标题: 请教力场和原子冲突问题 [打印本页] 作者Author: YuniJ 时间: 4 day ago 标题: 请教力场和原子冲突问题 各位老师，我一直理解的是对于各个力场来说，用gromacs跑模拟时，如果原子有冲突是无法正常通过平衡阶段甚至是能量最小化阶段，但今天发现如图所示，一个蛋白质中的精氨酸结构有点问题，原子之间不正常成键并且原子有冲突，但是md可以正常进行，这是为什么呢？ 作者Author: student0618 时间: 3 day ago
如果拓朴成键关係正确是有可能在最小化时解决的，可以用vmd打开最小化后的gro看看。作者Author: YuniJ 时间: 3 day ago