计算化学公社

标题: 求助关于G16中叔丁氧自由基对利多卡因碳氢键的反应能，先结构优化，但SCF收敛失败 [打印本页]
作者
Author: kkkkkkkkkk    时间: 2026-1-14 12:14
标题: 求助关于G16中叔丁氧自由基对利多卡因碳氢键的反应能，先结构优化，但SCF收敛失败
本帖最后由 kkkkkkkkkk 于 2026-1-14 12:19 编辑

gjf文件代码
%nprocshared=1
%mem=6GB
%chk=ts-6.chk
# stable=opt uwb97xd/6-311++g(d,p)

ts

0 2
C                 -5.78800583    1.65995336    0.54190000
C                 -5.78430583    0.13905336    0.71610000
C                 -4.56960583   -0.67864664    0.26770000
C                 -3.37040583    0.03465336   -0.36260000
C                 -3.29030583    1.56045336   -0.30370000
C                 -4.52120583    2.37985336    0.07830000
C                 -4.49500583    4.02495336   -0.01920000
N                 -1.93890583    2.29125336   -0.62390000
C                 -2.16760583   -0.82364664   -1.09930000
C                 -0.61270583    1.65625336   -0.06890000
C                  0.85229417    1.94905336   -0.77130000
O                 -0.67800583    0.85055336    1.09900000
N                  2.00469417    1.27155336    0.13640000
C                  3.35239417    2.13665336   -0.08490000
C                  2.24659417   -0.19524664   -0.50070000
C                  4.18729417    2.26855336    1.36740000
C                  3.82129417   -0.73094664   -0.26910000
H                 -6.70220583    2.23495336    0.75030000
H                 -6.65330583   -0.36594664    1.16290000
H                 -4.55870583   -1.77094664    0.39750000
H                 -3.49760583    4.35985336   -0.38240000
H                 -4.68730583    4.45885336    0.98760000
H                 -5.28180583    4.36705336   -0.72810000
H                 -1.92190583    3.14325336   -1.16970000
H                 -2.39810583   -1.91094664   -1.04130000
H                 -2.09400583   -0.51694664   -2.16670000
H                 -1.20050583   -0.62164664   -0.58670000
H                  0.87259417    1.50775336   -1.79290000
H                  1.02459417    3.04595336   -0.84790000
H                  3.08299417    3.15305336   -0.44970000
H                  3.99749417    1.62765336   -0.83560000
H                  1.54809417   -0.91534664   -0.01870000
H                  2.06419417   -0.12814664   -1.59660000
H                  3.62969417    1.73075336    2.16670000
H                  4.28489417    3.34255336    1.64240000
H                  5.19959417    1.81975336    1.25530000
H                  4.39859417    0.04145336    0.28660000
H                  3.80829417   -1.67684664    0.31740000
H                  4.30029417   -0.91254664   -1.25710000
C                  0.18449818   -2.77356205   -0.06471106
C                  0.82240349   -3.75111777    0.91360631
C                 -1.15689518   -2.30664890    0.48498921
O                  1.02889109   -1.66769002   -0.23666455
C                 -0.02905826   -3.46404966   -1.40528029
H                  1.80264777   -4.09232212    0.51190457
H                  0.15206492   -4.62911204    1.05006542
H                  0.97850041   -3.24654961    1.89328159
H                 -1.62298374   -1.59232790   -0.22993012
H                 -1.82715818   -3.18470365    0.62147343
H                 -1.00084539   -1.80210435    1.46474946
H                  0.33283413   -4.51474298   -1.34386280
H                 -1.11358573   -3.45984305   -1.65553725
H                  0.53715329   -2.92240128   -2.19578393

--Link1--
%nprocshared=8
%mem=6GB
%chk=ts-6.chk
#p uwb97xd/6-311++g(d,p) opt=(calcfc,ts,noeigen,gdiis,Cartesian) freq=noraman geom=allcheck (, 下载次数 Times of downloads: 0)
作者
Author: BinWang    时间: 2026-1-14 12:54
难收敛的话，先减小基组，生成一个过渡态，之后将该过渡态作为初猜用大基组重新找过渡态。
作者
Author: BinWang    时间: 2026-1-14 13:03
看了一眼你的结构，初猜太烂，重新构建模型吧
作者
Author: 北大-陶豫    时间: 2026-1-14 13:26
当前结构太烂，容易导致电子结构诡异，难以收敛，再加上你基组还用弥散函数，更是雪上加霜。
好好看：谈谈量子化学中基组的选择 http://sobereva.com/336
刚搭出来的结构烂不要紧，用 PM7D3 等方法粗略优化一下即可。关键词：# opt PM7 Em=GD3
我给你这个体系用 PM7D3 粗略优化了一下，能量下降了 415.38 kcal，结构也正常多了，优化好的结构如下，你可以直接拿来用。
  1. C                  3.69016700   -1.01660300    0.55845800
  2. C                  4.03405700   -0.15834300   -0.47966300
  3. C                  3.10688100    0.14721100   -1.47283400
  4. C                  1.82611700   -0.40347300   -1.43769800
  5. C                  1.48913800   -1.28397200   -0.39225000
  6. C                  2.41741800   -1.59168700    0.61531000
  7. C                  2.07763600   -2.49695500    1.74697100
  8. N                  0.19640900   -1.89738500   -0.38555200
  9. C                  0.83118600   -0.02474000   -2.47826000
  10. C                 -0.73217500   -1.59695700    0.59582000
  11. C                 -2.12003600   -2.22503100    0.41919200
  12. O                 -0.44609600   -0.91406400    1.55832000
  13. N                 -3.05320600   -1.34227400   -0.29281400
  14. C                 -3.92153900   -0.51625800    0.56102000
  15. C                 -2.63729100   -0.88160800   -1.51599400
  16. C                 -3.24092300    0.65465700    1.27006400
  17. C                 -3.00665200    0.43440700   -2.07353900
  18. H                  4.41571700   -1.24366500    1.33613200
  19. H                  5.02960500    0.27986600   -0.51483600
  20. H                  3.37960600    0.82793500   -2.27566500
  21. H                  1.58908700   -1.92728400    2.55921300
  22. H                  2.95993500   -2.98714600    2.17550700
  23. H                  1.37370800   -3.28826900    1.45349700
  24. H                 -0.11982300   -2.25363200   -1.28143100
  25. H                  1.23940000    0.67422100   -3.22010000
  26. H                  0.44074200   -0.88781600   -3.02946300
  27. H                 -0.03156500    0.49784300   -2.01368900
  28. H                 -2.05653300   -3.19138000   -0.13118700
  29. H                 -2.52114800   -2.46955000    1.43104300
  30. H                 -4.39458600   -1.19073600    1.31195400
  31. H                 -4.75338400   -0.13949700   -0.08030400
  32. H                 -0.47726200    0.79810200    0.45714000
  33. H                 -2.03372800   -1.54059900   -2.11781000
  34. H                 -2.73936700    1.32433900    0.55756700
  35. H                 -2.47473000    0.32045600    1.98045800
  36. H                 -3.96557300    1.25510300    1.82734500
  37. H                 -4.06864600    0.67847100   -1.93472000
  38. H                 -2.42086400    1.24200900   -1.59243100
  39. H                 -2.80220700    0.48973200   -3.15093800
  40. C                  0.34977600    2.60788700    0.55402100
  41. C                 -0.59337000    3.37944400    1.48729600
  42. C                  1.49191800    1.95377400    1.33414600
  43. O                 -0.42255700    1.60624700   -0.08990900
  44. C                  0.86468700    3.47947800   -0.59585300
  45. H                 -1.47162200    3.73522200    0.93762100
  46. H                 -0.09679100    4.24264900    1.93509000
  47. H                 -0.95544200    2.73579600    2.29602600
  48. H                  2.20895600    1.47512900    0.65481500
  49. H                  2.03511800    2.67642500    1.94540400
  50. H                  1.11937900    1.16011900    1.99693900
  51. H                  1.47231900    4.30778900   -0.22668300
  52. H                  1.47376400    2.88224000   -1.28560200
  53. H                  0.03076900    3.88889800   -1.17684900

复制代码

作者
Author: kkkkkkkkkk    时间: 2026-1-14 13:57
北大-陶豫 发表于 2026-1-14 13:26
当前结构太烂，容易导致电子结构诡异，难以收敛，再加上你基组还用弥散函数，更是雪上加霜。
好好看：谈谈 ...

谢谢！
作者
Author: kkkkkkkkkk    时间: 2026-1-14 14:28
BinWang 发表于 2026-1-14 12:54
难收敛的话，先减小基组，生成一个过渡态，之后将该过渡态作为初猜用大基组重新找过渡态。

好的好的！谢谢！
作者
Author: kkkkkkkkkk    时间: 2026-1-14 14:28
BinWang 发表于 2026-1-14 13:03
看了一眼你的结构，初猜太烂，重新构建模型吧

谢谢！
作者
Author: sobereva    时间: 2026-1-15 02:01
北大-陶豫 发表于 2026-1-14 13:26
当前结构太烂，容易导致电子结构诡异，难以收敛，再加上你基组还用弥散函数，更是雪上加霜。
好好看：谈谈 ...

PM7自身已经带了色散校正项，没法再加D3校正（即便程序不报错，也未必结果有意义，自己也不知道实际算的是什么）
可以直接用PM7，或者PM6D3关键词
作者
Author: sobereva    时间: 2026-1-15 02:03
gdiis和Cartesian不兼容，下文明确说了
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/164

甭写多余的noraman，下文说了
常见的多余的和被滥用的Gaussian关键词
http://sobereva.com/331（http://bbs.keinsci.com/thread-3460-1-1.html）

弥散加的完全多余，尤其是氢的弥散。仔细看下文
谈谈弥散函数和“月份”基组
http://sobereva.com/119
作者
Author: 北大-陶豫    时间: 2026-1-15 10:38
sobereva 发表于 2026-1-15 02:01
PM7自身已经带了色散校正项，没法再加D3校正（即便程序不报错，也未必结果有意义，自己也不知道实际算的 ...

谢谢指正！我平时都只把它当作粗略优化，优化得差不多就行，都没关注过这些
作者
Author: kkkkkkkkkk    时间: 2026-1-15 10:45
sobereva 发表于 2026-1-15 02:03
gdiis和Cartesian不兼容，下文明确说了
量子化学计算中帮助几何优化收敛的常用方法
http://sobereva.com/ ...

好的好的！谢谢！




欢迎光临 计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/) Powered by Discuz! X3.3