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标题: 请教力场和原子冲突问题 [打印本页]

作者
Author: YuniJ 时间: 2026-1-19 15:36
标题: 请教力场和原子冲突问题
各位老师，我一直理解的是对于各个力场来说，用gromacs跑模拟时，如果原子有冲突是无法正常通过平衡阶段甚至是能量最小化阶段，但今天发现如图所示，一个蛋白质中的精氨酸结构有点问题，原子之间不正常成键并且原子有冲突，但是md可以正常进行，这是为什么呢？

作者
Author: student0618 时间: 2026-1-20 01:16
如果拓朴成键关係正确是有可能在最小化时解决的，可以用vmd打开最小化后的gro看看。

作者
Author: YuniJ 时间: 2026-1-20 16:58

student0618 发表于 2026-1-20 01:16
如果拓朴成键关係正确是有可能在最小化时解决的，可以用vmd打开最小化后的gro看看。

谢谢老师，确实是在能量最小化时解决的

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