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标题: 求助：vina进行2配体-蛋白盲对接的盒子尺寸过大是否影响对接准确性 [打印本页]

作者
Author: 彭俊瑜 时间: 2026-1-14 16:59
标题: 求助：vina进行2配体-蛋白盲对接的盒子尺寸过大是否影响对接准确性
各位高手，我在尝试使用Vina进行两个配体和蛋白质受体的分子对接任务时出现警告：
WARNING: Search space volume is greater than 27000 Angstrom^3
所设置的exhaustiveness=64。相较于一些文献之中的描述，这个水平已经相对较高，不过在我的计算资源承受范围内。
继续对接任务，完成后得到了系列配体构象共9个。
查阅Vina的Q&A板块，得到盒子尺寸尽量不超过27000 Angstrom^3的建议，但没有提到具体的影响。
遂尝试进一步将对接盒子缩小，使其大小能够接近所得的结合自由能最小的两个配体以及周围的相互作用位点，但无论怎么调整，都无法将盒子缩小到27000 Angstrom^3以下，尤其是难以完全覆盖结合自由能稍大的一些构象以及周围的作用位点。
我研究的是酶的突变，目的是得到合适的对接构象，接着进行分子动力学模拟，评估配体与受体的相互作用以及受体的构象的变化。
故生疑惑：
1. 目前得到的构象都在预先设想的口袋中。如此缩小对接盒子的大小是否已无助于我进一步获得更加准确的对接构象？
2. 目前设置的配体构象数量是否足够我评估对接构象的合理性？

苦于网络上没有关于vina的系统教学，查了一段时间的文献也没有找到具体讨论盒子大小意义的相关研究，还烦请各位高手多多指教。

作者
Author: zep 时间: 2026-1-14 19:08
什么酶，两个配体的话，其中一个是不是辅酶，他们的位置最好参考已有相关酶的共晶结构，尤其辅酶在蛋白中的位置基本不太变化的，具体底物的结合姿态也需要考虑催化机理，负责进攻的催化残基等与底物的关键原子距离，朝向，不能只看结合能，你说的对接盒子大小以及对接次数需要参考前面的内容设置改变，另外你找一些你这个酶的或者超家族的类似结构的相关文献材料方法

作者
Author: student0618 时间: 2026-1-14 19:44
除了楼上所说的以外，还可以先用搜口袋的软件分析蛋白再选用哪口袋而非blind docking。

作者
Author: 彭俊瑜 时间: 2026-1-14 19:57

zep 发表于 2026-1-14 19:08
什么酶，两个配体的话，其中一个是不是辅酶，他们的位置最好参考已有相关酶的共晶结构，尤其辅酶在蛋白中的 ...

十分感谢相助，您的回复一针见血。的确是一个酶和NADP辅酶+反应底物的体系，而且确有同类型含有辅酶的酶晶体结构，不过具体的酶恐怕我不能告知。我按照您的回复再好好调查这个体系，感激不尽。

作者
Author: 彭俊瑜 时间: 2026-1-14 20:29

student0618 发表于 2026-1-14 19:44
除了楼上所说的以外，还可以先用搜口袋的软件分析蛋白再选用哪口袋而非blind docking。

感谢补充
看来搞学术还是要睁眼抬头，这会给我长教训了

作者
Author: 彭俊瑜 时间: 2026-1-21 18:06

zep 发表于 2026-1-14 19:08
什么酶，两个配体的话，其中一个是不是辅酶，他们的位置最好参考已有相关酶的共晶结构，尤其辅酶在蛋白中的 ...

老师您好，冒昧打扰进一步咨询相关问题，内容可能比较具体繁杂，拜请拨冗赐教。

首先补充一下信息：
1. 本分子对接的其中一个配体是NADP辅酶，另一个配体是一个三十余原子数的有机物。
2. 按照您的建议，我查阅了相关文献，发现其对参与反应的氨基酸残基以及反应机理已经有比较完整的分析解释，我所做的酶的结构也与已知的酶的结构高度一致。现观察到一些文献直接将已经测得的含NADP的同类酶晶体结构中NADP坐标和构象直接移植与结构高度相似的酶分子中，再用酶和NADP的整体与底物做分子对接进一步得到构象或干脆自己测结构。
目前所做尝试：
为考察不同突变酶与NADP结合的自由能变化，参考以上查到的同类酶晶体结构中的NADP的构象，设置了能够包括作用残基的对接盒子先将酶和NADP用vina进行分子对接，筛选出与已知构象相近的几个对接构象，发现虽然对接得到的构象与已知的相近，同时也能够与已知反应相关残基的相互作用，但NADP的吡啶环的构象与已知结构出现了一些差异，吡啶环的扭转可能使得其酰胺基占据了底物的结合位点导致后续尝试将酶-NADP结合物与底物对接的时候全然无法得到与恰当残基相互作用的对接构象。单独尝试限制吡啶环的扭转也无法得到良好的效果。遂在已知NADP结构的基础上设置其所有键不扭转，底物则不作限制，结果NADP和底物的对接结果非常完美地复现了已知的结构。
现问题如下：
1. 虽然出于要获得结合自由能的目的，但不知道用vina将NADP与酶对接是否科学准确？
2. 本研究酶的野生型及突变型虽不涉及对参与反应的残基的突变，但仍担心NADP与酶的结合构象会因为序列上的细微不同、所设计的突变产生改变。出于此考虑，将NADP所有键设置为不扭转是否是科学理性？
3. 我查询的信息是否不够充分，还有什么方面的内容需要补充？

最后，如此唐突地提出个人研究上的问题，倍感惶恐。如蒙赐教，不胜感激。

作者
Author: 学不会太难啦 时间: 2026-1-22 11:06

student0618 发表于 2026-1-14 19:44
除了楼上所说的以外，还可以先用搜口袋的软件分析蛋白再选用哪口袋而非blind docking。

老师您好，想问问如果用软件预测出来有好几个口袋，应该怎么确定哪个最好呀？分别对接一下再选结合能低的吗？

作者
Author: student0618 时间: 2026-1-22 11:28

学不会太难啦发表于 2026-1-22 11:06
老师您好，想问问如果用软件预测出来有好几个口袋，应该怎么确定哪个最好呀？分别对接一下再选结合能低的 ...

有些有给口袋打分的工具可先参考，当然对接试试也行。

作者
Author: 学不会太难啦 时间: 2026-1-22 12:08

student0618 发表于 2026-1-22 11:28
有些有给口袋打分的工具可先参考，当然对接试试也行。

好的，谢谢老师！

作者
Author: zep 时间: 2026-1-26 18:51

彭俊瑜发表于 2026-1-21 18:06
老师您好，冒昧打扰进一步咨询相关问题，内容可能比较具体繁杂，拜请拨冗赐教。

首先补充一下信息：

1vina可以，对接就那么回事，都差不多主要看你最后结果，小分子结合方式和参考文献中，晶体是否差不多，2一般辅酶构象是不太变化，都挺大，在酶口袋结合也相对没那么自由，贸然改变的话有可能酶就失活了，除非你重新设计整个酶口袋，不然变化有但不大，另一种可能就是你的辅酶有新的结合姿态，这往往意味着原本的机制可能会改变，如果结合姿态非常大的变化，3你的信息可以的，你这个有参考文献，你照着文献差不多就行，捏可以对接完跑个MD进一步看看

作者
Author: 彭俊瑜 时间: 2026-1-28 09:24

zep 发表于 2026-1-26 18:51
1vina可以，对接就那么回事，都差不多主要看你最后结果，小分子结合方式和参考文献中，晶体是否差不多，2 ...

十分感谢补充！我先将对接的结果MD跑跑看。

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