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标题: 求助跑MMGBSA算结合能，结果是正值 [打印本页]

作者
Author: xiaocao37861663 时间: 2026-1-14 18:56
标题: 求助跑MMGBSA算结合能，结果是正值
求助：本人新手小白，刚在做分子动力学模拟，今天跑MMGBSA，最后的结果是正值，导出轨迹用pymol看，组里人说是周期性问题，小分子配体像是会跑到盒子边缘又被拉回。跑MD跑了500ns，做MMGBSA用的30000-50000帧，提取8帧做结合能，组里人现在建议我重新取8帧，从5000-15000取。目前正在重新跑，也不知道结果会怎么样？另外，同一个蛋白，我还有另外2个小分子配体，也是同样的情况，结合能都是正值，大概7左右。有懂的帮忙看看呗，应该怎么处理呢？万分感谢！

作者
Author: student0618 时间: 2026-1-14 19:40
1. MMPBSA 是要至少100帧的。
2. Amber可以直接跑MMPBSA不用先处理轨迹。
3. 显示问题 cpptraj 用autoimage 处理再导出轨迹

作者
Author: xiaocao37861663 时间: 2026-1-14 21:21
谢谢0618，我刚才用autoimage 处理再导出轨迹，pymol看了，不跑了，我用这个轨迹再跑一下MMPBSA试试，非常感谢！

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-15 01:27
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “MMGBSA结合能” 改了，以后务必注意！

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