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标题: baneplot-高斯可视化监控工具-已修复无法下载问题 [打印本页]
作者
Author: wal    时间: 前天 10:48
标题: baneplot-高斯可视化监控工具-已修复无法下载问题
本帖最后由 wal 于 2026-1-22 19:17 编辑

在此推荐笔者自用的可视化监控工具baneplot，一个基于gnuplot的日志文件绘图工具。
(, 下载次数 Times of downloads: 6)
此工具是前年写的，用了一年多，感觉良好。主要用于几何优化监控、柔性扫描监控、IRC监控。支持控制台绘图，支持自定义绘图。解析库是homemade，可能有bug，欢迎报告。
环境要求：命令行可调用gnuplot。笔者使用的版本是5.4.4，有使用者报告某些版本可能存在字号错误的情况，如果遇到的话可以换换gnuplot版本
  1. Author: Bane Dysta
  2. FeedBack: http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=57944&fromuid=63020
  3. or Email  banerxmd@gmail.com
  4. 用法: baneplot <gaussian_output.log> [选项]
  5. 若当前目录下只有一个log，将自动选中
  6. 选项:
  7.   --converge, -cv    绘制优化收敛图 (默认绘制SCF和TD-DFT能量)
  8.   --converge-td, -cv td   绘制优化收敛图(使用TD-DFT能量数据)
  9.   --converge-sp, -cv sp   绘制优化收敛图(仅使用SCF能量数据)
  10.   --converge-oniom, -cv oniom   绘制优化收敛图(使用ONIOM外推能量数据)
  11.   --scan, -sc        绘制扫描能量曲线 (默认绘制SCF和TD-DFT能量)
  12.   --scan-td, -sc td      绘制扫描能量曲线(使用TD-DFT能量数据)
  13.   --scan-sp, -sc sp      绘制扫描能量曲线(仅使用SCF能量数据)
  14.   --scan-oniom, -sc oniom      绘制扫描能量曲线(使用ONIOM外推能量数据)
  15.   --irc, -i          绘制IRC能量曲线，自动检测可用能量数据
  16.   --data, -d <data_file>  直接从数据文件绘制图形
  17.                          支持双Y轴绘图：可处理含有两组"index"开头表头的数据文件
  18.                          例如：banedata -a -sc 49 8 > data.txt 和 banedata -a -e >> data.txt 的组合
  19.   --single, -s       配合-d使用，强制使用单Y轴绘图
  20.   --dumb, -du        使用ASCII字符画(dumb)终端模式在控制台直接显示图形
  21.   --keep, -k         调试选项，保留临时数据文件和脚本文件
  22.   --help, -h         显示此帮助信息
复制代码


几何优化监控
由baneplot -cv触发。如果有TDDFT能量，会自动使用，否则自动使用SCF能量。默认绘图至png图片，在使用VScode时很方便。
(, 下载次数 Times of downloads: 0)
如果惯用纯shell，也可以加--dumb输出到终端，不过步数一多就啥都看不清了，当个花瓶看看吧。
对于纯shell监控笔者其实有更好的监控方式，将在未来发布（总有一天所有人都会理解xyz剪切板艺术的！）
(, 下载次数 Times of downloads: 0)
对于ONIOM，使用-cv oniom指定使用ONIOM能量
(, 下载次数 Times of downloads: 0)

柔性扫描绘图
baneplot -sc触发。如有TDDFT能量，会自动绘制到右Y轴。不画在单轴是因为之前试过，激发能一高，变化趋势就全抹平了，梯度图是用来看TS初猜最佳选点的。
(, 下载次数 Times of downloads: 0)
控制台绘图能量图可用。
(, 下载次数 Times of downloads: 0)

IRC监控绘图
baneplot -i触发，如有TDDFT能量会自动使用，否则使用SCF能量
(, 下载次数 Times of downloads: 0)
控制台绘图可用
(, 下载次数 Times of downloads: 0)

联动其他程序
经笔者小改，sob老师的OfakeG可以结合此工具监控ORCA输出：
(, 下载次数 Times of downloads: 2)
  1. (base) root@wcy:/home/bane/scripts/Libs/gau_Clib/logs/ofakeg# /home/bane/scripts/Libs/gau_Clib/external/OfakeG/OfakeG optTS_freq_ORCA6.0.0.out
  2. OFakeG: Generate fake Gaussian output file based on ORCA output file
  3. Developed by Tian Lu (sobereva@sina.com, Beijing Kein Research Center for Natural Sciences)
  4. Webpage: http://sobereva.com/soft/OfakeG
  5. Version 1.3.3, release date: 2025-May-27
  6. This OfakeG has fine tuned by bane to fit baneplot.

  8. Processing optimization step           1
  9. Processing optimization step           2
  10. Processing optimization step           3
  11. Processing optimization step           4
  12. Processing optimization step           5
  13. Processing optimization step           6
  14. Processing optimization step           7
  15. Processing optimization step           8
  16. Processing optimization step           9
  17. Found frequency analysis information
  18. Loading/writting frequency analysis data...
  19. No symmetry information was found
  20. Number of frequencies (including overall movements):      24
  21. Number of IR data to load:      17

  23. Fake Gaussian output file has been written to optTS_freq_ORCA6.0.0_fake.out in current folder
  24. (base) root@wcy:/home/bane/scripts/Libs/gau_Clib/logs/ofakeg# baneplot optTS_freq_ORCA6.0.0_fake.out -cv
  25. [INFO] 找到SCF能量数据
  26. [INFO] 图表已生成: ./criteria_scf_optTS_freq_ORCA6.0.0_fake.png
  27. [INFO] 优化已收敛
  28. (base) root@wcy:/home/bane/scripts/Libs/gau_Clib/logs/ofakeg#
复制代码


(, 下载次数 Times of downloads: 0)
这里微调只改了fake版的SCF输出格式，适配baneplot解析库的正则表达式，没动别的。

类似地，本工具可以适配笔者写过的其他fakeg，来可视化AMESP，BDF等的几何优化输出。

自定义绘图
baneplot -d a.txt可以快速绘图。
  1. index SCF // 第一列为表头，格式index 空格 Y标签
  2. 1 -178.87741063
  3. 2 -178.88479401
  4. ...
复制代码

这个功能与笔者另一未发布工具存在联动，未来可能会整理下。


觉得好用记得打个分~

作者
Author: mizu-bai    时间: 前天 17:26
什么时候发 JCIM，急急急
作者
Author: wal    时间: 前天 17:29
mizu-bai 发表于 2026-1-21 17:26
什么时候发 JCIM，急急急

我先发个意林吧XD
作者
Author: njfuzjs    时间: yesterday 12:57
附件似乎无法下载
作者
Author: wal    时间: yesterday 19:15
本帖最后由 wal 于 2026-1-22 19:16 编辑
njfuzjs 发表于 2026-1-22 12:57
附件似乎无法下载

不知道为啥没上传上去，现在可以了



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