计算化学公社
标题:
CP2K做NEB的BAND文件数量、计算速度、BAND文件无收敛情况和xTB方法未知原因暂停问题
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作者Author:
northern_mar
时间:
yesterday 10:39
标题:
CP2K做NEB的BAND文件数量、计算速度、BAND文件无收敛情况和xTB方法未知原因暂停问题
各位老师好,我目前在使用CP2K(版本是2025.1)做CINEB搜索过渡态。但是遇到了几个问题。
1. 就是在inp文件里设置副本数(包含始末态)为10,但是实际上产生的-BAND文件有16个,但是卢老师课上说的BAND[副本号],理论上副本号不应该那么多,请问老师可以帮忙看一下问题出在哪吗?
2. 我用PBE-D3/DZVP-MOLOPT-SR-GTH进行CINEB时发现,13个小时只做了6步,请问这是正常的嘛?一共120个原子,有Mo,S,Au,H,O。每个副本32个核,计算16个副本,申请了服务器的4个节点共512核。
3. 因为用DFT方法速度过慢,因此我模仿
卢老师讲义
上使用xTB方法先试一试。但是在这个过程中发现,中途总是暂停,重启了三次(还未算完)。但是在重启过程中发现,第一次提交的BAND文件会输出收敛情况,但是后面用restart文件续算的BAND文件都没看到判断收敛情况的部分。请问各位老师为什么会不出现判断收敛情况的部分?
4. 也是延续第三个问题,就是为什么总是任务中断?不知道是不是我续算提交文本有问题,也询问了集群工程师,说未发现内存溢出的现象。
文件放于网盘链接里,直接进目录是一开始的输入文件、始末态结构、提交脚本;1th是第一次任务结束的文件;2th是第二次任务结束的文件;以此类推。麻烦大家了。
链接:
https://pan.quark.cn/s/1c1c2e3ab55e
谢谢各位老师!
作者Author:
sobereva
时间:
12 hour ago
NUMBER_OF_REPLICA设的是NEB点数,不是同时跑的副本数(别因为名字而混淆概念)。你当前有10个NEB点,而且多达128核,肯定要设成有10个CP2K副本同时跑10个NEB点,这样效率才是最高的。诸如用120个MPI进程并行,NPROC_REP设12,则有120/12=10个副本
先把硬伤解决了再说别的
作者Author:
northern_mar
时间:
6 hour ago
sobereva 发表于 2026-1-23 02:57
NUMBER_OF_REPLICA设的是NEB点数,不是同时跑的副本数(别因为名字而混淆概念)。你当前有10个NEB点,而且 ...
之前一直以为在不优化始末态结构的情况下,NEB点数会是[NUMBER_OF_REPLICA设置的数字/2]。
谢谢卢老师指正
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