计算化学公社
标题:
求助:导出数据和显示原子序号
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作者Author:
不会扣篮的后卫
时间:
2026-1-14 12:30
标题:
求助:导出数据和显示原子序号
大家好,
我想在 VMD 中对 C₁₀H₁₆ 的轨迹进行可视化并分析其相关数据。
在 Load NMD File → Plot Mobility 中,我已经成功绘制了 Normal modes square fluctuations(如图一所示)。
想请教两个问题:
1. 该图对应的数值数据是否可以导出?如果可以,请问怎么导出数据呢?
2. 从图中可以看到 第 13、14 和 21 个原子的振幅明显较大。请问在 VMD 中如何显示原子序号(atom index / atom ID),以便确认这些原子在分子中的具体位置?
图一
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作者Author:
student0618
时间:
2026-1-14 12:55
绘图视窗左上角可导出。
如果用Normal mode wizard 打开nmd文件的话,可看每个mode的动画及箭头的。
作者Author:
不会扣篮的后卫
时间:
2026-1-14 20:06
student0618 发表于 2026-1-14 12:55
绘图视窗左上角可导出。
如果用Normal mode wizard 打开nmd文件的话,可看每个mode的动画及箭头的。
谢谢老师的建议,以上问题已顺利解决。学生想请教一个新的问题:请问 mode 的动画以及对应的位移箭头该如何保存?
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