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标题: 求助统计轨迹中特定氢键的平均键长问题 [打印本页]

作者
Author: 葱葱cong 时间: 2026-1-13 21:20
标题: 求助统计轨迹中特定氢键的平均键长问题
本帖最后由葱葱cong 于 2026-1-13 21:38 编辑

各位老师好，模拟小白想请教一下，我的配体与某一个残基的主链在模拟中最多形成两根氢键，我想计算其中一根氢键的键长变化情况，gmx hbond貌似没办法统计特定残基的特定氢键，gmx distance只能统计距离（没办法判断是否符合氢键键长键角阈值），针对这种情况有什么手段？

作者
Author: student0618 时间: 2026-1-13 21:46
写tcl/python脚本统计。

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-14 05:36
写VMD tcl脚本是最简单的方法。如果非不写脚本，gmx distance和gmx angle分别得到距离和角度变化，自己筛出来满足氢键判据的帧，然后统计键长变化情况

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