计算化学公社

标题: 求助计算NiFe双单原子吸附O原子，输出结果无法转换成cif文件 [打印本页]

作者
Author: guoguoping199 时间: 6 day ago
标题: 求助计算NiFe双单原子吸附O原子，输出结果无法转换成cif文件
如题，最近刚入门学习CP2K，进行一些单原子ORR，OER催化相关的计算，搭建了NiFe双单原子模型，并在优化结构与晶胞以后，加入了O原子，再次进行结构优化，顺利跑完，但是发现输出的结果使用Multiwfn转换成cif格式后发现其中并没有写入元素及原子坐标。CP2K软件版本2025.1，Multiwfn是最新的2026.1.12版本。
说明：在加入O原子优化之前，得到的结果可以用Multiwfn转换成cif格式文件并打开。

计算输入文件及输出文件如下：out文件由于大小限制无法上传
(, 下载次数 Times of downloads: 12) (, 下载次数 Times of downloads: 9)
请问这是输入文件哪里设置错误了吗？

作者
Author: UW_0728. 时间: 6 day ago
本帖最后由 UW_0728. 于 2026-1-17 20:31 编辑

优化最后一步的结构储存在.restart文件里，而非.out。确保载入对了文件

确认载入对了的话，我看到你的.restart里面日期是中文的，如果Multiwfn转不了的话跟这个也可能有关系

作者
Author: guoguoping199 时间: 6 day ago

UW_0728. 发表于 2026-1-17 20:28
优化最后一步的结构储存在.restart文件里，而非.out。确保载入对了文件

确认载入对了的话，我看到你的.r ...

就是用的.restart文件，您说的中文日期我也打开注意到了，改成英文的还是转换失败，生成的cif文件里没有元素和原子坐标信息

作者
Author: spinel 时间: 6 day ago
同学，请问你这个结构中，Fe和Ni都不需要设置磁矩吗

作者
Author: guoguoping199 时间: 6 day ago

spinel 发表于 2026-1-17 21:40
同学，请问你这个结构中，Fe和Ni都不需要设置磁矩吗

我目前还是初学阶段，还没有学习这方面的知识，我看文献中计算的参数大部分都没有写磁矩，也就没有设置

作者
Author: spinel 时间: 5 day ago
本帖最后由 spinel 于 2026-1-18 16:06 编辑

guoguoping199 发表于 2026-1-17 20:32
就是用的.restart文件，您说的中文日期我也打开注意到了，改成英文的还是转换失败，生成的cif文件里没有 ...

具体细节你需要问卢老师，我大概测试了一下，如果把结构单独拷贝出来，是可以被Multiwfn正确读取的，重新创建输入文件也没问题，但就是你上传的这个原文件不行

作者
Author: guoguoping199 时间: 5 day ago

spinel 发表于 2026-1-18 15:58
具体细节你需要问卢老师，我大概测试了一下，如果把结构单独拷贝出来，是可以被Multiwfn正确读取的，重新 ...

好的，真的很奇怪，前边的不加氧原子正常结构优化晶胞优化后的输出文件可以转化为cif，但是加了氧原子结构优化的输出文件就不行

作者
Author: sobereva 时间: 4 day ago
把restart文件里的BDF随便改成其它什么或者删掉，就能正常识别

作者
Author: guoguoping199 时间: 4 day ago

sobereva 发表于 2026-1-19 10:31
把restart文件里的BDF随便改成其它什么或者删掉，就能正常识别

好的，谢谢卢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)