计算化学公社

标题: 分子对接后，如何进行进一步的筛选？ [打印本页]

作者
Author: sunhongxun 时间: 2026-1-12 11:16
标题: 分子对接后，如何进行进一步的筛选？
各位老师好！
我是华中农业大学硕士研究生。我在进行药物筛选。
筛选的药物库有9000多个小分子。

我使用autodock进行分子对接，分子对接后，还要进行哪些步骤进一步缩小范围？只根据结合能不行吧？
感谢解答

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-13 00:34
你先说明筛选的标准是什么、目的是什么，别人才能告诉你怎么筛合适

作者
Author: student0618 时间: 2026-1-13 00:45
比较general的可参考以下这篇，但实际上如楼上sob老师说要先说清楚，不然很难说。
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jmedchem.0c02227

作者
Author: sunhongxun 时间: 2026-1-15 15:15

student0618 发表于 2026-1-13 00:45
比较general的可参考以下这篇，但实际上如楼上sob老师说要先说清楚，不然很难说。
https://pubs.acs.org/d ...

感谢解答。您推荐的文献很好，我阅读一下，希望能学会肉眼检查

作者
Author: sunhongxun 时间: 2026-1-15 15:19

sobereva 发表于 2026-1-13 00:34
你先说明筛选的标准是什么、目的是什么，别人才能告诉你怎么筛合适

老师，我的目的就是，从9000多个肠道代谢物中，逐步缩小范围，最终锁定200左右的小分子，然后购买，进行分子实验验证。

老师，我也不清楚具体的标准是啥？docking自由能比较低；小分子有生理浓度；还要什么标准呢老师？

感谢您的解答

作者
Author: sobereva 时间: 7 day ago

sunhongxun 发表于 2026-1-15 15:19
老师，我的目的就是，从9000多个肠道代谢物中，逐步缩小范围，最终锁定200左右的小分子，然后购买，进行 ...

倘若你的筛选目的是寻找与某受体结合能力强的分子，结合自由能是首要标准

作者
Author: student0618 时间: 7 day ago
这不算是目的，只是描述过程。具体标准很看实际目的、实际情况。

目的是例如某环境中标靶某蛋白、能通过blood-brain barrier的药物、会影响某蛋白功能等。

实际情况是有多少时间完成项目、用什么机器跑、买小分子预算多少等。

一般很General的先筛去docking score比某cutoff更差的分子或只保留N% top compounds、要考虑蛋白柔性及显式溶剂跑MD、跑完MD 跑MMPBSA 算binding free energy。

某特定作用如氢键已知对结合这蛋白很重要的保留有该氢键的分子、药物方向再筛ADMET，要在强酸下作用的筛去根据化学知识会在该环境不稳定的。
有一批Candidate了，看看价格及预算再因现实原因选。

以上可能如楼主的项目完全没有任何关係，不知道目的及可用资源只能够用较常见的方向猜猜。

作者
Author: sunhongxun 时间: 4 day ago

student0618 发表于 2026-1-16 01:15
这不算是目的，只是描述过程。具体标准很看实际目的、实际情况。

目的是例如某环境中标靶某蛋白、能通过 ...

老师，您的这句话“某特定作用如氢键已知对结合这蛋白很重要的保留有该氢键的分子”

我非常受用，感谢您。

我从文献里已经知道某几个氨基酸很重要，在docking后，优先保留与这几个氨基酸存在氢键的分子可以么？

作者
Author: student0618 时间: 3 day ago

sunhongxun 发表于 2026-1-19 21:51
老师，您的这句话“某特定作用如氢键已知对结合这蛋白很重要的保留有该氢键的分子”

我非常受用，感谢 ...

如果能合理解释可以试试。

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