2017-8-12 19:29
-nt 是用的openmp并行,用top显示就是一个任务,但是是并行了的,cpu用量是 ncore*100%,另外你可以比较一下 -nt 8 和 -nt 1 的速度.
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bluewhale    时间: 2017-8-12 23:05
不知你的并行环境,如果是Torque+maui, 加选项 -pbs 试一试。
或者将你完整提交脚本放出来。
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qianbao    时间: 2017-12-4 18:44
请问楼主有应用手册吗?最好能是中文版的,谢谢啦!
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alonewolfyang    时间: 2017-12-5 10:47
C:\Users\ShelbyYang\Desktop\122.jpg
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sobereva    时间: 2017-12-5 17:14
qianbao 发表于 2017-12-4 18:44
请问楼主有应用手册吗?最好能是中文版的,谢谢啦!

手册官网上直接下
不存在中文版
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qianbao    时间: 2017-12-5 18:53
sobereva 发表于 2017-12-5 17:14
手册官网上直接下
不存在中文版

哦哦哦 好的 谢谢老师。

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thinking    时间: 2019-4-17 18:09
qchem -np 8 -nt 8 1.inp 1.out

http://www.q-chem.com/qchem-webs ... l/sec-parallel.html
没理解错的话,是指定8个节点,每个节点用8个线程(既8个CPU),节点之间用MPI并行,节点内用OpenMP并行。

最近两天在研究Q-Chem的并行,发现对MPI并行的解释和说明在不同的来源会看到不同的答案(而且都是Q-Chem自己的网站或者官方论坛)。

这个网页的介绍有参考价值
http://www.q-chem.com/qchem-webs ... qchem-install.shtml
而这个网页给的用脚本并行的方案(mpirun)实现不了
http://www.q-chem.com/qchem-website/doc_for_web/readme_par.shtml

虽然技术支持强烈建议我不要用MPI,而是用OpenMP,因为后者更可靠,而且能满足大部分的并行计算的要求。
“ The Q-Chem installer provides options for selecting the parallel version and OpenMP only is default. I will advise that the OpenMP code is significantly more efficient and better tested than the MPI parallel code, as well as sufficient for the majority of Q-Chem jobs. We recommend using OpenMP parallelism unless the problem absolutely requires multiple nodes.”

折腾了一天之后,发现 https://hpc.nih.gov/apps/qchem.html 在这个网页给的脚本基础上(对某些系统,QCMACHINEFILE不能少),加上要指定Intel的编译库路径,才能正常运行MPI版的qchem。

我自己也做了测试,发现单节点和跨界点MPI算freq都会出错,hybrid MPI + OpenMP也出错。而且出错信息不一样。

所以,亲自感受到了MPI版并行的难用和问题之后,决定采纳技术支持的建议,用OpenMP做Q-Chem并行计算。





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