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标题: 跑IRC后，做优化反应物，但gaussian不显示成键 [打印本页]

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Author: 黄金矿工安迪 时间: 2026-1-22 11:37
标题: 跑IRC后，做优化反应物，但gaussian不显示成键
各位老师好，gaussian在优化完过渡态跑IRC后，取IRC两侧末端的初始结构做优化反应物和产物（基组# opt freq b3lyp/6-311g(d,p) em=gd3）导出log文件，优化后的产物没问题，但优化后的反应物中的光气分子COCl2中的C-Cl键没有连在一起，分别为1.95214和1.93259，单独优化光气分子的C-Cl键键长均为1.76，同样导出的fch文件键长距离不变却显示成键并且还多把C-N键连在了一起，我重新调整初始过渡态结构，重跑irc好几次，但都是出现这种现象，请教各位老师：这样的不连键的构型和计算的能量是合理的吗？如果不合理我该怎么做调整

作者
Author: 乐平 时间: 2026-1-22 12:33
本帖最后由乐平于 2026-1-22 12:34 编辑

老生常谈的话题了……

任何图形显示软件（GaussView, VMD, Jmol, Material Studio 等）看到的都不是化学键，只是显示的连接方式而已。说得更极端一些，根本就没有“化学键”这种物质！“化学键”不是可测量的物理量。

图形显示软件（GaussView 等等）也是类似地原理，如果某两个原子在某个范围内，就显示它们成键，否则就不显示连线，仅此而已。所以，只是显示而已，并不是真正的化学键。

所以，不要看连线，也不要在意那些短线。更应该关注原子间的距离。

最最本质上是原子间的距离。任何图形显示软件都是通过原子间的距离来“判断是否连接，显示'化学键' 而已”。

类似的问题我已经回答过很多次了……
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 33&fromuid=1532
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 57&fromuid=1532
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 89&fromuid=1532
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 88&fromuid=1532
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http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 28&fromuid=1532
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 79&fromuid=1532
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 59&fromuid=1532
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 14&fromuid=1532
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 20&fromuid=1532
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... 55&fromuid=1532

作者
Author: 黄金矿工安迪 时间: 2026-1-22 13:51

乐平发表于 2026-1-22 12:33
老生常谈的话题了……

任何图形显示软件（GaussView, VMD, Jmol, Material Studio 等）看到的都不是化学 ...

好的，谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2026-1-23 02:00
认真看经典文章：
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thread-9840-1-1.html）

作者
Author: 黄金矿工安迪 时间: 2026-1-26 08:48

sobereva 发表于 2026-1-23 02:00
认真看经典文章：
谈谈原子间是否成键的判断问题
http://sobereva.com/414（http://bbs.keinsci.com/thre ...

帮大忙了，谢谢老师

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)